Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC022493.1-201ENST00000492984 337 ntBASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 GYPB-202ENST00000502664 521 ntTSL 1 (best) BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 LINC02501-201ENST00000510420 426 ntTSL 2 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 APOOP4-201ENST00000513530 597 ntBASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 NRG1-IT1-203ENST00000523743 292 ntTSL 3 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC002563.1-201ENST00000535109 451 ntTSL 3 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC073655.2-202ENST00000547927 401 ntTSL 3 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL359232.1-201ENST00000556361 442 ntTSL 3 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 MIR5701-3-201ENST00000578890 82 ntBASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 PPIAL4F-202ENST00000581138 660 ntAPPRIS P1 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 LINC00511-212ENST00000581183 657 ntTSL 3 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 MIR5701-1-201ENST00000585138 82 ntBASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 Z98949.1-211ENST00000596813 773 ntTSL 5 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 MIR6798-201ENST00000612887 67 ntBASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 SMAD5-AS1_4.1-201ENST00000615561 167 ntBASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 MIR5701-2-201ENST00000615634 82 ntBASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 SHMT1-211ENST00000618902 378 ntTSL 5 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 MAGI2-AS3-224ENST00000619135 205 ntTSL 5 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 hsa-mir-4536-1.1-201ENST00000636519 88 ntBASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 GAPT-202ENST00000396776 3016 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 YWHAZ-211ENST00000457309 3007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 ATP2C1-210ENST00000505330 4888 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 SLFN13-201ENST00000285013 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 SLC1A3-201ENST00000265113 4170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 KCTD16-201ENST00000507359 13950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 SPATA5-201ENST00000274008 8137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 SPOCK3-225ENST00000535728 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 ZNF569-203ENST00000392150 1918 ntTSL 1 (best) BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 R3HCC1L-202ENST00000314594 3198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 ZNF299P-201ENST00000406845 1804 ntBASIC5.48□□□□□ -1.53
USP4Q13107 CYP3A7-201ENST00000336374 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 ACSL5-204ENST00000393081 3380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 CEP295-206ENST00000531700 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 LINC02120-201ENST00000505518 2008 ntTSL 1 (best) BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 CKAP5-210ENST00000529230 7121 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 SNURFL-201ENST00000309296 343 ntBASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RNA5SP443-201ENST00000363083 132 ntBASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 Y_RNA.539-201ENST00000384635 107 ntBASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 MIR521-1-201ENST00000384902 87 ntBASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 PPIAP9-201ENST00000403866 498 ntBASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 MOBP-203ENST00000415443 577 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 EI24P1-201ENST00000416584 867 ntBASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC092164.1-202ENST00000428036 486 ntTSL 3 BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL078601.2-201ENST00000429444 474 ntTSL 2 BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL159987.2-201ENST00000432754 307 ntBASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 USP9YP7-201ENST00000436723 430 ntBASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RPEP5-201ENST00000441137 268 ntBASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 FLJ27354-202ENST00000443562 770 ntTSL 3 BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 USP9YP32-201ENST00000452432 430 ntBASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL139109.1-201ENST00000455491 297 ntBASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 LINC02447-203ENST00000504402 292 ntTSL 3 BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RN7SKP66-201ENST00000516681 231 ntBASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RNU6-143P-201ENST00000516942 93 ntBASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RN7SKP147-201ENST00000517154 244 ntBASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AP003123.1-201ENST00000526041 333 ntTSL 2 BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 PRR4-206ENST00000540107 388 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC046158.1-201ENST00000563408 719 ntTSL 3 BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC011933.3-201ENST00000578226 372 ntTSL 1 (best) BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC009779.6-201ENST00000603972 165 ntBASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL731566.2-201ENST00000618971 317 ntBASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 CCL14-204ENST00000622526 472 ntTSL 3 BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 ANO3-202ENST00000525139 3257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 RIF1-203ENST00000428287 7722 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC015813.1-203ENST00000585065 4722 ntTSL 2 BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AMY2B-201ENST00000361355 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 PTPRO-204ENST00000445537 4062 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 GTDC1-202ENST00000344850 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 OR8H2-201ENST00000313503 3088 ntAPPRIS P2 BASIC5.47□□□□□ -1.53
USP4Q13107 SCN2A-207ENST00000631182 8430 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.46□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AL445623.2-201ENST00000640307 4805 ntTSL 1 (best) BASIC5.46□□□□□ -1.53
USP4Q13107 CHRM2-203ENST00000445907 5918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.46□□□□□ -1.53
USP4Q13107 AC024337.2-201ENST00000616608 2797 ntTSL 5 BASIC5.46□□□□□ -1.53
USP4Q13107 ADCY10-201ENST00000367848 5055 ntTSL 1 (best) BASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 ZNF404-202ENST00000587539 1851 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 IL36B-202ENST00000327407 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RN7SKP104-201ENST00000362605 328 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 Y_RNA.84-201ENST00000363011 104 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 Y_RNA.592-201ENST00000410274 109 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RNU2-33P-201ENST00000410344 192 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RNU6-1203P-201ENST00000410703 110 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RNU2-14P-201ENST00000411053 191 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 EIF4EP2-201ENST00000422816 654 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 LINC01492-202ENST00000425157 659 ntTSL 5 BASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 CKS1BP5-201ENST00000434172 273 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC092573.2-201ENST00000434546 243 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC092573.2-202ENST00000437243 336 ntTSL 3 BASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC004938.1-201ENST00000438468 308 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 CLEC5A-203ENST00000439991 501 ntTSL 3 BASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RPL26P6-201ENST00000440913 438 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AL591623.2-201ENST00000449978 222 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC092647.2-201ENST00000452998 253 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC110767.1-201ENST00000508374 239 ntTSL 3 BASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 AC004980.4-201ENST00000513375 203 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 RNU6-927P-201ENST00000516199 100 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 MIR892C-201ENST00000516410 77 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 Y_RNA.700-201ENST00000516806 100 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 SCARNA20.4-201ENST00000516969 131 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 TRAV37-201ENST00000553906 342 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 MAFTRR-204ENST00000568389 506 ntTSL 4 BASIC5.46□□□□□ -1.54
USP4Q13107 MIR1273C-201ENST00000578669 77 ntBASIC5.46□□□□□ -1.54
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