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| RUNX3 | Q13761 | SUB1P2-201 | ENST00000556401 | 297 nt | BASIC | 2.52 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC107304.1-201 | ENST00000604229 | 296 nt | BASIC | 2.52 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL445584.2-201 | ENST00000614030 | 616 nt | TSL 5 BASIC | 2.52 | □□□□□ -2.01 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC006020.1-201 | ENST00000420179 | 1854 nt | BASIC | 2.52 | □□□□□ -2.01 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC025449.1-201 | ENST00000603896 | 529 nt | BASIC | 2.51 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007684.1-201 | ENST00000609671 | 477 nt | BASIC | 2.51 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HS1BP3-208 | ENST00000631166 | 78 nt | TSL 5 BASIC | 2.51 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FTX-214 | ENST00000638437 | 12267 nt | TSL 5 BASIC | 2.51 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | METTL18-201 | ENST00000303469 | 1426 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.51 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PEX3-201 | ENST00000367591 | 1969 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | N4BP2L2-211 | ENST00000504114 | 2513 nt | TSL 5 BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LRRC70-201 | ENST00000334994 | 2249 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MINPP1-204 | ENST00000536010 | 2215 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FOXP2-211 | ENST00000408937 | 6443 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC00305-201 | ENST00000323355 | 873 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MDM2-205 | ENST00000348801 | 798 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.1-201 | ENST00000352915 | 104 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA51.4-201 | ENST00000364993 | 124 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | Y_RNA.367-201 | ENST00000365544 | 101 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SMIM11P1-201 | ENST00000369586 | 178 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AKAP14-203 | ENST00000371425 | 793 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-74P-201 | ENST00000384235 | 107 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR181B1-201 | ENST00000385240 | 110 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL21P75-201 | ENST00000396599 | 483 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL592114.1-201 | ENST00000403842 | 483 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL139397.2-201 | ENST00000404529 | 772 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RN7SKP223-201 | ENST00000410582 | 62 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZNF90P2-204 | ENST00000419323 | 1075 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | C1orf195-201 | ENST00000424792 | 255 nt | TSL 2 BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS3AP44-201 | ENST00000425466 | 790 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL356867.1-201 | ENST00000429623 | 299 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC073464.1-201 | ENST00000429823 | 534 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HMGB3P12-201 | ENST00000438745 | 556 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SFTA1P-203 | ENST00000446372 | 693 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC092162.2-204 | ENST00000451851 | 566 nt | TSL 4 BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC013267.1-201 | ENST00000458227 | 267 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORD97-201 | ENST00000459187 | 142 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL21P39-201 | ENST00000463605 | 483 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL21P93-201 | ENST00000480465 | 489 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC233702.1-201 | ENST00000482905 | 502 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC087190.1-201 | ENST00000484462 | 480 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007182.2-201 | ENST00000489251 | 402 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC093591.1-201 | ENST00000491435 | 481 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL21P16-201 | ENST00000495531 | 483 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC019235.1-201 | ENST00000503847 | 207 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC011352.1-201 | ENST00000512300 | 793 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC108727.1-201 | ENST00000513802 | 393 nt | TSL 2 BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC004053.1-201 | ENST00000515127 | 575 nt | TSL 5 BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA31.3-201 | ENST00000516029 | 96 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU2-10P-201 | ENST00000516375 | 211 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RN7SKP258-201 | ENST00000517151 | 304 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CASP1P1-201 | ENST00000526345 | 212 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS3AP4-201 | ENST00000555161 | 764 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC02328-203 | ENST00000557195 | 682 nt | TSL 3 BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC019183.1-201 | ENST00000580524 | 505 nt | TSL 3 BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR5092-201 | ENST00000583139 | 88 nt | BASIC | 2.5 | □□□□□ -2.01 | | |