| RUNX3 | Q13761 | AC019155.3-201 | ENST00000454957 | 600 nt | TSL 2 BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TH2LCRR-203 | ENST00000457489 | 439 nt | TSL 3 BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PMCHL2-203 | ENST00000457791 | 237 nt | BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA19.2-201 | ENST00000516013 | 114 nt | BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6ATAC13P-201 | ENST00000516152 | 131 nt | BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1069P-201 | ENST00000516612 | 133 nt | BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-295P-201 | ENST00000516901 | 104 nt | BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | IL7-206 | ENST00000520269 | 456 nt | TSL 3 BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PSMA3P-201 | ENST00000555485 | 635 nt | BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC011939.2-201 | ENST00000567396 | 428 nt | TSL 3 BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC005730.3-201 | ENST00000583067 | 366 nt | BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC005261.5-201 | ENST00000596280 | 355 nt | BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL356575.1-201 | ENST00000603008 | 283 nt | BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL670379.10-201 | ENST00000604330 | 253 nt | BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | APOOP1-201 | ENST00000604695 | 592 nt | BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL670379.9-201 | ENST00000605428 | 253 nt | BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HTN1-205 | ENST00000610341 | 536 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HOTAIRM1_5.1-201 | ENST00000619311 | 145 nt | BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DLX6-AS1_1.1-201 | ENST00000621599 | 180 nt | BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL133216.2-202 | ENST00000634512 | 349 nt | BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR3199-2-201 | ENST00000636243 | 86 nt | BASIC | 2.16 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC010889.1-201 | ENST00000566193 | 2666 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NAALADL2-203 | ENST00000454872 | 9865 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.06 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ADAM3A-203 | ENST00000461344 | 2157 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR6073-201 | ENST00000352083 | 89 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.324-201 | ENST00000365165 | 102 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-72P-201 | ENST00000384285 | 79 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U8.13-201 | ENST00000390842 | 128 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BCL2L11-207 | ENST00000405953 | 425 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6ATAC38P-201 | ENST00000408119 | 126 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.604-201 | ENST00000410574 | 102 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC096649.2-201 | ENST00000416186 | 393 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL157937.1-201 | ENST00000435092 | 443 nt | TSL 3 BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC092573.2-202 | ENST00000437243 | 336 nt | TSL 3 BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC092001.1-201 | ENST00000453012 | 261 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BTF3P15-201 | ENST00000455606 | 336 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007547.1-201 | ENST00000462177 | 490 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC096733.1-201 | ENST00000503844 | 402 nt | TSL 3 BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU4-49P-201 | ENST00000516080 | 140 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-581P-201 | ENST00000516214 | 105 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.687-201 | ENST00000516558 | 91 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD19.2-201 | ENST00000516978 | 73 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP005597.4-201 | ENST00000526762 | 229 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP000889.2-201 | ENST00000532684 | 490 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL121821.2-201 | ENST00000556081 | 394 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4446-201 | ENST00000578505 | 67 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC008739.2-201 | ENST00000597006 | 317 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC091152.3-201 | ENST00000604227 | 325 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC103858.1-201 | ENST00000607019 | 476 nt | TSL 3 BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC005696.2-201 | ENST00000610120 | 626 nt | TSL 3 BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MARCH7-203 | ENST00000409591 | 2147 nt | TSL 2 BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZBED5-201 | ENST00000413761 | 2512 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR5M1-202 | ENST00000641076 | 4302 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-254P-201 | ENST00000363377 | 107 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.184-201 | ENST00000363884 | 108 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.414-201 | ENST00000384011 | 101 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.480-201 | ENST00000384364 | 102 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD73A-201 | ENST00000386062 | 65 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP354-201 | ENST00000391247 | 136 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U3.37-201 | ENST00000408528 | 213 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU2-2P-201 | ENST00000410396 | 191 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1140P-201 | ENST00000410517 | 106 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC092660.1-201 | ENST00000420648 | 371 nt | TSL 2 BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL7P37-201 | ENST00000425095 | 738 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC002386.1-201 | ENST00000436714 | 398 nt | TSL 2 BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL161651.1-201 | ENST00000440882 | 223 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | USP9YP8-201 | ENST00000441913 | 500 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SPIN4-AS1-201 | ENST00000451979 | 426 nt | TSL 2 BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC114501.3-201 | ENST00000453648 | 164 nt | TSL 5 BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC107626.1-201 | ENST00000471084 | 183 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC091951.2-201 | ENST00000500762 | 203 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC012055.2-201 | ENST00000504167 | 335 nt | TSL 3 BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC113155.1-201 | ENST00000511141 | 769 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-1088P-201 | ENST00000516850 | 104 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC100768.1-201 | ENST00000525512 | 506 nt | TSL 3 BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP000763.2-201 | ENST00000540641 | 163 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC011611.2-201 | ENST00000549888 | 358 nt | TSL 3 BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4742-201 | ENST00000581069 | 85 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL391813.1-201 | ENST00000603098 | 260 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC009994.1-201 | ENST00000606889 | 253 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U2.15-201 | ENST00000611544 | 191 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U2.16-201 | ENST00000613119 | 191 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U2.12-201 | ENST00000613778 | 191 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U2.20-201 | ENST00000613956 | 192 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U2.9-201 | ENST00000615427 | 191 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U2.11-201 | ENST00000616345 | 191 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U2.2-201 | ENST00000616535 | 191 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U2.3-201 | ENST00000617785 | 191 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U2.19-201 | ENST00000618602 | 191 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU2-1-201 | ENST00000618664 | 191 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U2.6-201 | ENST00000619225 | 191 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC159540.2-206 | ENST00000619371 | 355 nt | TSL 3 BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U2.5-201 | ENST00000619465 | 191 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | U2.10-201 | ENST00000620268 | 191 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | WWP1-201 | ENST00000265428 | 3362 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MS4A14-202 | ENST00000395001 | 3401 nt | TSL 5 BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNX10-209 | ENST00000619420 | 2361 nt | APPRIS ALT1 TSL 5 BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CBX3P1-201 | ENST00000325243 | 554 nt | BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-37P-201 | ENST00000362692 | 107 nt | BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.72-201 | ENST00000362894 | 103 nt | BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |