Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 ZC3H11A-214ENST00000639812 11825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.29□□□□□ -1.72
USP4Q13107 FAM169A-201ENST00000389156 5990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.29□□□□□ -1.72
USP4Q13107 MPDZ-215ENST00000541718 7603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC4.29□□□□□ -1.72
USP4Q13107 MLH1-212ENST00000455445 2296 ntTSL 2 BASIC4.29□□□□□ -1.72
USP4Q13107 FMO2-201ENST00000209929 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.29□□□□□ -1.72
USP4Q13107 GPAM-201ENST00000348367 6371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.29□□□□□ -1.72
USP4Q13107 SPATA31D2P-201ENST00000429999 4388 ntBASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 VEZT-201ENST00000261219 3435 ntTSL 5 BASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 GABRB2-203ENST00000393959 7191 ntTSL 1 (best) BASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 N4BP2L2-202ENST00000357505 2917 ntTSL 2 BASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 U3.8-201ENST00000363675 217 ntBASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 SNORA62.3-201ENST00000365110 153 ntBASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 MIR539-201ENST00000365690 78 ntBASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 SNORD116-14-201ENST00000383894 92 ntBASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 SNORD116-17-201ENST00000383929 92 ntBASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 Y_RNA.420-201ENST00000384043 110 ntBASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 SNORA67.2-201ENST00000384300 149 ntBASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 SNORD116-15-201ENST00000384445 92 ntBASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 SNORD116-19-201ENST00000384729 92 ntBASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 MIR526A2-201ENST00000390198 65 ntBASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 AL035461.1-201ENST00000421490 332 ntBASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 RPS29P7-201ENST00000439662 171 ntBASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 AL121760.1-201ENST00000447206 346 ntTSL 2 BASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 AC010099.1-201ENST00000455434 375 ntBASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 AC008852.1-201ENST00000510198 451 ntTSL 2 BASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 AC008871.1-201ENST00000510935 398 ntTSL 3 BASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 AC112693.2-201ENST00000556538 232 ntBASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 MIR4644-201ENST00000579929 84 ntBASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 MIR5684-201ENST00000585074 65 ntBASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 CACNB4-257ENST00000637547 7658 ntTSL 5 BASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 NCOA1-202ENST00000348332 6895 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 AC008505.1-204ENST00000637363 2714 ntTSL 5 BASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 PCDH15-234ENST00000622048 6820 ntTSL 5 BASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 ADAM29-201ENST00000359240 3325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.28□□□□□ -1.72
USP4Q13107 CLHC1-201ENST00000401408 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.27□□□□□ -1.73
USP4Q13107 KIAA1841-202ENST00000356719 2149 ntTSL 5 BASIC4.27□□□□□ -1.73
USP4Q13107 Y_RNA.172-201ENST00000363765 102 ntBASIC4.27□□□□□ -1.73
USP4Q13107 U8.12-201ENST00000384701 133 ntBASIC4.27□□□□□ -1.73
USP4Q13107 MIR548B-201ENST00000385247 97 ntBASIC4.27□□□□□ -1.73
USP4Q13107 CYCSP19-201ENST00000411715 316 ntBASIC4.27□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC006011.1-201ENST00000442758 349 ntBASIC4.27□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RN7SL542P-201ENST00000467147 294 ntBASIC4.27□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNU4ATAC6P-201ENST00000516592 126 ntBASIC4.27□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC023632.4-201ENST00000517783 191 ntBASIC4.27□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC020891.1-201ENST00000558785 174 ntTSL 3 BASIC4.27□□□□□ -1.73
USP4Q13107 MIR432-201ENST00000606207 94 ntBASIC4.27□□□□□ -1.73
USP4Q13107 DMXL2-202ENST00000449909 7465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.27□□□□□ -1.73
USP4Q13107 DOCK7-218ENST00000635123 6297 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 ATP13A3-203ENST00000439040 7720 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 GABRG2-208ENST00000638552 3710 ntTSL 5 BASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 NLGN1-206ENST00000457714 8242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 FAM208A-202ENST00000431842 7119 ntTSL 1 (best) BASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 ZBED5-202ENST00000432999 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 PKN2-AS1-202ENST00000458097 3542 ntTSL 2 BASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC069528.2-201ENST00000624849 1991 ntBASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 MIR423-201ENST00000362201 94 ntBASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 snoU2_19.1-201ENST00000362361 80 ntBASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNU6-655P-201ENST00000362858 107 ntBASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNU6-198P-201ENST00000384258 104 ntBASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AL353614.1-201ENST00000445631 206 ntTSL 5 BASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AP000867.2-201ENST00000532468 320 ntBASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC141273.1-201ENST00000565300 479 ntTSL 5 BASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC002076.2-201ENST00000617362 122 ntBASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RDM1-221ENST00000617591 432 ntTSL 1 (best) BASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 MIR6500-201ENST00000622700 86 ntBASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 DDX60L-209ENST00000511577 6781 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 FAT3-204ENST00000525166 18699 ntTSL 5 BASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 ABCD2-201ENST00000308666 6238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.26□□□□□ -1.73
USP4Q13107 CEP170-215ENST00000481987 3031 ntTSL 5 BASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNA5SP322-201ENST00000363617 119 ntBASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNU6-1210P-201ENST00000363775 107 ntBASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNU6-407P-201ENST00000365280 104 ntBASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 HSPE1P26-201ENST00000405341 275 ntBASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNA5SP306-201ENST00000411087 107 ntBASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AL691449.1-201ENST00000426570 421 ntBASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AP001043.2-201ENST00000434589 288 ntTSL 3 BASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNU7-23P-201ENST00000459465 62 ntBASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AC112771.1-201ENST00000463581 102 ntBASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RPS29P2-201ENST00000479278 136 ntBASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNU6-561P-201ENST00000516222 102 ntBASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 Y_RNA.686-201ENST00000516548 134 ntBASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNU6-919P-201ENST00000516731 104 ntBASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNU1-45P-201ENST00000517191 141 ntBASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 GNRHR2P1-201ENST00000555315 631 ntBASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 LINC01482-203ENST00000589610 468 ntTSL 3 BASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AL391903.3-201ENST00000612158 163 ntBASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 Xist_exon1.1-201ENST00000618930 85 ntBASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 TUG1_4.1-201ENST00000619464 181 ntBASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 OTOGL-202ENST00000458043 8083 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 QSER1-201ENST00000399302 9335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.25□□□□□ -1.73
USP4Q13107 F8-202ENST00000360256 9059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 MLF1-203ENST00000392822 2157 ntTSL 5 BASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 SLC16A7-201ENST00000261187 11777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 AF117829.1-206ENST00000621883 3802 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 DDX60L-201ENST00000260184 6754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 FGD4-211ENST00000531134 2924 ntTSL 2 BASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 LINC00971-202ENST00000484892 7308 ntTSL 1 (best) BASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 SNORA60-201ENST00000362396 134 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 Y_RNA.229-201ENST00000364347 113 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
USP4Q13107 RNU6-1305P-201ENST00000364353 104 ntBASIC4.24□□□□□ -1.73
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