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| RUNX3 | Q13761 | FTH1P2-201 | ENST00000466086 | 412 nt | BASIC | 5.04 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RN7SL385P-201 | ENST00000468873 | 276 nt | BASIC | 5.04 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01206-203 | ENST00000476815 | 482 nt | TSL 3 BASIC | 5.04 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC090204.1-202 | ENST00000500843 | 737 nt | TSL 5 BASIC | 5.04 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC079921.1-201 | ENST00000509449 | 946 nt | TSL 3 BASIC | 5.04 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNA5SP392-201 | ENST00000516905 | 112 nt | BASIC | 5.04 | □□□□□ -1.6 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | CTAGE5-210 | ENST00000553728 | 4392 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 5.04 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FZD6-205 | ENST00000522566 | 3719 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.04 | □□□□□ -1.6 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | A1CF-205 | ENST00000374001 | 9221 nt | APPRIS ALT1 TSL 5 BASIC | 5.04 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ELAVL4-205 | ENST00000371824 | 3966 nt | APPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC | 5.04 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PARD3B-212 | ENST00000613457 | 7559 nt | TSL 5 BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | GTF2IRD2P1-202 | ENST00000618962 | 3055 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC092070.2-203 | ENST00000598377 | 3644 nt | BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FAM184A-204 | ENST00000368475 | 3392 nt | TSL 2 BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MSL3P1-202 | ENST00000440028 | 1468 nt | BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC021074.3-201 | ENST00000476385 | 1825 nt | TSL 2 BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AC012512.1-201 | ENST00000446594 | 718 nt | BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL031668.1-201 | ENST00000451556 | 603 nt | TSL 3 BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS5P7-201 | ENST00000456664 | 608 nt | BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RNU6-775P-201 | ENST00000459318 | 96 nt | BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL12P20-201 | ENST00000475538 | 479 nt | BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SEC22A-207 | ENST00000481965 | 673 nt | TSL 3 BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC111000.3-201 | ENST00000508057 | 576 nt | BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC073429.1-201 | ENST00000511749 | 503 nt | TSL 3 BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AP001381.1-201 | ENST00000584109 | 534 nt | TSL 5 BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
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| RUNX3 | Q13761 | AL024498.1-201 | ENST00000606522 | 1100 nt | TSL 3 BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC022960.2-201 | ENST00000616300 | 666 nt | BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC241377.1-201 | ENST00000619797 | 406 nt | BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC00706-201 | ENST00000628989 | 699 nt | TSL 3 BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CCDC195-201 | ENST00000638102 | 606 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | IPCEF1-203 | ENST00000422970 | 3267 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | KAT6B-201 | ENST00000287239 | 8287 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TCF4-268 | ENST00000629387 | 3789 nt | APPRIS ALT1 TSL 5 BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | STAU2-210 | ENST00000521210 | 1950 nt | TSL 2 BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNCA-213 | ENST00000618500 | 3022 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZBTB21-201 | ENST00000310826 | 7449 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PLCH1-201 | ENST00000334686 | 6128 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ALB-214 | ENST00000509063 | 1911 nt | TSL 5 BASIC | 5.03 | □□□□□ -1.6 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PALMD-201 | ENST00000263174 | 2510 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RGS5-212 | ENST00000618415 | 5812 nt | TSL 4 BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FAM197Y9-201 | ENST00000451062 | 2332 nt | TSL 5 BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | INSIG2-208 | ENST00000614681 | 1347 nt | TSL 5 BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ANK3-201 | ENST00000280772 | 16874 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PRLR-220 | ENST00000620785 | 11063 nt | TSL 5 BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ARFGEF2-201 | ENST00000371917 | 8852 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AIMP1-202 | ENST00000394701 | 2586 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HIF1AN-201 | ENST00000299163 | 13011 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC00314-201 | ENST00000324988 | 607 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CACYBP-203 | ENST00000406752 | 243 nt | TSL 5 BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TBCAP2-201 | ENST00000416175 | 326 nt | BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RFESDP1-201 | ENST00000422350 | 461 nt | BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | GSTA7P-201 | ENST00000438425 | 448 nt | BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PRELID3BP5-201 | ENST00000508612 | 460 nt | BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC093815.1-201 | ENST00000508637 | 280 nt | BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FGB-207 | ENST00000509493 | 1164 nt | TSL 5 BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC034205.1-201 | ENST00000520621 | 638 nt | BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC105177.1-201 | ENST00000523110 | 555 nt | TSL 4 BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MRE11-209 | ENST00000540013 | 1212 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC002091.1-201 | ENST00000578788 | 557 nt | TSL 2 BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FAM27B-201 | ENST00000610601 | 213 nt | BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC243960.7-201 | ENST00000623532 | 707 nt | BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MFAP1-201 | ENST00000267812 | 2155 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.02 | □□□□□ -1.61 | | |