Protein–RNA interactions for Protein: Q99JW4

Lims1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, mousemouse

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lims1Q99JW4 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Lims1Q99JW4 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Lims1Q99JW4 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Lims1Q99JW4 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Lims1Q99JW4 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Lims1Q99JW4 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Lims1Q99JW4 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Lims1Q99JW4 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Lims1Q99JW4 Ip6k1-208ENSMUST00000176854 2251 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Lims1Q99JW4 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Lims1Q99JW4 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Lims1Q99JW4 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Lims1Q99JW4 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Lims1Q99JW4 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Lims1Q99JW4 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Lims1Q99JW4 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Lims1Q99JW4 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Lims1Q99JW4 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Lims1Q99JW4 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Lims1Q99JW4 Shb-201ENSMUST00000061986 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Lims1Q99JW4 Kif1c-205ENSMUST00000152618 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Lims1Q99JW4 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Lims1Q99JW4 Psip1-203ENSMUST00000107215 1898 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Lims1Q99JW4 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC21.29■■□□□ 1
Lims1Q99JW4 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Lims1Q99JW4 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Lims1Q99JW4 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Lims1Q99JW4 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Lims1Q99JW4 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Lims1Q99JW4 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Lims1Q99JW4 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
Lims1Q99JW4 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 A330041J22Rik-201ENSMUST00000150367 1825 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Dnajc21-201ENSMUST00000136591 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Anxa5-201ENSMUST00000029266 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Pdcd4-203ENSMUST00000165617 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
Lims1Q99JW4 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Tmem55b-201ENSMUST00000049312 1594 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Fam92a-202ENSMUST00000108285 1639 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Rasgef1c-203ENSMUST00000093142 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Lims1Q99JW4 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 Lsr-201ENSMUST00000001279 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 Dusp7-201ENSMUST00000172306 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 Hccs-201ENSMUST00000033717 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 Iffo2-203ENSMUST00000174078 5716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 Gm5784-202ENSMUST00000220896 2016 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Lims1Q99JW4 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.5 ms