Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 AC093151.1-201ENST00000427711 313 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL451060.1-203ENST00000431307 362 ntTSL 3 BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 Z82198.2-201ENST00000434741 567 ntTSL 4 BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC012442.1-201ENST00000436885 529 ntTSL 4 BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 TBX18-AS1-202ENST00000441863 382 ntTSL 2 BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 NRG3-AS1-201ENST00000448936 555 ntTSL 2 BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RPL36AP13-201ENST00000457490 317 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 SNORD97-201ENST00000459187 142 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RN7SL352P-201ENST00000466002 277 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RPS23P6-201ENST00000466136 431 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL136038.1-201ENST00000497246 351 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RN7SL284P-201ENST00000498823 275 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC126768.1-201ENST00000511698 490 ntTSL 3 BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 IGKV1OR2-1-201ENST00000514060 354 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RNU6-1092P-201ENST00000516955 87 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL122126.1-201ENST00000546905 1318 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC126177.2-201ENST00000552154 452 ntTSL 3 BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC106782.4-201ENST00000568264 210 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC012588.1-201ENST00000583852 358 ntTSL 3 BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 SLC14A2-AS1-204ENST00000592899 359 ntTSL 3 BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 IGKV1OR2-118-201ENST00000603238 347 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC009229.3-201ENST00000608056 282 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL512624.1-201ENST00000613638 469 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL139099.4-201ENST00000614802 114 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL445363.3-201ENST00000623080 671 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 LINC00706-201ENST00000628989 699 ntTSL 3 BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 PIGX-210ENST00000639143 831 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 OR55B1P-203ENST00000641518 2602 ntBASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 LINC02397-201ENST00000504409 10626 ntTSL 1 (best) BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 PDE10A-203ENST00000539869 4401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 KCNMA1-AS1-202ENST00000429850 3566 ntTSL 1 (best) BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 ITGAV-204ENST00000433736 3288 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 ZNF701-202ENST00000391785 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.12□□□□□ -1.43
USP4Q13107 ANAPC1P1-201ENST00000426186 2145 ntBASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 HERC4-205ENST00000412272 4211 ntTSL 1 (best) BASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 NFAT5-212ENST00000627621 5875 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RBMS1-202ENST00000392753 3781 ntTSL 5 BASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 PARD3B-214ENST00000622699 7442 ntTSL 5 BASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 CLUL1-205ENST00000579494 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 MAP3K19-204ENST00000392915 5030 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 FAM133A-201ENST00000322139 3292 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 MYB-213ENST00000525369 2866 ntTSL 1 (best) BASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 LZIC-201ENST00000377213 945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 Y_RNA.473-201ENST00000384333 102 ntBASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RNU6-1127P-201ENST00000384580 107 ntBASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RNU6-328P-201ENST00000390887 106 ntBASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 HMGB1P20-201ENST00000402555 677 ntBASIC6.11□□□□□ -1.43
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USP4Q13107 AC080125.1-201ENST00000414888 684 ntBASIC6.11□□□□□ -1.43
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USP4Q13107 AC116337.1-201ENST00000509680 687 ntBASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 Y_RNA.708-201ENST00000516950 96 ntBASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RNU6-699P-201ENST00000517081 110 ntBASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC125603.1-201ENST00000552718 366 ntTSL 3 BASIC6.11□□□□□ -1.43
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USP4Q13107 SMG1P7-203ENST00000573141 619 ntTSL 2 BASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 MIR4293-201ENST00000584305 78 ntBASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC020910.3-201ENST00000603701 874 ntBASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC104695.3-201ENST00000604052 296 ntBASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC000095.2-202ENST00000637415 154 ntBASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 EYA4-211ENST00000525849 3456 ntTSL 5 BASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AP005432.1-201ENST00000580891 3485 ntBASIC6.11□□□□□ -1.43
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USP4Q13107 GALNT3-202ENST00000409882 2107 ntTSL 1 (best) BASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 LINC01787-201ENST00000435311 1994 ntTSL 2 BASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 LRRC39-204ENST00000620882 1951 ntTSL 5 BASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 CALN1-204ENST00000405452 8571 ntTSL 2 BASIC6.11□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RNASEL-202ENST00000539397 4046 ntTSL 2 BASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 KBTBD3-201ENST00000526793 3751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 OFD1P9Y-201ENST00000417699 1491 ntBASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 TIPARP-205ENST00000486483 2150 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 MEPE-202ENST00000395102 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 ANKRD46-204ENST00000519597 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RBMX-203ENST00000431446 2004 ntTSL 2 BASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 MAP9-208ENST00000515654 2044 ntTSL 5 BASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AP3B1-204ENST00000519295 3986 ntTSL 1 (best) BASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 GTDC1-204ENST00000392869 10514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 OR2L13-202ENST00000641714 1948 ntAPPRIS P1 BASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 Y_RNA.153-201ENST00000363615 91 ntBASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RNVU1-3-201ENST00000364313 161 ntBASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 Y_RNA.404-201ENST00000383978 102 ntBASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RNU6-1050P-201ENST00000410388 107 ntBASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RN7SKP159-201ENST00000410657 292 ntBASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RNU6-387P-201ENST00000411331 105 ntBASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 RNU6-516P-201ENST00000411381 104 ntBASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL162394.1-201ENST00000413271 419 ntTSL 2 BASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 MRPL53P1-201ENST00000414323 319 ntBASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AL354766.1-201ENST00000423396 542 ntBASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 KCNIP1-205ENST00000434108 726 ntTSL 1 (best) BASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC133865.1-201ENST00000438619 339 ntTSL 3 BASIC6.1□□□□□ -1.43
USP4Q13107 AC005094.1-201ENST00000440420 368 ntBASIC6.1□□□□□ -1.43
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