Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Prdm5-201ENSMUST00000031973 1488 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Ghrhr-201ENSMUST00000063578 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Mef2d-202ENSMUST00000107558 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Lcorl-202ENSMUST00000045586 5708 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Fkbp5-201ENSMUST00000079413 3542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Tub-201ENSMUST00000033341 5997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Plppr3-207ENSMUST00000167250 3063 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Mis18a-201ENSMUST00000099554 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Mier2-212ENSMUST00000172158 1400 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm26858-201ENSMUST00000180608 2040 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 2810459M11Rik-202ENSMUST00000165824 3331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Ern1-204ENSMUST00000106801 1957 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Meg3-201ENSMUST00000124106 1988 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm23935-201ENSMUST00000102303 57 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm24270-201ENSMUST00000102326 57 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Cldn7-203ENSMUST00000108596 664 ntTSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm24245-201ENSMUST00000157318 57 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Il3ra-205ENSMUST00000224877 1128 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Fahd2a-201ENSMUST00000028848 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Agfg1-206ENSMUST00000189220 8044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Fam69a-201ENSMUST00000031198 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Ppp1r9b-201ENSMUST00000038696 4508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Spout1-201ENSMUST00000100220 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gdf15-201ENSMUST00000003808 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Scarf2-201ENSMUST00000012161 3302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Dtx3-202ENSMUST00000116229 1994 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Slc7a10-201ENSMUST00000001854 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Zbtb32-202ENSMUST00000108151 1775 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Nptxr-203ENSMUST00000175858 4948 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm9954-202ENSMUST00000198686 4725 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Fxr1-201ENSMUST00000001620 2459 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm18856-201ENSMUST00000178096 1374 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Tmem131-208ENSMUST00000194563 6698 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Aida-206ENSMUST00000193625 1810 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Btf3-204ENSMUST00000134542 780 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm13431-203ENSMUST00000147012 388 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Bvht-202ENSMUST00000183087 588 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Cyba-202ENSMUST00000212600 638 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Zfyve21-204ENSMUST00000221375 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Ddhd2-206ENSMUST00000211688 2265 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Shroom3-211ENSMUST00000225438 5742 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Axin1-203ENSMUST00000163421 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Sntg2-201ENSMUST00000021004 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Shc3-201ENSMUST00000021898 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Helt-201ENSMUST00000058636 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Ptprf-201ENSMUST00000049074 7656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm43338-201ENSMUST00000198617 2223 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Msx2-201ENSMUST00000021922 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Lin9-203ENSMUST00000192561 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Mmd-202ENSMUST00000107887 1654 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 B3gat2-203ENSMUST00000144602 1488 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm16863-201ENSMUST00000181476 2431 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Dhx36-201ENSMUST00000029336 5620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Ptpre-207ENSMUST00000211140 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Mta1-201ENSMUST00000009099 2826 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Arpc1a-201ENSMUST00000031625 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Fbxo33-201ENSMUST00000043204 3688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Higd1b-202ENSMUST00000107072 497 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Higd1b-203ENSMUST00000107073 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Tpt1-201ENSMUST00000110894 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Dnajc2-202ENSMUST00000115192 1132 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gm12973-201ENSMUST00000143967 607 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Higd1b-201ENSMUST00000021302 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Apoa1-201ENSMUST00000034588 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Anapc15-202ENSMUST00000035395 836 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 BC031181-201ENSMUST00000040284 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Sec61b-201ENSMUST00000065678 564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Pecr-202ENSMUST00000097698 932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Prdm6-201ENSMUST00000091900 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Acadvl-201ENSMUST00000018718 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Dnlz-201ENSMUST00000028295 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Gpr84-201ENSMUST00000079824 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Col6a1Q04857 Mirt1-201ENSMUST00000180489 5292 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Camk2b-202ENSMUST00000019133 2223 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Gm16712-201ENSMUST00000181962 1960 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Plppr2-201ENSMUST00000046371 2626 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Pdap1-201ENSMUST00000031627 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Ncam2-202ENSMUST00000067602 3563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Camsap3-212ENSMUST00000208240 2572 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Trim37-201ENSMUST00000041282 5632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Galk2-202ENSMUST00000094604 1928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Tpt1-205ENSMUST00000142061 996 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Fbxo17-205ENSMUST00000167118 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 1700039E22Rik-201ENSMUST00000174082 770 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Smim22-208ENSMUST00000185147 399 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Gm38186-201ENSMUST00000192574 449 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Psmb5-202ENSMUST00000227257 622 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Med29-201ENSMUST00000003536 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Tmem205-201ENSMUST00000046831 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Frmd5-203ENSMUST00000121219 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Dlgap1-209ENSMUST00000140728 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Yipf2-201ENSMUST00000034700 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Atp11a-201ENSMUST00000033818 7549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Vhl-201ENSMUST00000035673 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Gapvd1-203ENSMUST00000113099 5758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Bend4-204ENSMUST00000201972 8268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 P2rx5-201ENSMUST00000006104 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Gm7292-201ENSMUST00000194706 2527 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Gm12359-201ENSMUST00000139017 1399 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Col6a1Q04857 Cbarp-201ENSMUST00000105369 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.4 ms