Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 P2rx2-205ENSMUST00000200037 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Rpl38-203ENSMUST00000106599 457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
ShhQ62226 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
ShhQ62226 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
ShhQ62226 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
ShhQ62226 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
ShhQ62226 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
ShhQ62226 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
ShhQ62226 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
ShhQ62226 Dctpp1-201ENSMUST00000035276 676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
ShhQ62226 Fam149b-201ENSMUST00000037698 924 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
ShhQ62226 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
ShhQ62226 Syndig1l-204ENSMUST00000222422 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
ShhQ62226 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
ShhQ62226 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
ShhQ62226 Dnajc19-202ENSMUST00000108195 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
ShhQ62226 Zcrb1-201ENSMUST00000076070 877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
ShhQ62226 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
ShhQ62226 Znrf1-207ENSMUST00000173506 1238 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
ShhQ62226 Rbmxl2-201ENSMUST00000098135 1472 ntAPPRIS P1 BASIC21.76■■□□□ 1.07
ShhQ62226 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
ShhQ62226 Gm28529-202ENSMUST00000189675 670 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
ShhQ62226 Tmem200b-201ENSMUST00000094666 1370 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
ShhQ62226 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
ShhQ62226 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
ShhQ62226 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
ShhQ62226 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
ShhQ62226 Ebf4-203ENSMUST00000110288 2982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
ShhQ62226 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
ShhQ62226 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
ShhQ62226 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
ShhQ62226 Mapkap1-201ENSMUST00000113123 1530 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
ShhQ62226 Wdr34-201ENSMUST00000113711 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
ShhQ62226 Msi2-202ENSMUST00000107908 695 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
ShhQ62226 Fam3c-201ENSMUST00000081288 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
ShhQ62226 Eif4e2-204ENSMUST00000113231 1119 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
ShhQ62226 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
ShhQ62226 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Gm45051-201ENSMUST00000206838 963 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
ShhQ62226 AC167019.3-201ENSMUST00000228225 1266 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Zbtb12-201ENSMUST00000052778 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Gdf7-202ENSMUST00000220073 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Sys1-201ENSMUST00000072452 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Zxdc-201ENSMUST00000045740 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
ShhQ62226 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Efhd1os-201ENSMUST00000138844 332 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Gjd3-201ENSMUST00000062931 837 ntAPPRIS P1 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ShhQ62226 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Hs3st6-201ENSMUST00000044922 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Gas7-203ENSMUST00000108681 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Paqr6-203ENSMUST00000147948 837 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
ShhQ62226 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Bcl7b-201ENSMUST00000031692 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
ShhQ62226 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Pdss1-201ENSMUST00000053729 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Ccnyl1-203ENSMUST00000187170 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
ShhQ62226 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Rnaseh2c-201ENSMUST00000025864 1126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Gm8098-201ENSMUST00000146985 1499 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Unc119-203ENSMUST00000108295 1371 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Fank1-204ENSMUST00000209511 1392 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ShhQ62226 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ShhQ62226 AC125444.1-201ENSMUST00000223536 639 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Rab26-202ENSMUST00000061764 1291 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
ShhQ62226 Pm20d2-202ENSMUST00000119167 1339 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ShhQ62226 Gm16764-201ENSMUST00000138891 541 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ShhQ62226 Card19-201ENSMUST00000048946 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ShhQ62226 Tsen34-201ENSMUST00000038521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ShhQ62226 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ShhQ62226 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
ShhQ62226 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
ShhQ62226 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
ShhQ62226 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
ShhQ62226 Eva1b-202ENSMUST00000106150 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
ShhQ62226 Tsg101-201ENSMUST00000014546 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.2 ms