Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 FAM126B-202ENST00000418596 9333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.15□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AL391516.1-201ENST00000554380 2449 ntBASIC4.15□□□□□ -1.74
USP4Q13107 SCAI-201ENST00000336505 12079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.15□□□□□ -1.74
USP4Q13107 PRKD3-202ENST00000379066 6111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.15□□□□□ -1.74
USP4Q13107 ADGRL2-210ENST00000370728 6302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.15□□□□□ -1.74
USP4Q13107 SLC30A6-204ENST00000406369 4589 ntTSL 1 (best) BASIC4.15□□□□□ -1.74
USP4Q13107 MRPL42-206ENST00000549982 15582 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.15□□□□□ -1.74
USP4Q13107 AC010680.1-201ENST00000590024 3590 ntBASIC4.15□□□□□ -1.74
USP4Q13107 RNA5SP124-201ENST00000362739 110 ntBASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 SNORD35B-201ENST00000363660 87 ntBASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 SNORA51.4-201ENST00000364993 124 ntBASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 SNORD6-201ENST00000365444 73 ntBASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 RNA5SP38-201ENST00000410750 119 ntBASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 YME1L1P1-201ENST00000429435 297 ntBASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 RPS27P1-201ENST00000450552 247 ntBASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 RNU7-115P-201ENST00000516433 55 ntBASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AP001328.1-201ENST00000528550 176 ntBASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 YPEL5P3-201ENST00000547227 352 ntBASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AC079598.5-201ENST00000547460 117 ntBASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 MIR4444-1-201ENST00000581696 74 ntBASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 MIR4444-2-201ENST00000584390 74 ntBASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 MIR548AY-201ENST00000617669 107 ntBASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 U7.8-201ENST00000619968 63 ntBASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AL033397.1-201ENST00000502390 3653 ntTSL 2 BASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 ZNF616-201ENST00000330123 2563 ntTSL 1 (best) BASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 OTUD6B-AS1-201ENST00000522817 4275 ntTSL 2 BASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 NKTR-219ENST00000617821 7319 ntTSL 5 BASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AC000403.1-201ENST00000613696 3585 ntBASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 BIRC3-201ENST00000263464 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 TRMT10A-203ENST00000394877 3516 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.15□□□□□ -1.75
USP4Q13107 CRB1-201ENST00000367397 9023 ntTSL 2 BASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 FAM111A-207ENST00000531147 3996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 RNU6-153P-201ENST00000364422 104 ntBASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 MIR518C-201ENST00000384822 101 ntBASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 RNA5SP171-201ENST00000391071 115 ntBASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 RNU2-52P-201ENST00000410680 190 ntBASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 HCG2040054-201ENST00000435331 434 ntTSL 3 BASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AL500522.2-201ENST00000448562 343 ntBASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 RNU6-659P-201ENST00000516454 104 ntBASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 RNU5F-4P-201ENST00000516581 114 ntBASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 RNU6-1098P-201ENST00000516772 96 ntBASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AP003171.1-201ENST00000532770 266 ntTSL 2 BASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AF111169.4-202ENST00000553507 262 ntTSL 3 BASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 MSMB-202ENST00000582163 488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AL031274.2-201ENST00000599419 203 ntBASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AC244505.7-201ENST00000599675 272 ntBASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AP001340.1-201ENST00000624405 217 ntBASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AC084357.3-201ENST00000541353 2751 ntTSL 5 BASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 LINC00670-201ENST00000313495 2953 ntTSL 2 BASIC4.14□□□□□ -1.75
