Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Prss8-201ENSMUST00000032988 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Wnk2-207ENSMUST00000159559 6584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Tmx4-201ENSMUST00000038228 5488 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Ptprn-201ENSMUST00000027404 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Sdf4-203ENSMUST00000105578 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Ccdc50-203ENSMUST00000100026 7089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Phax-201ENSMUST00000008445 1942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Pgap3-202ENSMUST00000090827 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Cblb-201ENSMUST00000114471 6648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Nkx2-1-201ENSMUST00000001536 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Wnt2b-201ENSMUST00000029429 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 A330074K22Rik-201ENSMUST00000183235 2489 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Anks1-203ENSMUST00000114842 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Ctsd-202ENSMUST00000151120 2127 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Taf10-203ENSMUST00000141116 4281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Degs1-201ENSMUST00000035295 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Skap1-203ENSMUST00000100521 1539 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Skap1-204ENSMUST00000103154 1507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Ccdc84-202ENSMUST00000213813 2675 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Gm2990-201ENSMUST00000180662 1118 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Pdxk-ps-203ENSMUST00000183934 680 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Gm21814-202ENSMUST00000203277 873 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Arl2-201ENSMUST00000025893 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Gzmd-201ENSMUST00000082093 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Ogfr-201ENSMUST00000029087 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Atp6v0a1-203ENSMUST00000103110 2716 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Elf2-201ENSMUST00000062009 3353 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Tsc22d2-201ENSMUST00000099090 9799 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Pfkfb4-201ENSMUST00000051873 3316 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Dnah9-202ENSMUST00000108691 2671 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Use1Q9CQ56 Zswim1-201ENSMUST00000017908 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Chgb-201ENSMUST00000028826 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Tubb6-201ENSMUST00000001513 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Cdc23-201ENSMUST00000025228 2084 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Mapk8ip3-205ENSMUST00000119115 4173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Rffl-202ENSMUST00000071152 3633 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Cenps-202ENSMUST00000105695 544 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Gm13186-201ENSMUST00000118031 316 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Rcbtb2-217ENSMUST00000167401 868 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 2310033P09Rik-201ENSMUST00000020719 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Fxn-201ENSMUST00000081333 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Gm10812-201ENSMUST00000099864 546 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Bicdl1-204ENSMUST00000121746 1568 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Hmgb3-202ENSMUST00000072699 1571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Cactin-201ENSMUST00000050867 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Rint1-205ENSMUST00000120869 1886 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Serinc2-203ENSMUST00000122374 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Adcy1-201ENSMUST00000020706 12259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Igdcc4-202ENSMUST00000077696 6361 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Dcaf17-203ENSMUST00000112159 2490 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Col2a1-201ENSMUST00000023123 5104 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Ralgapa2-211ENSMUST00000228797 8245 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Tmtc4-204ENSMUST00000126867 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Stradb-201ENSMUST00000027185 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Ripk1-201ENSMUST00000021844 3266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Bptf-201ENSMUST00000057892 11488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Isg20l2-201ENSMUST00000055984 2893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Tuba8-201ENSMUST00000032233 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Ttc39b-202ENSMUST00000048274 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Bpifb3-201ENSMUST00000088950 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Gja4-201ENSMUST00000053753 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Ubn1-201ENSMUST00000052449 6455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Mastl-201ENSMUST00000028119 5590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Gm17200-201ENSMUST00000170214 2022 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Lrrfip2-201ENSMUST00000035078 3260 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Pi4k2a-201ENSMUST00000066778 3771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Mtg2-202ENSMUST00000108901 1444 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Hmga1-206ENSMUST00000119486 1003 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Lamtor5-201ENSMUST00000145735 881 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Gm43353-201ENSMUST00000199224 1295 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Gm45894-202ENSMUST00000212728 1097 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Chd3-201ENSMUST00000092971 6066 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Ptprt-202ENSMUST00000109442 7719 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Il11ra1-204ENSMUST00000108042 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Olah-203ENSMUST00000194918 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Stxbp3-201ENSMUST00000102621 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Usp53-201ENSMUST00000090379 6185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Ccdc30-201ENSMUST00000044781 1464 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Ppp2r2a-204ENSMUST00000225380 1988 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Lactbl1-201ENSMUST00000178843 2954 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Wbp1-202ENSMUST00000113936 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Ppp1r1b-204ENSMUST00000137634 1343 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Rccd1-202ENSMUST00000121882 2324 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Gdf5-201ENSMUST00000040162 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Malt1-201ENSMUST00000049248 5073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Nptn-212ENSMUST00000177292 1390 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Snx9-201ENSMUST00000002436 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Kif21a-203ENSMUST00000100304 6439 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Kif21a-202ENSMUST00000088614 6439 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Ube2j2-201ENSMUST00000024056 3483 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Bend6-204ENSMUST00000129464 1750 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Cops6-201ENSMUST00000019638 1787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 G3bp2-202ENSMUST00000164378 3026 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Pald1-201ENSMUST00000020289 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Arhgef10l-201ENSMUST00000039204 4493 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Tex30-204ENSMUST00000128190 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Nsl1-203ENSMUST00000139340 837 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 B430219N15Rik-201ENSMUST00000147230 835 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 Mir5122-201ENSMUST00000175004 89 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Use1Q9CQ56 1700025A08Rik-201ENSMUST00000200753 609 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30 ms