Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RNU6-622P-201ENST00000384272 103 ntBASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 BPY2DP-201ENST00000422208 265 ntBASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AL691497.1-201ENST00000443270 449 ntTSL 2 BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 LINC01150-201ENST00000455671 315 ntTSL 1 (best) BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 FPGT-203ENST00000467578 601 ntTSL 2 BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RPS27AP9-201ENST00000477681 438 ntBASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC005921.1-201ENST00000510589 286 ntBASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNA5SP446-201ENST00000515955 82 ntBASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 ACA59.2-201ENST00000517061 156 ntBASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 MIR2116-201ENST00000517221 80 ntBASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC015468.4-201ENST00000523496 568 ntTSL 4 BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AP002001.1-203ENST00000534002 267 ntBASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC010177.1-201ENST00000547819 366 ntTSL 3 BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 POC1B-211ENST00000549504 581 ntTSL 5 BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC007224.1-201ENST00000564410 144 ntBASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC015911.9-201ENST00000591634 185 ntTSL 5 BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC079587.1-201ENST00000603846 277 ntBASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 TEX41-243ENST00000614173 190 ntTSL 5 BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 YWHAEP7-201ENST00000617508 639 ntTSL 3 BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AL133383.2-201ENST00000622958 2336 ntBASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 HERC5-203ENST00000508159 2243 ntTSL 2 BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 DTWD2-201ENST00000304058 4365 ntTSL 1 (best) BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 NFIB-203ENST00000380934 2142 ntTSL 2 BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 LINC00283-201ENST00000430111 1947 ntTSL 5 BASIC4.58□□□□□ -1.68
USP4Q13107 APC-207ENST00000508376 10619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 PCDH11X-204ENST00000373088 4069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 SLC30A6-205ENST00000435660 4776 ntTSL 1 (best) BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 MIR383-201ENST00000362257 73 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 MIR331-201ENST00000362302 94 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNU1-132P-201ENST00000364300 164 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 Y_RNA.329-201ENST00000365209 107 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 LINC00862-202ENST00000367356 759 ntTSL 3 BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNU6-245P-201ENST00000384020 107 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 MIR3065-201ENST00000390137 79 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RPL23AP52-201ENST00000439311 478 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 TTTY23B-202ENST00000451467 512 ntTSL 1 (best) BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 TTTY23-201ENST00000452889 512 ntTSL 1 (best) BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 Y_RNA.637-201ENST00000459424 114 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 IGKV2D-30-201ENST00000474213 395 ntAPPRIS P1 BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC105137.1-201ENST00000484355 562 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC113383.1-204ENST00000507060 552 ntTSL 3 BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RN7SKP289-201ENST00000517244 295 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC090155.2-201ENST00000518854 267 ntTSL 3 BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 ZYXP1-201ENST00000617638 118 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 ZEB2_AS1_1.1-201ENST00000621504 128 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC091953.5-201ENST00000622919 233 ntBASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 DLD-214ENST00000639772 421 ntTSL 5 BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 ZNF208-207ENST00000609966 3653 ntTSL 5 BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 IMPG2-201ENST00000193391 8337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 PCDH15-203ENST00000373955 4230 ntTSL 1 (best) BASIC4.57□□□□□ -1.68
USP4Q13107 MAPK10-253ENST00000641010 4072 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 CCSER1-201ENST00000432775 3927 ntTSL 1 (best) BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 UBE3A-202ENST00000397954 2873 ntTSL 5 BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 TAB3-204ENST00000378932 3698 ntTSL 1 (best) BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 Y_RNA.23-201ENST00000362496 106 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNU6-270P-201ENST00000364131 105 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNU4-84P-201ENST00000364200 139 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNA5SP189-201ENST00000364920 115 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
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USP4Q13107 SNORA57.1-201ENST00000391227 145 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 U3.26-201ENST00000391236 204 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RPS26P8-201ENST00000393490 348 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 ZC3H7A-202ENST00000396516 3845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.56□□□□□ -1.68
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USP4Q13107 SNORA11F-201ENST00000408237 128 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RN7SKP167-201ENST00000411047 285 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC099548.1-201ENST00000421443 426 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
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USP4Q13107 AC084357.1-201ENST00000473404 255 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
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USP4Q13107 LINC02149-201ENST00000511443 558 ntTSL 1 (best) BASIC4.56□□□□□ -1.68
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USP4Q13107 CYP4A27P-201ENST00000567218 190 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC091178.1-203ENST00000584586 279 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 AC024220.1-201ENST00000603675 484 ntBASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 ALG14-201ENST00000370205 9367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 LINC01505-206ENST00000637046 4266 ntTSL 5 BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 SLITRK4-203ENST00000596188 8545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 KCNJ1-202ENST00000324036 2614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 HDX-202ENST00000373177 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.56□□□□□ -1.68
USP4Q13107 MME-211ENST00000492661 2854 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 PRKACB-202ENST00000370682 4288 ntTSL 1 (best) BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 XPO4-201ENST00000255305 9921 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RIMS1-204ENST00000401910 3542 ntTSL 2 BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 NOL8P1-201ENST00000508336 3529 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 MYOT-201ENST00000239926 2337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 DAZ4-206ENST00000449750 3271 ntTSL 5 BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 ZFHX4-207ENST00000521891 14019 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 Y_RNA.75-201ENST00000362927 97 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNU6-818P-201ENST00000364837 108 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNU4-17P-201ENST00000365598 141 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNA5SP151-201ENST00000365632 117 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 Y_RNA.586-201ENST00000391146 98 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RPL21P17-201ENST00000397467 475 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNU6ATAC19P-201ENST00000408096 110 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
USP4Q13107 RNA5SP104-201ENST00000410989 118 ntBASIC4.55□□□□□ -1.68
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