Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Txndc9-207ENSMUST00000195032 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.76■■■□□ 2.83
Col18a1P39061 Gm45580-201ENSMUST00000210430 889 ntTSL 5 BASIC32.75■■■□□ 2.83
Col18a1P39061 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.75■■■□□ 2.83
Col18a1P39061 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
Col18a1P39061 Trnau1ap-203ENSMUST00000105962 961 ntTSL 5 BASIC32.74■■■□□ 2.83
Col18a1P39061 Gm26711-201ENSMUST00000180866 1833 ntTSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
Col18a1P39061 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
Col18a1P39061 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
Col18a1P39061 Rpl35-201ENSMUST00000080861 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
Col18a1P39061 Wbp1-208ENSMUST00000151393 837 ntTSL 3 BASIC32.73■■■□□ 2.83
Col18a1P39061 Sarnp-203ENSMUST00000219512 953 ntTSL 3 BASIC32.72■■■□□ 2.83
Col18a1P39061 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
Col18a1P39061 Gm29735-201ENSMUST00000209599 660 ntAPPRIS P1 BASIC32.7■■■□□ 2.83
Col18a1P39061 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
Col18a1P39061 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC32.7■■■□□ 2.82
Col18a1P39061 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
Col18a1P39061 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC32.68■■■□□ 2.82
Col18a1P39061 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC32.68■■■□□ 2.82
Col18a1P39061 AC164424.2-201ENSMUST00000223281 725 ntTSL 3 BASIC32.68■■■□□ 2.82
Col18a1P39061 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC32.67■■■□□ 2.82
Col18a1P39061 Unc119-201ENSMUST00000002127 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
Col18a1P39061 Gm9905-201ENSMUST00000065740 1845 ntBASIC32.66■■■□□ 2.82
Col18a1P39061 Gm2415-202ENSMUST00000134688 401 ntTSL 2 BASIC32.65■■■□□ 2.82
Col18a1P39061 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
Col18a1P39061 Hras-202ENSMUST00000097957 1199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.65■■■□□ 2.82
Col18a1P39061 Psmb8-201ENSMUST00000025196 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
Col18a1P39061 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
Col18a1P39061 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
Col18a1P39061 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.64■■■□□ 2.82
Col18a1P39061 3110021N24Rik-201ENSMUST00000178992 1812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.63■■■□□ 2.81
Col18a1P39061 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
Col18a1P39061 Rin3-207ENSMUST00000150795 937 ntTSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
Col18a1P39061 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC32.62■■■□□ 2.81
Col18a1P39061 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.61■■■□□ 2.81
Col18a1P39061 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC32.61■■■□□ 2.81
Col18a1P39061 Spryd7-202ENSMUST00000100496 1459 ntTSL 1 (best) BASIC32.6■■■□□ 2.81
Col18a1P39061 2410017I17Rik-201ENSMUST00000056774 1509 ntTSL 5 BASIC32.6■■■□□ 2.81
Col18a1P39061 Tmem55b-206ENSMUST00000161166 1445 ntTSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
Col18a1P39061 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.59■■■□□ 2.81
Col18a1P39061 Pdgfa-204ENSMUST00000110897 1287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.59■■■□□ 2.81
Col18a1P39061 Tm2d2-201ENSMUST00000033961 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
Col18a1P39061 Runx2os1-201ENSMUST00000097320 792 ntTSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
Col18a1P39061 Gm7276-201ENSMUST00000097520 1252 ntAPPRIS P1 BASIC32.58■■■□□ 2.81
Col18a1P39061 Phox2a-201ENSMUST00000008090 1609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
Col18a1P39061 Phf2os1-201ENSMUST00000123212 498 ntTSL 3 BASIC32.57■■■□□ 2.8
Col18a1P39061 Usf2-203ENSMUST00000162228 960 ntTSL 5 BASIC32.57■■■□□ 2.8
Col18a1P39061 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
Col18a1P39061 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
Col18a1P39061 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.56■■■□□ 2.8
Col18a1P39061 Asph-201ENSMUST00000038564 1174 ntTSL 1 (best) BASIC32.56■■■□□ 2.8
Col18a1P39061 Asph-205ENSMUST00000098275 1007 ntTSL 5 BASIC32.56■■■□□ 2.8
Col18a1P39061 Srsf2-206ENSMUST00000190993 1326 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.56■■■□□ 2.8
Col18a1P39061 Coprs-201ENSMUST00000033839 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
Col18a1P39061 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
Col18a1P39061 Dleu2-204ENSMUST00000182286 666 ntTSL 2 BASIC32.53■■■□□ 2.8
Col18a1P39061 Dleu2-213ENSMUST00000183245 637 ntTSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
Col18a1P39061 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC32.52■■■□□ 2.8
Col18a1P39061 Gm39157-201ENSMUST00000212322 1180 ntTSL 5 BASIC32.51■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 Hacd1-202ENSMUST00000091429 871 ntTSL 1 (best) BASIC32.51■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 Dexi-201ENSMUST00000038281 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 Gm13594-201ENSMUST00000137582 476 ntTSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 Gm7544-201ENSMUST00000222426 828 ntAPPRIS P1 BASIC32.5■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 Sin3b-202ENSMUST00000109950 1024 ntTSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 Gm10645-201ENSMUST00000098605 1090 ntAPPRIS P1 BASIC32.5■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 Ppp4c-201ENSMUST00000032936 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.49■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC32.49■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 AC093043.1-201ENSMUST00000226700 898 ntBASIC32.47■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 Map2k7-201ENSMUST00000003027 1626 ntTSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 Nog-201ENSMUST00000061728 1695 ntAPPRIS P1 BASIC32.46■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 Mt2-201ENSMUST00000034214 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
Col18a1P39061 Serpinb6a-206ENSMUST00000167163 1654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.45■■■□□ 2.78
Col18a1P39061 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
Col18a1P39061 AC102554.1-201ENSMUST00000216236 537 ntTSL 5 BASIC32.43■■■□□ 2.78
Col18a1P39061 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
Col18a1P39061 Qdpr-201ENSMUST00000015950 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
Col18a1P39061 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
Col18a1P39061 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC32.42■■■□□ 2.78
Col18a1P39061 Papola-211ENSMUST00000166735 1033 ntTSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
Col18a1P39061 H1fx-201ENSMUST00000056403 1217 ntAPPRIS P1 BASIC32.42■■■□□ 2.78
Col18a1P39061 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
Col18a1P39061 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
Col18a1P39061 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
Col18a1P39061 Socs2-202ENSMUST00000119917 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
Col18a1P39061 Tmem42-201ENSMUST00000084733 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.39■■■□□ 2.78
Col18a1P39061 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
Col18a1P39061 Hibadh-201ENSMUST00000031788 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
Col18a1P39061 Snx21-203ENSMUST00000152471 1243 ntTSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
Col18a1P39061 Gm12905-201ENSMUST00000153814 658 ntTSL 2 BASIC32.38■■■□□ 2.77
Col18a1P39061 C530008M17Rik-201ENSMUST00000086909 1844 ntBASIC32.38■■■□□ 2.77
Col18a1P39061 Eif5a-208ENSMUST00000108611 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
Col18a1P39061 Gemin7-203ENSMUST00000119912 653 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.37■■■□□ 2.77
Col18a1P39061 Gm43566-201ENSMUST00000196851 808 ntBASIC32.37■■■□□ 2.77
Col18a1P39061 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC32.36■■■□□ 2.77
Col18a1P39061 H2afj-202ENSMUST00000203982 577 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC32.36■■■□□ 2.77
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.3 ms