Protein–RNA interactions for Protein: E9PWQ3

Col6a3, Collagen, type VI, alpha 3, mousemouse

Predictions only

Length 3,284 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a3E9PWQ3 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Col6a3E9PWQ3 B230208H11Rik-201ENSMUST00000180529 1112 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Col6a3E9PWQ3 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Col6a3E9PWQ3 Nkain1-201ENSMUST00000105993 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Col6a3E9PWQ3 AC117245.1-201ENSMUST00000215481 566 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Col6a3E9PWQ3 Hspd1-201ENSMUST00000027123 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Col6a3E9PWQ3 Gm9959-201ENSMUST00000068277 390 ntBASIC24.58■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 Pgp-201ENSMUST00000053024 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 Fkbp1b-201ENSMUST00000020964 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 Prr7-201ENSMUST00000046533 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 Snrpb-201ENSMUST00000103199 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 Pgls-205ENSMUST00000143441 1062 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 0610009L18Rik-201ENSMUST00000143813 619 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 Timm8a1-201ENSMUST00000054213 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 Kiss1-202ENSMUST00000178033 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 B430218F22Rik-201ENSMUST00000181168 1495 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Col6a3E9PWQ3 Knstrn-202ENSMUST00000110842 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.51
Col6a3E9PWQ3 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC24.52■■□□□ 1.51
Col6a3E9PWQ3 Mpv17l2-201ENSMUST00000038626 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.51
Col6a3E9PWQ3 Gm28040-202ENSMUST00000184603 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Col6a3E9PWQ3 Slc50a1-201ENSMUST00000029565 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col6a3E9PWQ3 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col6a3E9PWQ3 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col6a3E9PWQ3 AC166358.2-201ENSMUST00000223403 734 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col6a3E9PWQ3 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Col6a3E9PWQ3 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col6a3E9PWQ3 4930426D05Rik-204ENSMUST00000144487 1393 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Col6a3E9PWQ3 Gm15908-201ENSMUST00000154345 1091 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Col6a3E9PWQ3 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col6a3E9PWQ3 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
Col6a3E9PWQ3 Gm45444-201ENSMUST00000211394 898 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
Col6a3E9PWQ3 1700016K19Rik-201ENSMUST00000066408 921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Col6a3E9PWQ3 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Col6a3E9PWQ3 Snx21-203ENSMUST00000152471 1243 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Col6a3E9PWQ3 Gm43566-201ENSMUST00000196851 808 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
Col6a3E9PWQ3 Gm9910-201ENSMUST00000195385 1550 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
Col6a3E9PWQ3 Ppp1r12b-203ENSMUST00000112163 828 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Col6a3E9PWQ3 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Col6a3E9PWQ3 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Col6a3E9PWQ3 Jtb-202ENSMUST00000119304 878 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
Col6a3E9PWQ3 Prrx2-201ENSMUST00000041659 1441 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Col6a3E9PWQ3 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Col6a3E9PWQ3 Becn1-216ENSMUST00000170502 725 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Col6a3E9PWQ3 Gm44866-201ENSMUST00000208774 391 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Col6a3E9PWQ3 Tmem238-201ENSMUST00000168578 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
Col6a3E9PWQ3 Srcap-202ENSMUST00000098025 1257 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Col6a3E9PWQ3 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
Col6a3E9PWQ3 4930467K11Rik-201ENSMUST00000180831 723 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
Col6a3E9PWQ3 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Ncoa7-206ENSMUST00000215725 1445 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Ltb-203ENSMUST00000173600 905 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Lsm4-201ENSMUST00000034311 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Gng12-203ENSMUST00000114224 680 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Gng12-206ENSMUST00000114227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Copz2-201ENSMUST00000018816 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Dhrs11-201ENSMUST00000047560 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 H1fx-201ENSMUST00000056403 1217 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Bag1-203ENSMUST00000191273 1348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Tmx4-202ENSMUST00000110119 596 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Id3-201ENSMUST00000008016 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Clec3b-201ENSMUST00000026890 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Zfp36l1-204ENSMUST00000219642 545 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Rpl34-201ENSMUST00000062601 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Psmb8-201ENSMUST00000025196 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Zc3h6-201ENSMUST00000110319 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Cyp2r1-202ENSMUST00000119712 917 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Col6a3E9PWQ3 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Ak2-201ENSMUST00000030583 986 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 March2-203ENSMUST00000172767 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Tmem185a-202ENSMUST00000114630 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Vax1-201ENSMUST00000172821 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Pcf11-204ENSMUST00000208058 461 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Hebp2-202ENSMUST00000213153 968 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Tlx2-201ENSMUST00000089641 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Pth2-202ENSMUST00000210086 481 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Svbp-201ENSMUST00000030395 733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Txndc9-207ENSMUST00000195032 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Nudt3-203ENSMUST00000114886 996 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Gm13594-201ENSMUST00000137582 476 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Col6a3E9PWQ3 Kcnip3-202ENSMUST00000088538 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 75.2 ms