Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Zfp524-201ENSMUST00000086349 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Fbxo36-201ENSMUST00000097672 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 C530025M09Rik-201ENSMUST00000099264 690 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Wdr45-201ENSMUST00000043045 1609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Bri3bp-201ENSMUST00000049040 6473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Crem-234ENSMUST00000154470 1996 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Clcn3-203ENSMUST00000093490 5518 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Ttl-201ENSMUST00000035812 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Tex261-201ENSMUST00000014892 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Adss-201ENSMUST00000016105 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Capn10-201ENSMUST00000027488 2902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Disc1-201ENSMUST00000074562 2597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Disc1-203ENSMUST00000098311 2597 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Emc8-201ENSMUST00000034277 4942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Hmg20b-204ENSMUST00000122993 1502 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Kcnq2-204ENSMUST00000103047 2899 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Fbxl3-206ENSMUST00000145693 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Eif2ak3-201ENSMUST00000034093 4513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Col11a2-201ENSMUST00000087497 6048 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Dyx1c1-201ENSMUST00000034734 1975 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Chrd-202ENSMUST00000115423 2417 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Hsd3b2-201ENSMUST00000107021 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Ptprt-202ENSMUST00000109442 7719 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Rasgrp1-207ENSMUST00000178884 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Zscan29-203ENSMUST00000146243 2894 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Acaa1a-203ENSMUST00000175743 1219 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Acaa1a-207ENSMUST00000176397 996 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 4930465K10Rik-201ENSMUST00000056675 1238 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Nt5c1a-201ENSMUST00000068262 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Dcdc2c-206ENSMUST00000221349 2209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Soga3-201ENSMUST00000092629 4105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Xpo1-202ENSMUST00000102869 6004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Csnk1e-201ENSMUST00000117786 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Prkar2b-202ENSMUST00000036497 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Pqlc1-202ENSMUST00000091798 1989 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Prkcg-202ENSMUST00000172109 2119 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Was-201ENSMUST00000033505 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Pde8b-202ENSMUST00000067082 2598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Luc7l2-213ENSMUST00000163047 3141 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Tdg-ps-201ENSMUST00000051363 2968 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Abhd16a-201ENSMUST00000007251 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Tubb6-201ENSMUST00000001513 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Tdrd12-201ENSMUST00000032701 1620 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 4930455H04Rik-201ENSMUST00000117592 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 5830415G21Rik-201ENSMUST00000192543 1332 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Spg21-202ENSMUST00000213957 1302 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Chd4-202ENSMUST00000112390 6537 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Mid1-206ENSMUST00000112107 3194 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Zdhhc6-209ENSMUST00000225495 1711 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Mzt2-202ENSMUST00000117136 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Gm13186-201ENSMUST00000118031 316 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Tppp3-202ENSMUST00000176419 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Stx3-208ENSMUST00000211641 1018 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Il17a-201ENSMUST00000027061 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Snrnp35-201ENSMUST00000031349 1115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Inmt-201ENSMUST00000003569 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 2310039H08Rik-201ENSMUST00000071430 773 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Paox-202ENSMUST00000097967 1024 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Sprn-201ENSMUST00000059241 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Prpf40b-212ENSMUST00000145482 3308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Mis18bp1-208ENSMUST00000222244 2053 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Nodal-201ENSMUST00000049339 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Trim3Q9R1R2 Fnbp1-205ENSMUST00000113552 1910 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 9530068E07Rik-201ENSMUST00000036952 2467 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Ttll5-201ENSMUST00000040179 5081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 H2afy2-201ENSMUST00000020283 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Wipf1-202ENSMUST00000102679 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Stard6-201ENSMUST00000114959 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Gm9917-202ENSMUST00000181099 1499 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Gfra2-202ENSMUST00000227633 1480 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Nfe2-208ENSMUST00000149111 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Gal3st1-201ENSMUST00000063004 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Dbnl-202ENSMUST00000102928 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Specc1-210ENSMUST00000201723 2690 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Mapk9-205ENSMUST00000109179 4682 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Mapk9-209ENSMUST00000164643 4682 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Med7-209ENSMUST00000170928 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Perp-201ENSMUST00000019998 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Phf7-203ENSMUST00000226565 1971 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Fbxo17-203ENSMUST00000108279 1563 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Chrna4-201ENSMUST00000067120 4565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Lrch1-205ENSMUST00000228252 3125 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Zdhhc1-203ENSMUST00000212303 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Fndc11-202ENSMUST00000108835 1154 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Gfod2-203ENSMUST00000155038 951 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Gm37722-201ENSMUST00000193757 208 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Mrpl14-201ENSMUST00000024734 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Ptcra-201ENSMUST00000041012 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Hist1h2ai-201ENSMUST00000070124 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Hist1h2an-201ENSMUST00000091751 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Psmd8-203ENSMUST00000186182 1512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Rdx-202ENSMUST00000061352 1502 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Rassf1-202ENSMUST00000093786 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Lrrtm1-203ENSMUST00000161677 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Cgn-204ENSMUST00000155485 2361 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Rnf168-203ENSMUST00000171474 4460 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Tmem56-203ENSMUST00000128909 6696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Dag1-203ENSMUST00000171412 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Otud4-202ENSMUST00000173078 7354 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Trim3Q9R1R2 Cspp1-203ENSMUST00000118263 2162 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.7 ms