Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQ69

LHX9, LIM/homeobox protein Lhx9, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX9Q9NQ69 SNORA31.26-201ENST00000517250 137 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 TMEM68-214ENST00000523073 536 ntTSL 3 BASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC011363.1-201ENST00000524198 458 ntTSL 5 BASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AP001189.6-201ENST00000528781 831 ntTSL 1 (best) BASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 DEFB130C-202ENST00000530001 230 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AL163973.2-201ENST00000548096 288 ntTSL 3 BASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AL160237.1-201ENST00000554526 572 ntTSL 4 BASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 MTCYBP23-201ENST00000558717 1102 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC027807.1-201ENST00000559921 996 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC025271.3-201ENST00000563031 255 ntTSL 5 BASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 MTCYBP28-201ENST00000566728 1132 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC138761.3-201ENST00000579993 334 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 MIR4666A-201ENST00000580160 79 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC024610.1-201ENST00000582685 323 ntTSL 3 BASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC022069.1-201ENST00000582910 658 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC083760.1-201ENST00000589621 670 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 BNIP3P40-201ENST00000596017 556 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 ATP1B3P1-201ENST00000605365 821 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AL512625.3-207ENST00000609749 477 ntTSL 3 BASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AL157392.4-201ENST00000609756 345 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AL592148.2-201ENST00000612210 372 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 PART1_2.1-201ENST00000612397 250 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 RPL36A-210ENST00000614077 881 ntTSL 1 (best) BASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC022960.3-201ENST00000619794 441 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC123767.1-202ENST00000620407 817 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC022509.4-201ENST00000621404 572 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC098679.5-201ENST00000624394 571 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AP003485.1-201ENST00000625093 753 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 FAM157B-203ENST00000639350 358 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 FAM35BP-202ENST00000497389 3337 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 RNF219-AS1-214ENST00000607862 6001 ntTSL 1 (best) BASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 SPEF2-203ENST00000440995 5964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AL136164.4-201ENST00000625013 2135 ntBASIC2.75□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 HTR2B-201ENST00000258400 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 NEB-220ENST00000618972 26307 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 ZNF29P-201ENST00000225587 168 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 RNU6-839P-201ENST00000363347 108 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 RNU6-441P-201ENST00000384545 106 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 MIR217-201ENST00000384817 110 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 MIR153-1-201ENST00000384914 90 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 MTCO1P56-201ENST00000401674 224 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AL079342.2-201ENST00000403367 482 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AL133264.1-201ENST00000407157 562 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 RNA5SP184-201ENST00000411071 108 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AL451074.5-201ENST00000415894 435 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 MTND2P9-201ENST00000422293 931 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 LINC01611-201ENST00000428896 477 ntTSL 5 BASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC087499.2-201ENST00000432861 149 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC069540.2-201ENST00000441776 351 ntTSL 3 BASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC112653.1-201ENST00000443851 386 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AL009048.1-201ENST00000450437 298 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 IFT74-AS1-201ENST00000456198 405 ntTSL 2 BASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC012181.1-201ENST00000479895 423 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC079203.1-201ENST00000487972 404 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC020651.1-201ENST00000490324 360 ntTSL 3 BASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC084024.2-201ENST00000503480 791 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC113347.4-201ENST00000506032 685 ntTSL 3 BASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC105389.2-201ENST00000506475 435 ntTSL 3 BASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC087241.1-201ENST00000508615 429 ntTSL 5 BASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC011405.1-201ENST00000514207 248 ntTSL 3 BASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC012625.1-201ENST00000515153 625 ntTSL 5 BASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 RNU6-415P-201ENST00000516252 97 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC118942.1-202ENST00000529081 578 ntTSL 5 BASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AL133372.3-201ENST00000553082 821 ntTSL 3 BASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 SLC12A1-210ENST00000561031 735 ntTSL 2 BASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 CYCSP39-201ENST00000565821 309 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 MIR4319-201ENST00000577285 85 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 MIR4509-3-201ENST00000578671 94 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 MIR4509-2-201ENST00000583920 94 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 SNORD39.3-201ENST00000584451 71 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC245884.10-201ENST00000597355 337 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AL390838.2-201ENST00000602394 274 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC024153.1-201ENST00000603103 365 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AL160237.3-201ENST00000604114 1013 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AP003973.1-201ENST00000604639 691 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 MIR4509-1-201ENST00000618224 94 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AL355493.4-201ENST00000618530 292 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC009039.2-201ENST00000624524 529 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AL139220.2-223ENST00000625982 921 ntTSL 5 BASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 SATB1-AS1-258ENST00000629405 664 ntTSL 5 BASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC087821.2-201ENST00000637086 450 ntBASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 TANK-201ENST00000259075 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 MUM1L1-203ENST00000372552 3957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC2.74□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 GPR183-201ENST00000376414 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.73□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 FAM214A-201ENST00000261844 4217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.73□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 SIRT1-202ENST00000403579 3333 ntTSL 1 (best) BASIC2.73□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC106754.1-201ENST00000562632 1513 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 CCDC30-203ENST00000428554 3063 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC2.73□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 NUP35-201ENST00000295119 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.73□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 MUC7-203ENST00000456088 2479 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC2.73□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 DIRC1-201ENST00000308100 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC2.73□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 KRTAP27-1-201ENST00000382835 682 ntAPPRIS P1 BASIC2.73□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 SNORD116-12-201ENST00000384468 92 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 MIR181B1-201ENST00000385240 110 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AL078590.1-201ENST00000412602 479 ntTSL 3 BASIC2.73□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 FCF1P2-201ENST00000415284 583 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 RPL7P10-201ENST00000417407 739 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC233981.1-201ENST00000423224 461 ntBASIC2.73□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC006076.1-201ENST00000423233 345 ntTSL 3 BASIC2.73□□□□□ -1.97
LHX9Q9NQ69 AC005165.1-203ENST00000423689 1281 ntTSL 3 BASIC2.73□□□□□ -1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.6 ms