Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 St7-202ENSMUST00000052113 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 Wt1-209ENSMUST00000213301 1554 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6311-201ENSMUST00000073790 878 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc3Q9D6Y1 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc3Q9D6Y1 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Ccdc3Q9D6Y1 AC167019.3-201ENSMUST00000228225 1266 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
Ccdc3Q9D6Y1 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Ccdc3Q9D6Y1 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Ccdc3Q9D6Y1 Znrf1-207ENSMUST00000173506 1238 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
Ccdc3Q9D6Y1 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Ccdc3Q9D6Y1 Ccnyl1-203ENSMUST00000187170 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
Ccdc3Q9D6Y1 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
Ccdc3Q9D6Y1 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Ccdc3Q9D6Y1 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
Ccdc3Q9D6Y1 Ccdc122-201ENSMUST00000048208 1721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Ccdc3Q9D6Y1 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
Ccdc3Q9D6Y1 E130102H24Rik-201ENSMUST00000144604 741 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Ccdc3Q9D6Y1 Tsen34-201ENSMUST00000038521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
Ccdc3Q9D6Y1 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 Efhd1os-201ENSMUST00000138844 332 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 Rpl38-203ENSMUST00000106599 457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 Dnajc19-202ENSMUST00000108195 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 Det1-201ENSMUST00000032839 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2j2-205ENSMUST00000105583 1434 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 Fus-204ENSMUST00000121616 1102 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
Ccdc3Q9D6Y1 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
Ccdc3Q9D6Y1 Zbtb12-201ENSMUST00000052778 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
Ccdc3Q9D6Y1 Paqr6-203ENSMUST00000147948 837 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
Ccdc3Q9D6Y1 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Ccdc3Q9D6Y1 Tceal3-202ENSMUST00000113100 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16764-201ENSMUST00000138891 541 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Ccdc3Q9D6Y1 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Ccdc3Q9D6Y1 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Ccdc3Q9D6Y1 Rab26-202ENSMUST00000061764 1291 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Ccdc3Q9D6Y1 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Ccdc3Q9D6Y1 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Ccdc3Q9D6Y1 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Ccdc3Q9D6Y1 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Ccdc3Q9D6Y1 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Ccdc3Q9D6Y1 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Ccdc3Q9D6Y1 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Ccdc3Q9D6Y1 Hs3st6-201ENSMUST00000044922 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Ccdc3Q9D6Y1 Gjd3-201ENSMUST00000062931 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
Ccdc3Q9D6Y1 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Ccdc3Q9D6Y1 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Ccdc3Q9D6Y1 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Ccdc3Q9D6Y1 Izumo4-205ENSMUST00000218184 1196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Ccdc3Q9D6Y1 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Ccdc3Q9D6Y1 Dctpp1-201ENSMUST00000035276 676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Ccdc3Q9D6Y1 Nelfe-202ENSMUST00000165953 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Ccdc3Q9D6Y1 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Ccdc3Q9D6Y1 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Ccdc3Q9D6Y1 Wdr34-201ENSMUST00000113711 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Ccdc3Q9D6Y1 D16Ertd472e-201ENSMUST00000114218 1271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Ccdc3Q9D6Y1 Card19-201ENSMUST00000048946 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Ccdc3Q9D6Y1 Nek6-202ENSMUST00000112895 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Ccdc3Q9D6Y1 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Ccdc3Q9D6Y1 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Ccdc3Q9D6Y1 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Ccdc3Q9D6Y1 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Ccdc3Q9D6Y1 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Ccdc3Q9D6Y1 Gm28529-202ENSMUST00000189675 670 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Ccdc3Q9D6Y1 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Ccdc3Q9D6Y1 Unc119-203ENSMUST00000108295 1371 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Ccdc3Q9D6Y1 Ltb4r1-201ENSMUST00000057569 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Ccdc3Q9D6Y1 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Ccdc3Q9D6Y1 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Ccdc3Q9D6Y1 Rp9-201ENSMUST00000034763 1134 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Ccdc3Q9D6Y1 6430548M08Rik-202ENSMUST00000108948 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Ccdc3Q9D6Y1 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
Ccdc3Q9D6Y1 Arpc5l-202ENSMUST00000112862 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Ccdc3Q9D6Y1 Bcl7b-201ENSMUST00000031692 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Ccdc3Q9D6Y1 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Ccdc3Q9D6Y1 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Eif4e2-204ENSMUST00000113231 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Ccdc3Q9D6Y1 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 10.4 ms