Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AC091152.2-201ENST00000591628 2569 ntBASIC3.42□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 PKIB-201ENST00000258014 1595 ntTSL 2 BASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 DEFA7P-201ENST00000382676 285 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 RNA5SP213-201ENST00000391031 106 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 AC099060.1-201ENST00000427806 448 ntTSL 3 BASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 AL683807.1-202ENST00000432272 382 ntTSL 2 BASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 RNU6-295P-201ENST00000516901 104 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 RN7SKP5-201ENST00000517045 272 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 NRG1-IT3-201ENST00000519023 505 ntTSL 3 BASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 MEG8-218ENST00000556720 456 ntTSL 3 BASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 AC105137.2-201ENST00000569073 466 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 TPMTP1-201ENST00000592307 737 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 AC009831.4-201ENST00000620744 325 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 CEP85L-202ENST00000368488 7118 ntTSL 5 BASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 OR6C4-201ENST00000394256 1046 ntAPPRIS P1 BASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 RPL5P19-201ENST00000404228 893 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 AC022431.1-201ENST00000450941 438 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 AC106872.3-201ENST00000495104 446 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 CFAP100-207ENST00000510833 481 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 NF1P5-201ENST00000588287 448 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 AC023043.2-201ENST00000589678 1026 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 ZNF667-AS1-209ENST00000601875 495 ntTSL 3 BASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 snoU13.31-201ENST00000607291 104 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 MIR6873-201ENST00000622788 63 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 CYP3A51P-201ENST00000633513 256 ntBASIC3.41□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 PI15-201ENST00000260113 6732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.4□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 AC008432.1-201ENST00000615912 1320 ntBASIC3.4□□□□□ -1.86
TCOF1Q13428 DEFB4B-201ENST00000318157 332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.4□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 MIR6073-201ENST00000352083 89 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 RNU1-17P-201ENST00000363022 152 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC007390.1-201ENST00000415722 356 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC093157.1-203ENST00000416329 713 ntTSL 5 BASIC3.4□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC009414.1-201ENST00000427200 443 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 MTATP6P11-201ENST00000428071 670 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AL353597.2-202ENST00000434901 373 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC124916.1-201ENST00000444020 547 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 LINC01069-201ENST00000452933 546 ntTSL 5 BASIC3.4□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC091179.1-201ENST00000461606 579 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC004263.1-201ENST00000479327 332 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 RN7SKP34-201ENST00000516142 244 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AL358333.1-201ENST00000555115 467 ntTSL 3 BASIC3.4□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC103710.2-201ENST00000609912 942 ntBASIC3.4□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 C9orf153-205ENST00000617985 333 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.4□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 OR8K3-204ENST00000641689 2380 ntAPPRIS P1 BASIC3.4□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 SPAM1-202ENST00000340011 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC3.39□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 SLC4A7-201ENST00000295736 7757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.39□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC097714.1-201ENST00000511272 1647 ntBASIC3.39□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 CLECL1-201ENST00000327839 670 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.39□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 Y_RNA.355-201ENST00000365462 98 ntBASIC3.39□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AL365204.2-201ENST00000446754 687 ntTSL 2 BASIC3.39□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 MTCYBP14-201ENST00000457471 715 ntBASIC3.39□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC126768.3-201ENST00000514519 560 ntTSL 4 BASIC3.39□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC010280.3-201ENST00000515504 587 ntTSL 4 BASIC3.39□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 RNA5SP200-201ENST00000516360 103 ntBASIC3.39□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 SCARNA16.3-201ENST00000516595 184 ntBASIC3.39□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 NRG1-IT1-203ENST00000523743 292 ntTSL 3 BASIC3.39□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 ZFAND6-208ENST00000558688 780 ntTSL 2 BASIC3.39□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC012182.1-201ENST00000570133 895 ntBASIC3.39□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AL022099.1-201ENST00000604551 712 ntBASIC3.39□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC107031.1-201ENST00000604939 347 ntTSL 2 BASIC3.39□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 MIR8070-201ENST00000616510 88 ntBASIC3.39□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 PIK3C2G-201ENST00000266497 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 SENP7-207ENST00000394095 4945 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 C2orf73-208ENST00000615983 1376 ntTSL 1 (best) BASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 KIAA1107-202ENST00000636278 4065 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 CD80-202ENST00000383669 771 ntTSL 1 (best) BASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 RNU6-146P-201ENST00000384602 108 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 MIR221-201ENST00000385135 110 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 SNORA17.3-201ENST00000391159 129 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 PPP3R1-202ENST00000409377 684 ntTSL 3 BASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 RNU6-321P-201ENST00000410912 106 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 RRAS2-202ENST00000414023 1884 ntTSL 2 BASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 TRAPPC2P10-201ENST00000415662 323 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AL138799.2-201ENST00000439024 343 ntTSL 2 BASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 NPM1P49-201ENST00000448027 714 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC093422.2-201ENST00000452599 686 ntTSL 2 BASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC007536.1-201ENST00000533382 349 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 SNORD39.2-201ENST00000579995 76 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 UBE2Q2P2-203ENST00000613592 761 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 SNORA50A-202ENST00000629536 136 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 LRMP-221ENST00000636465 4540 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC005539.1-201ENST00000443768 1479 ntBASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 UEVLD-208ENST00000535484 1963 ntTSL 2 BASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 XKR3-201ENST00000331428 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.38□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 RNU1-91P-201ENST00000364746 163 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 MIR489-201ENST00000384923 84 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 SAR1AP4-201ENST00000429225 591 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AL590867.3-201ENST00000436953 438 ntTSL 3 BASIC3.37□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC008696.2-201ENST00000503323 825 ntTSL 3 BASIC3.37□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC113167.1-201ENST00000512941 570 ntTSL 4 BASIC3.37□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC007876.1-201ENST00000527562 983 ntTSL 1 (best) BASIC3.37□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 OR5D17P-201ENST00000531492 978 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AL135746.1-201ENST00000554205 547 ntTSL 3 BASIC3.37□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC064805.2-201ENST00000582959 523 ntTSL 4 BASIC3.37□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC090771.2-201ENST00000588794 571 ntTSL 3 BASIC3.37□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AC002115.1-201ENST00000589603 568 ntTSL 4 BASIC3.37□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 HIKESHI-208ENST00000618164 499 ntTSL 5 BASIC3.37□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 AK9-203ENST00000368948 2478 ntTSL 5 BASIC3.37□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 GABPAP-201ENST00000419271 1356 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
TCOF1Q13428 MTND5P28-201ENST00000438005 1594 ntBASIC3.37□□□□□ -1.87
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