USP4Q13107 UBE4A-201ENST00000252108 6103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.13□□□□□ -1.75
USP4Q13107 LINC00648-202ENST00000555985 2885 ntTSL 2 BASIC4.13□□□□□ -1.75
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USP4Q13107 Y_RNA.393-201ENST00000383936 102 ntBASIC4.13□□□□□ -1.75
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USP4Q13107 PPIAP15-201ENST00000479662 484 ntBASIC4.13□□□□□ -1.75
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USP4Q13107 RNA5SP143-201ENST00000516936 115 ntBASIC4.13□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AC087499.8-201ENST00000578406 226 ntBASIC4.13□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AC130469.1-201ENST00000597256 388 ntTSL 5 BASIC4.13□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AC104819.3-201ENST00000603264 540 ntTSL 4 BASIC4.13□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AL670379.2-201ENST00000604983 252 ntBASIC4.13□□□□□ -1.75
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USP4Q13107 ZBBX-201ENST00000307529 3071 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.13□□□□□ -1.75
USP4Q13107 KNTC1-201ENST00000333479 6975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.13□□□□□ -1.75
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USP4Q13107 C6orf10-201ENST00000375007 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.13□□□□□ -1.75
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USP4Q13107 TBC1D31-206ENST00000518805 2201 ntTSL 2 BASIC4.12□□□□□ -1.75
USP4Q13107 RNA5SP399-201ENST00000364003 117 ntBASIC4.12□□□□□ -1.75
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USP4Q13107 SNORA3C-201ENST00000408792 125 ntBASIC4.12□□□□□ -1.75
USP4Q13107 Y_RNA.622-201ENST00000411091 108 ntBASIC4.12□□□□□ -1.75
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USP4Q13107 AP003025.1-201ENST00000421650 149 ntTSL 1 (best) BASIC4.12□□□□□ -1.75
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USP4Q13107 HMGN2P9-201ENST00000476875 229 ntBASIC4.12□□□□□ -1.75
USP4Q13107 RNA5SP179-201ENST00000517284 121 ntBASIC4.12□□□□□ -1.75
USP4Q13107 CYCSP30-201ENST00000546447 172 ntBASIC4.12□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AC084398.2-201ENST00000551918 564 ntTSL 4 BASIC4.12□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AC008739.2-201ENST00000597006 317 ntBASIC4.12□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AC008739.3-201ENST00000603262 127 ntBASIC4.12□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AC091167.4-201ENST00000605079 184 ntBASIC4.12□□□□□ -1.75
USP4Q13107 uc_338.14-201ENST00000613162 166 ntBASIC4.12□□□□□ -1.75
USP4Q13107 CR392039.5-201ENST00000623201 510 ntBASIC4.12□□□□□ -1.75
USP4Q13107 SYNE2-204ENST00000358025 21842 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC4.12□□□□□ -1.75
USP4Q13107 CCDC14-217ENST00000485727 7917 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.12□□□□□ -1.75
USP4Q13107 DGKH-201ENST00000261491 17261 ntTSL 1 (best) BASIC4.12□□□□□ -1.75
USP4Q13107 DCUN1D1-208ENST00000632685 3147 ntTSL 1 (best) BASIC4.12□□□□□ -1.75
USP4Q13107 IL6ST-205ENST00000381294 2574 ntTSL 1 (best) BASIC4.11□□□□□ -1.75
USP4Q13107 ARHGAP11A-207ENST00000565905 3318 ntTSL 2 BASIC4.11□□□□□ -1.75
USP4Q13107 ADGRG2-205ENST00000357991 4661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.11□□□□□ -1.75
USP4Q13107 OLFM3-206ENST00000536598 2801 ntTSL 5 BASIC4.11□□□□□ -1.75
USP4Q13107 AC100800.1-201ENST00000524252 2054 ntTSL 1 (best) BASIC4.11□□□□□ -1.75
USP4Q13107 RNU6-834P-201ENST00000362367 110 ntBASIC4.11□□□□□ -1.75
USP4Q13107 SNORD114-7-201ENST00000362520 77 ntBASIC4.11□□□□□ -1.75
USP4Q13107 SNORD32B-201ENST00000364460 84 ntBASIC4.11□□□□□ -1.75
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