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| ZNHIT3 | Q15649 | AF131216.2-201 | ENST00000512316 | 564 nt | BASIC | 1.03 | □□□□□ -2.24 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | SNORD60.2-201 | ENST00000516883 | 86 nt | BASIC | 1.03 | □□□□□ -2.24 | | |
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| ZNHIT3 | Q15649 | AL353651.2-201 | ENST00000635706 | 559 nt | TSL 5 BASIC | 1.01 | □□□□□ -2.25 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | CCDC68-202 | ENST00000432185 | 4014 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 1 | □□□□□ -2.25 | | |
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| ZNHIT3 | Q15649 | MIR96-201 | ENST00000362288 | 78 nt | BASIC | 1 | □□□□□ -2.25 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | RNA5SP327-201 | ENST00000362494 | 101 nt | BASIC | 1 | □□□□□ -2.25 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | RNU4-15P-201 | ENST00000362613 | 141 nt | BASIC | 1 | □□□□□ -2.25 | | |
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| ZNHIT3 | Q15649 | Y_RNA.540-201 | ENST00000384638 | 111 nt | BASIC | 1 | □□□□□ -2.25 | | |
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| ZNHIT3 | Q15649 | AC068205.1-204 | ENST00000532989 | 481 nt | TSL 3 BASIC | 0.99 | □□□□□ -2.25 | | |
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| ZNHIT3 | Q15649 | AC010615.1-201 | ENST00000594254 | 1764 nt | BASIC | 0.98 | □□□□□ -2.25 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | PTPN22-206 | ENST00000525799 | 2118 nt | TSL 1 (best) BASIC | 0.98 | □□□□□ -2.25 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | VPS13A-206 | ENST00000376646 | 2262 nt | TSL 5 BASIC | 0.98 | □□□□□ -2.25 | | |
| ZNHIT3 | Q15649 | RNU6-371P-201 | ENST00000364283 | 108 nt | BASIC | 0.98 | □□□□□ -2.25 | | |