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| RUNX3 | Q13761 | RNU6-11P-201 | ENST00000364234 | 107 nt | BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-25P-201 | ENST00000383873 | 107 nt | BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1-201 | ENST00000383898 | 107 nt | BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-48P-201 | ENST00000384161 | 107 nt | BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-36P-201 | ENST00000384172 | 107 nt | BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AP001496.1-201 | ENST00000579113 | 471 nt | TSL 4 BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | ZNF355P-201 | ENST00000427301 | 3216 nt | BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ESF1-202 | ENST00000617257 | 1470 nt | TSL 5 BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LRIF1-203 | ENST00000494675 | 1912 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC135776.4-201 | ENST00000624300 | 1904 nt | BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC080100.1-201 | ENST00000624239 | 5356 nt | BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DPY19L2P1-203 | ENST00000458672 | 3347 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DLEU2_6.3-201 | ENST00000340052 | 136 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.70-201 | ENST00000362886 | 110 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.100-201 | ENST00000363141 | 102 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA67.1-201 | ENST00000364749 | 141 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD81.2-201 | ENST00000365153 | 76 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC019129.1-201 | ENST00000403786 | 261 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NDUFA5P4-201 | ENST00000436704 | 385 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC098614.3-201 | ENST00000438957 | 440 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | RNU6-329P-201 | ENST00000459618 | 107 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | RNU6-323P-201 | ENST00000521915 | 107 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC091944.1-201 | ENST00000521984 | 449 nt | TSL 3 BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC023442.3-201 | ENST00000532199 | 495 nt | TSL 2 BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC087241.2-201 | ENST00000535801 | 324 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC02442-201 | ENST00000537732 | 343 nt | TSL 3 BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PSMA4-205 | ENST00000558281 | 773 nt | TSL 3 BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC02210-208 | ENST00000585118 | 546 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC011712.1-201 | ENST00000588959 | 234 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC011494.1-201 | ENST00000596454 | 237 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL355877.2-201 | ENST00000603670 | 358 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | USP12-203 | ENST00000620323 | 349 nt | TSL 3 BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DLEU2_6.2-201 | ENST00000620994 | 136 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RMST_7.1-201 | ENST00000621935 | 268 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | KPNA5-202 | ENST00000368564 | 11311 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HAS2-201 | ENST00000303924 | 4190 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SENP7-206 | ENST00000394094 | 4703 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CUL3-203 | ENST00000409096 | 2701 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ATP8A2P2-201 | ENST00000437678 | 1568 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNX16-212 | ENST00000615066 | 1918 nt | TSL 5 BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MYSM1-208 | ENST00000622766 | 6020 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-845P-201 | ENST00000362578 | 103 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-867P-201 | ENST00000364956 | 107 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.301-201 | ENST00000364990 | 103 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1280P-201 | ENST00000365211 | 107 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR450B-201 | ENST00000401182 | 78 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FTH1P15-201 | ENST00000406984 | 280 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | VN1R36P-201 | ENST00000414936 | 291 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC009161.1-201 | ENST00000417306 | 376 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL590632.1-201 | ENST00000424289 | 371 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |