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| NAE1 | Q13564 | AC145146.2-202 | ENST00000508118 | 326 nt | TSL 3 BASIC | 2.9 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | HIGD1AP13-201 | ENST00000509878 | 289 nt | BASIC | 2.9 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | PANCR-202 | ENST00000513690 | 448 nt | TSL 2 BASIC | 2.9 | □□□□□ -1.95 | | |
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| NAE1 | Q13564 | AC090617.10-201 | ENST00000624308 | 134 nt | BASIC | 2.9 | □□□□□ -1.95 | | |
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| NAE1 | Q13564 | MGAT4C-210 | ENST00000620241 | 3194 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 2.9 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC121333.1-201 | ENST00000567488 | 2709 nt | BASIC | 2.9 | □□□□□ -1.95 | | |
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| NAE1 | Q13564 | AL671855.1-201 | ENST00000446875 | 1203 nt | BASIC | 2.89 | □□□□□ -1.95 | | |
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| NAE1 | Q13564 | TDRD15-201 | ENST00000405799 | 6135 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 2.89 | □□□□□ -1.95 | | |
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| NAE1 | Q13564 | RNU6-266P-201 | ENST00000364225 | 107 nt | BASIC | 2.88 | □□□□□ -1.95 | | |
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| NAE1 | Q13564 | ITCH-AS1-201 | ENST00000454205 | 299 nt | TSL 5 BASIC | 2.88 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC083904.1-201 | ENST00000487828 | 231 nt | BASIC | 2.88 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC104304.1-201 | ENST00000505797 | 291 nt | APPRIS P1 TSL 3 BASIC | 2.88 | □□□□□ -1.95 | | |
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| NAE1 | Q13564 | AC090617.7-201 | ENST00000623952 | 126 nt | BASIC | 2.88 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | PCNP-208 | ENST00000627393 | 136 nt | TSL 2 BASIC | 2.88 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC099654.14-201 | ENST00000638599 | 341 nt | BASIC | 2.88 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | DCLRE1A-202 | ENST00000369305 | 4241 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.88 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | USP45-208 | ENST00000500704 | 5826 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.88 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | OR13G1-202 | ENST00000642119 | 2568 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.87 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | C5orf46-201 | ENST00000318315 | 506 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 2.87 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | Y_RNA.86-201 | ENST00000363020 | 111 nt | BASIC | 2.87 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | MT-TL1-201 | ENST00000386347 | 75 nt | BASIC | 2.87 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | AL162578.1-201 | ENST00000406202 | 378 nt | BASIC | 2.87 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | RNU6ATAC40P-201 | ENST00000408580 | 137 nt | BASIC | 2.87 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | MORN2-203 | ENST00000409131 | 544 nt | TSL 5 BASIC | 2.87 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | ELF3-AS1-201 | ENST00000415582 | 500 nt | TSL 2 BASIC | 2.87 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | ATG3P1-201 | ENST00000419507 | 911 nt | BASIC | 2.87 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | LINC01402-201 | ENST00000422226 | 279 nt | TSL 3 BASIC | 2.87 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC104332.2-201 | ENST00000429959 | 156 nt | BASIC | 2.87 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC022018.1-201 | ENST00000430685 | 241 nt | BASIC | 2.87 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | AL691515.1-201 | ENST00000432976 | 733 nt | TSL 2 BASIC | 2.87 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC092573.2-202 | ENST00000437243 | 336 nt | TSL 3 BASIC | 2.87 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | AC114501.3-201 | ENST00000453648 | 164 nt | TSL 5 BASIC | 2.87 | □□□□□ -1.95 | | |
| NAE1 | Q13564 | BTF3P15-201 | ENST00000455606 | 336 nt | BASIC | 2.87 | □□□□□ -1.95 | | |