Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC087190.4-201ENST00000574616 8334 ntBASIC5.06□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RBBP6-203ENST00000381039 3384 ntTSL 1 (best) BASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 ACTR6-212ENST00000552376 1659 ntTSL 5 BASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SAMD12-202ENST00000409003 8866 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 ADGRL3-203ENST00000506700 4838 ntTSL 5 BASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 ZSCAN26-204ENST00000614088 2321 ntTSL 3 BASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC068254.2-201ENST00000623938 3577 ntBASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 Y_RNA.122-201ENST00000363331 96 ntBASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU6-740P-201ENST00000364734 105 ntBASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 Y_RNA.292-201ENST00000364904 97 ntBASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 BANF2-202ENST00000377805 444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU6-47P-201ENST00000383866 107 ntBASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 MIR298-201ENST00000401212 88 ntBASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC068483.1-201ENST00000413403 660 ntTSL 3 BASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AL024508.1-201ENST00000432477 505 ntTSL 2 BASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC109925.1-201ENST00000478069 331 ntBASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 ENPP7P9-201ENST00000514456 627 ntBASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 MIR5096-201ENST00000583713 70 ntBASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 ZFP30-209ENST00000589018 444 ntTSL 5 BASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 ZNF432-203ENST00000597273 624 ntTSL 2 BASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 C7orf77-201ENST00000616258 548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SCARNA4-201ENST00000629045 128 ntBASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC021753.1-201ENST00000635724 168 ntBASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 ANGPTL1-202ENST00000367629 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 STAG2-205ENST00000371160 6045 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC008079.2-201ENST00000623543 20396 ntBASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AL359693.1-201ENST00000614959 2407 ntBASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 DTNA-202ENST00000283365 6522 ntTSL 5 BASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SNCA-213ENST00000618500 3022 ntTSL 1 (best) BASIC5.05□□□□□ -1.6
USP4Q13107 DNAJB4-201ENST00000370763 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 EIF2AK2-201ENST00000233057 10042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 MS4A1-201ENST00000345732 3331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 ZNF117-201ENST00000282869 9080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SPINK5-201ENST00000256084 3535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SENP7-202ENST00000348610 3272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 DCX-202ENST00000358070 9405 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC092329.3-201ENST00000611392 1904 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU6-527P-201ENST00000363425 104 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU6-105P-201ENST00000363909 104 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 Y_RNA.286-201ENST00000364813 102 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU6-326P-201ENST00000365480 107 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU6-318P-201ENST00000384283 103 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 MIR32-201ENST00000384965 70 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 MIR1290-201ENST00000408735 78 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU4-30P-201ENST00000410245 143 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 TOMM22P1-201ENST00000418578 312 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RPL36AP10-201ENST00000421785 322 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC098614.2-201ENST00000426040 255 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AP000907.1-201ENST00000428428 510 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC011742.1-201ENST00000431448 434 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC005002.2-201ENST00000438228 269 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC098831.1-201ENST00000440661 216 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 H2AFZP5-201ENST00000446960 382 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RN7SL354P-201ENST00000469282 294 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 C10orf128-207ENST00000474718 614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RPL23AP65-201ENST00000475608 468 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC073429.1-201ENST00000511749 503 ntTSL 3 BASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SNORD116-28-201ENST00000516123 91 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU2-31P-201ENST00000516954 155 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SNORD113-5-201ENST00000607261 78 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC015914.2-201ENST00000618167 288 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 MIR6853-201ENST00000619642 74 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC027309.3-201ENST00000623419 351 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC241585.2-209ENST00000638217 143 ntBASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 ZNF207-203ENST00000394670 13781 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RGS5-212ENST00000618415 5812 ntTSL 4 BASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SMAD4-202ENST00000398417 8495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 EMSY-215ENST00000533248 3798 ntTSL 1 (best) BASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 CACNB4-233ENST00000636773 4143 ntTSL 5 BASIC5.04□□□□□ -1.6
USP4Q13107 FAM107B-229ENST00000622567 3510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 GPRC6A-203ENST00000530250 2310 ntTSL 1 (best) BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 LINC01828-203ENST00000452716 3250 ntTSL 5 BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 WEE2-201ENST00000397541 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RWDD2B-207ENST00000493196 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 UGT2B7-201ENST00000305231 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 SPART-201ENST00000355182 4820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 CFAP70-203ENST00000355577 3691 ntTSL 5 BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AL590240.1-201ENST00000334118 313 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU6-1020P-201ENST00000363684 107 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNU6-741P-201ENST00000383889 107 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 Y_RNA.504-201ENST00000384481 104 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RNA5SP332-201ENST00000391063 115 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 CACYBP-203ENST00000406752 243 ntTSL 5 BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 EIF4A1P3-201ENST00000411521 244 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RAB9AP3-201ENST00000412737 573 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 EIF1P2-201ENST00000428233 350 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 DNAJC19P7-201ENST00000428811 344 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC004837.2-201ENST00000435766 731 ntTSL 3 BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RPS15AP7-201ENST00000439294 405 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 CYCSP32-201ENST00000440548 321 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RAB9AP1-201ENST00000449393 573 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RPS5P7-201ENST00000456664 608 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AL139260.1-202ENST00000456813 441 ntTSL 3 BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 snoU13.24-201ENST00000458998 104 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 RPL7AP28-201ENST00000464513 571 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 HMGB1P22-201ENST00000505315 124 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AC009107.1-201ENST00000561923 330 ntTSL 3 BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 MIR4697-201ENST00000582977 78 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 ZNF562-205ENST00000587392 583 ntTSL 2 BASIC5.03□□□□□ -1.6
USP4Q13107 AL162424.1-201ENST00000602325 221 ntBASIC5.03□□□□□ -1.6
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