Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RYR3-208ENST00000622037 15564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 GTPBP10-201ENST00000222511 7531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 C6orf10-205ENST00000527965 2076 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 CPED1-203ENST00000423795 2189 ntTSL 1 (best) BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 OR52E5-201ENST00000610445 2244 ntAPPRIS P1 BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AP004607.3-201ENST00000530354 3915 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 ZNF615-213ENST00000602063 4094 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 ZNF227-208ENST00000589005 2943 ntTSL 2 BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 POT1-AS1-205ENST00000453342 3252 ntTSL 1 (best) BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 TDRD5-202ENST00000367614 3632 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 SLC12A6-216ENST00000560164 3744 ntTSL 2 BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 Y_RNA.288-201ENST00000364854 92 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 OR5L2-201ENST00000378397 936 ntAPPRIS P1 BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 RNU6-339P-201ENST00000384310 107 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 SNORA41-201ENST00000384675 132 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 MT-TC-201ENST00000387405 66 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 RN7SKP126-201ENST00000411143 300 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC096664.2-201ENST00000411843 406 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 HMGB1P9-201ENST00000429856 646 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 LINC02095-201ENST00000430908 346 ntTSL 2 BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 RPS15AP10-201ENST00000432472 382 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 RHOT1P3-201ENST00000436571 331 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AL162419.1-201ENST00000440674 873 ntTSL 1 (best) BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AL161621.1-201ENST00000444796 340 ntTSL 3 BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 snoU109.4-201ENST00000458953 143 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC092324.1-201ENST00000468671 324 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC084198.1-201ENST00000477747 402 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 RPL21P103-201ENST00000479921 488 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 VN1R105P-201ENST00000486595 910 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC109464.3-201ENST00000509456 204 ntTSL 5 BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC092436.3-201ENST00000511788 257 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 RNU6-390P-201ENST00000516259 103 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC127894.1-201ENST00000548266 851 ntTSL 3 BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC087286.2-201ENST00000558980 660 ntTSL 3 BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC009852.2-201ENST00000567898 485 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC060780.2-201ENST00000589047 198 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC108751.5-201ENST00000492880 1336 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AGTR1-208ENST00000475347 1669 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 ING3-205ENST00000445699 1723 ntTSL 1 (best) BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 C17orf78-204ENST00000615133 1862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 SPAM1-205ENST00000439500 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 MFSD8-239ENST00000641590 2479 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 KCNJ1-206ENST00000440599 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 HUWE1-214ENST00000612484 14311 ntTSL 5 BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 NELL2-201ENST00000333837 2943 ntTSL 2 BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 ZNF788-203ENST00000430298 3941 ntTSL 2 BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AL603840.1-201ENST00000422374 4063 ntTSL 2 BASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC239868.2-201ENST00000564237 4527 ntBASIC5.87□□□□□ -1.47
USP4Q13107 KSR2-201ENST00000339824 17726 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 ATF2-212ENST00000426833 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 PATL1-201ENST00000300146 4072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 IQCH-202ENST00000358767 3062 ntTSL 5 BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 LINC02261-201ENST00000512873 2802 ntTSL 2 BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 PTPRD-206ENST00000397617 8248 ntTSL 5 BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 MINPP1-204ENST00000536010 2215 ntTSL 1 (best) BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 KERA-201ENST00000266719 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 ZNF107-205ENST00000613690 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 SOCS5P3-201ENST00000425115 1576 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AL359893.1-201ENST00000447628 1580 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC103993.1-201ENST00000521500 1584 ntTSL 5 BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 RAB30-216ENST00000612684 9783 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC106870.1-201ENST00000359823 200 ntTSL 3 BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 RNU6-209P-201ENST00000384118 107 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 RNU6-842P-201ENST00000384269 107 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AL355989.1-202ENST00000419406 408 ntTSL 3 BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AL356277.2-201ENST00000421318 441 ntTSL 2 BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 ARL5AP4-201ENST00000430731 512 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 NOTCH2P1-201ENST00000443481 624 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 BX276092.4-201ENST00000452056 248 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC112492.4-201ENST00000456549 352 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 RPS23P2-201ENST00000463671 415 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC008571.1-201ENST00000467232 300 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC103783.1-201ENST00000520506 373 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AP000859.1-201ENST00000525536 307 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 OR10G5P-201ENST00000532733 358 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 TRPT1-216ENST00000546133 382 ntTSL 2 BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC091516.1-201ENST00000549191 703 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 LINC01580-201ENST00000555255 561 ntTSL 4 BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 C16orf97-203ENST00000566314 281 ntTSL 3 BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 FKBP1AP1-201ENST00000594588 318 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC006115.2-201ENST00000596823 202 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC073254.1-207ENST00000600482 714 ntTSL 5 BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AL391422.2-201ENST00000602854 361 ntTSL 2 BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC006254.3-201ENST00000603353 884 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC018445.2-201ENST00000622987 260 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 SEC31A-226ENST00000508479 3397 ntTSL 2 BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 MAP2-205ENST00000392194 5303 ntTSL 1 (best) BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 PCA3-201ENST00000412654 3922 ntTSL 1 (best) BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 ZNF567-203ENST00000585696 3734 ntTSL 1 (best) BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 CYLC1-201ENST00000329312 2106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC009229.4-201ENST00000623854 1947 ntBASIC5.86□□□□□ -1.47
USP4Q13107 SLC4A10-202ENST00000375514 5710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC5.85□□□□□ -1.47
USP4Q13107 ZNF611-201ENST00000319783 3153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.85□□□□□ -1.47
USP4Q13107 MTND5P7-201ENST00000413558 1798 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
USP4Q13107 MTND5P27-201ENST00000428871 1720 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
USP4Q13107 SLMAP-208ENST00000449503 4027 ntTSL 1 (best) BASIC5.85□□□□□ -1.47
USP4Q13107 NOSTRIN-206ENST00000444448 2537 ntTSL 5 BASIC5.85□□□□□ -1.47
USP4Q13107 BCORP1-203ENST00000513194 5093 ntBASIC5.85□□□□□ -1.47
USP4Q13107 ZNF260-204ENST00000592282 5055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.85□□□□□ -1.47
USP4Q13107 ASB14-201ENST00000389601 3175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.85□□□□□ -1.47
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