Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC076968.1-201ENST00000566418 429 ntTSL 5 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC243829.4-202ENST00000610845 410 ntTSL 5 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AL355810.1-201ENST00000614629 552 ntBASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 MIR7155-201ENST00000615925 56 ntBASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC105265.4-201ENST00000618391 306 ntTSL 5 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 CKAP2-207ENST00000490903 3395 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 CLDND1-208ENST00000503004 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 DYRK1A-202ENST00000339659 8654 ntTSL 1 (best) BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 PCGF5-205ENST00000614189 7037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ALB-202ENST00000401494 1659 ntTSL 5 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC004982.1-201ENST00000608770 1655 ntTSL 4 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 LINC01206-204ENST00000482787 9580 ntTSL 1 (best) BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 AC007750.1-202ENST00000418968 4098 ntTSL 5 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 PHACTR4-201ENST00000373836 3107 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 ADGRF5-201ENST00000265417 5668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 WDR17-201ENST00000280190 4705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.72□□□□□ -1.49
USP4Q13107 CTSV-203ENST00000538255 4322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.71□□□□□ -1.49
USP4Q13107 CFL2-201ENST00000298159 6747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.71□□□□□ -1.49
USP4Q13107 DPP8-203ENST00000341861 8699 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 TEK-205ENST00000615002 4666 ntTSL 5 BASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 SEMA6D-210ENST00000558816 4419 ntTSL 5 BASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 ELOVL7-203ENST00000505959 4165 ntTSL 1 (best) BASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AL078621.3-201ENST00000623707 2042 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AL121886.1-201ENST00000358609 435 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 Y_RNA.14-201ENST00000362415 103 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 Y_RNA.26-201ENST00000362539 101 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RN7SKP185-201ENST00000362813 326 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 Y_RNA.64-201ENST00000362845 102 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNA5SP326-201ENST00000363209 110 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 CDC123-202ENST00000378900 933 ntTSL 5 BASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC005042.1-201ENST00000393397 800 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RPL21P67-201ENST00000402896 478 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AL009179.1-201ENST00000406085 265 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNA5SP56-201ENST00000410277 118 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNU4-78P-201ENST00000410940 126 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AL020994.2-201ENST00000413244 571 ntTSL 4 BASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC025946.1-201ENST00000413286 430 ntTSL 3 BASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNF10P1-201ENST00000418589 369 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 BX842559.1-201ENST00000419615 532 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC007161.1-204ENST00000423039 460 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC108075.1-201ENST00000424692 529 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RPS27P18-201ENST00000431701 247 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AL133396.1-201ENST00000432048 687 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 TMEM183AP1-205ENST00000432739 290 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 FAR2P1-203ENST00000440931 187 ntTSL 2 BASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC091685.1-201ENST00000442436 448 ntTSL 3 BASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 SPAG11B-206ENST00000458665 444 ntTSL 5 BASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNU6-953P-201ENST00000459154 107 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC072052.1-201ENST00000496556 306 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 LINC02513-201ENST00000503465 500 ntTSL 2 BASIC5.71□□□□□ -1.5
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USP4Q13107 AC078889.1-201ENST00000536412 523 ntTSL 2 BASIC5.71□□□□□ -1.5
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USP4Q13107 LAMTOR5-AS1-244ENST00000629484 780 ntTSL 5 BASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 MIR4496-201ENST00000635896 61 ntBASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 OR8J3-204ENST00000642058 3806 ntAPPRIS P1 BASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 ATP1B4-202ENST00000361319 3856 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 DPP8-210ENST00000559233 2953 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 GRIA2-202ENST00000296526 5621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 IL1RAPL1-202ENST00000378993 3667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.71□□□□□ -1.5
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USP4Q13107 GLRA2-202ENST00000355020 1730 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 PRUNE2-204ENST00000376718 12584 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.71□□□□□ -1.5
USP4Q13107 ZFAND6-212ENST00000559775 1602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 GYS2-201ENST00000261195 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 MAPK10-349ENST00000641767 3661 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 LINGO2-201ENST00000308675 3031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.7□□□□□ -1.5
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USP4Q13107 ERMN-201ENST00000397283 3760 ntTSL 2 BASIC5.7□□□□□ -1.5
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USP4Q13107 APCS-201ENST00000255040 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNA5SP507-201ENST00000363603 121 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNU6-263P-201ENST00000363811 107 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNU4-42P-201ENST00000364738 142 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNU1-136P-201ENST00000384181 164 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 RNU6-790P-201ENST00000384479 105 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 SNORD73A-201ENST00000386062 65 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 HSPE1P8-201ENST00000406997 288 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC096921.1-201ENST00000411661 375 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 MIR3681HG-202ENST00000412606 578 ntTSL 5 BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AL137014.1-201ENST00000420490 1226 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 Z82246.1-201ENST00000428201 457 ntTSL 2 BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC073063.1-201ENST00000434352 607 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 GAPDHP58-201ENST00000438477 1006 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 Z68323.1-201ENST00000450365 519 ntTSL 3 BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 Z92846.1-201ENST00000456203 268 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC093270.2-201ENST00000486157 792 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 CREM-238ENST00000488741 651 ntTSL 2 BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 LINC02223-202ENST00000511596 578 ntTSL 5 BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 SLC48A1-205ENST00000547002 751 ntTSL 3 BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC112481.1-201ENST00000549669 901 ntTSL 2 BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 LINC01619-209ENST00000552277 571 ntTSL 4 BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 LINC00871-201ENST00000555246 408 ntTSL 5 BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 OR4H12P-201ENST00000556269 907 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 AC092078.1-201ENST00000558370 325 ntTSL 3 BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 PWRN1-209ENST00000568019 359 ntTSL 3 BASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 MIR5692A1-201ENST00000580523 69 ntBASIC5.7□□□□□ -1.5
USP4Q13107 LINC02079-201ENST00000582518 294 ntTSL 2 BASIC5.7□□□□□ -1.5
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