Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC005899.2-201ENST00000584353 90 ntBASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AC011477.3-201ENST00000585571 403 ntTSL 5 BASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 AC090607.5-201ENST00000615692 224 ntBASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 MIR8080-201ENST00000622224 89 ntBASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 SCN2A-202ENST00000375427 8553 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.9□□□□□ -1.46
USP4Q13107 IPCEF1-202ENST00000367220 1658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.9□□□□□ -1.47
USP4Q13107 IBTK-206ENST00000503631 3560 ntTSL 1 (best) BASIC5.9□□□□□ -1.47
USP4Q13107 SEMA3A-201ENST00000265362 8225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.9□□□□□ -1.47
USP4Q13107 WDR63-202ENST00000326813 2888 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.9□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AL137003.2-201ENST00000606924 2538 ntBASIC5.9□□□□□ -1.47
USP4Q13107 FNBP1L-206ENST00000604705 1830 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC5.9□□□□□ -1.47
USP4Q13107 NXT2-201ENST00000218004 2692 ntTSL 1 (best) BASIC5.9□□□□□ -1.47
USP4Q13107 SGIP1-203ENST00000371037 7768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.9□□□□□ -1.47
USP4Q13107 CROT-204ENST00000442291 1993 ntTSL 5 BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 IQCB2P-201ENST00000401788 1633 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 CRB1-203ENST00000367400 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC000374.1-201ENST00000434698 1745 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 CFAP70-201ENST00000310715 3703 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 EIF2AP4-201ENST00000424793 1781 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 FAM71D-211ENST00000612183 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 Y_RNA.39-201ENST00000362620 98 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 Y_RNA.210-201ENST00000364161 110 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 BPHL-201ENST00000380368 797 ntTSL 5 BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 RNA5SP187-201ENST00000384400 119 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 Y_RNA.552-201ENST00000384665 112 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC099336.2-201ENST00000422457 254 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 U51244.1-201ENST00000423120 374 ntTSL 3 BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 MRPS18CP6-201ENST00000423587 223 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC097713.2-201ENST00000430199 356 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AL359672.1-201ENST00000442302 409 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 MACROD2-IT1-201ENST00000448536 665 ntTSL 5 BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 LINC01496-201ENST00000448761 460 ntTSL 5 BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AL590764.1-201ENST00000450860 726 ntTSL 3 BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AL450023.1-201ENST00000450868 751 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC099560.2-201ENST00000457554 255 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC093001.1-201ENST00000489011 551 ntTSL 4 BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC114801.2-201ENST00000503825 781 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC009901.1-201ENST00000506703 541 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 RNU6-408P-201ENST00000515910 100 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC091231.1-201ENST00000558443 391 ntTSL 5 BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 LINC00933-205ENST00000560917 449 ntTSL 3 BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 MRPS21P7-201ENST00000566937 238 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 OR1F2P-201ENST00000570470 933 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AL021879.1-201ENST00000611756 288 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AL359547.2-201ENST00000615810 418 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 MIR8062-201ENST00000621515 85 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AL590399.5-201ENST00000428709 3325 ntTSL 2 BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 DDX10P1-201ENST00000448545 1933 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 LRRC49-223ENST00000560369 2586 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 CBLL1-201ENST00000222597 2003 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC116667.1-201ENST00000604855 2072 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 TRIM64B-201ENST00000329862 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 GRIA4-204ENST00000428631 2778 ntTSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC099792.1-203ENST00000634701 2183 ntTSL 5 BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 CSMD1-215ENST00000537824 13512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.89□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AASDH-201ENST00000205214 3590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 EPC2-201ENST00000258484 3649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 CPS1-IT1-201ENST00000628368 2306 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 ZBTB8A-202ENST00000373510 7075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC087473.1-201ENST00000561320 2471 ntTSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 TPTE2-205ENST00000400230 1793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 HSPA8P4-201ENST00000511877 1920 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 LINC00824-203ENST00000520206 2055 ntTSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
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USP4Q13107 MIR548I1-201ENST00000408810 149 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 RNU6-293P-201ENST00000411259 106 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC011933.1-201ENST00000413334 321 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AL353693.1-201ENST00000429567 442 ntTSL 3 BASIC5.88□□□□□ -1.47
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USP4Q13107 RPL21P2-201ENST00000440049 481 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
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USP4Q13107 LINC02540-201ENST00000455554 570 ntTSL 3 BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC074033.2-201ENST00000480669 535 ntTSL 3 BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 CEACAMP10-202ENST00000495431 496 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 NDUFB5P1-201ENST00000508134 564 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC012400.1-201ENST00000518452 381 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC022616.4-201ENST00000522985 181 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC006065.3-201ENST00000541769 419 ntTSL 5 BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 PCED1B-AS1-210ENST00000552975 378 ntTSL 2 BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AL359219.2-201ENST00000555184 348 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AL355076.2-201ENST00000555736 544 ntTSL 5 BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AC020661.3-201ENST00000558101 414 ntTSL 3 BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 PSMA4-205ENST00000558281 773 ntTSL 3 BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 LINC02165-201ENST00000563061 443 ntTSL 3 BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 LINC01835-202ENST00000589345 450 ntTSL 3 BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 MIR4458HG-202ENST00000605918 1057 ntTSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 EIF3FP1-201ENST00000613970 806 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 AL118522.2-201ENST00000616045 615 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 BACH1-202ENST00000399921 5769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 FAM135A-202ENST00000361499 5042 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 TTC39C-201ENST00000304621 2304 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 KDM4C-214ENST00000536108 3406 ntTSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 STK31-201ENST00000354639 3596 ntTSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 DLGAP5-202ENST00000395425 2954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 RAPH1-209ENST00000439222 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 BANK1-203ENST00000444316 3141 ntTSL 2 BASIC5.88□□□□□ -1.47
USP4Q13107 RYR3-201ENST00000389232 15552 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.87□□□□□ -1.47
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