| RUNX3 | Q13761 | SYCP1-209 | ENST00000613524 | 3034 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | KLHL41-201 | ENST00000284669 | 2464 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TRAPPC11-209 | ENST00000512476 | 2546 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | HIST1H1A-201 | ENST00000244573 | 648 nt | APPRIS P1 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR11H1-201 | ENST00000252835 | 982 nt | APPRIS P1 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | XAGE1A-202 | ENST00000375600 | 474 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | XAGE1B-202 | ENST00000375613 | 474 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TRAV12-2-201 | ENST00000390437 | 445 nt | APPRIS P1 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA48.4-201 | ENST00000391089 | 134 nt | BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ATP5HP3-201 | ENST00000396994 | 486 nt | BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RN7SKP100-201 | ENST00000411258 | 284 nt | BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTATP6P19-201 | ENST00000413797 | 659 nt | BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | GTF2IP5-201 | ENST00000414608 | 731 nt | BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL359633.2-201 | ENST00000415787 | 622 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ITGA9-AS1-202 | ENST00000420870 | 581 nt | TSL 4 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DNAJC19P7-201 | ENST00000428811 | 344 nt | BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ITGA9-AS1-203 | ENST00000429532 | 702 nt | TSL 5 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPL36AP15-201 | ENST00000444514 | 266 nt | BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SLC25A18P1-201 | ENST00000449385 | 454 nt | BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PTCHD1-AS-201 | ENST00000455399 | 718 nt | TSL 3 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC091180.1-201 | ENST00000462104 | 372 nt | BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC011005.3-201 | ENST00000491624 | 395 nt | BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC090058.1-201 | ENST00000498788 | 435 nt | BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | IMPA1P1-201 | ENST00000510718 | 842 nt | BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC021193.1-201 | ENST00000511607 | 420 nt | BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC00616-203 | ENST00000512536 | 568 nt | TSL 4 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC130364.2-201 | ENST00000528639 | 604 nt | BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR11H2-201 | ENST00000556246 | 948 nt | APPRIS P1 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC019322.1-201 | ENST00000571869 | 389 nt | BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC209154.1-201 | ENST00000582156 | 337 nt | BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | UBA2-208 | ENST00000592791 | 910 nt | TSL 2 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01198-207 | ENST00000598084 | 881 nt | TSL 5 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC090953.1-201 | ENST00000604305 | 1092 nt | BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC007786.3-201 | ENST00000615154 | 596 nt | BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC01587-204 | ENST00000623565 | 873 nt | TSL 2 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LINC02342-201 | ENST00000627910 | 461 nt | TSL 5 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PHACTR2P1-202 | ENST00000636592 | 773 nt | TSL 5 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZNF93-209 | ENST00000638737 | 1020 nt | TSL 5 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | KLHL13-203 | ENST00000371878 | 3234 nt | TSL 2 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | TRPM3-209 | ENST00000377110 | 12258 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC087257.1-201 | ENST00000506925 | 2639 nt | TSL 4 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ADH6-202 | ENST00000394897 | 3337 nt | TSL 2 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC090826.1-202 | ENST00000562009 | 3337 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ACSL5-204 | ENST00000393081 | 3380 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC087667.1-201 | ENST00000500180 | 1422 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | EIF4EBP2-201 | ENST00000373218 | 7257 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MAPK10-370 | ENST00000641943 | 4117 nt | APPRIS P2 BASIC | 5.12 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | CLEC2B-201 | ENST00000228438 | 1700 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | IREB2-201 | ENST00000258886 | 6354 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | UNC80-203 | ENST00000439458 | 13562 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | GPHN-204 | ENST00000543237 | 2459 nt | TSL 2 BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR1L6-202 | ENST00000373684 | 1044 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ASXL1-203 | ENST00000375689 | 812 nt | TSL 5 BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SNORA70.10-201 | ENST00000384515 | 134 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FABP12P1-201 | ENST00000401911 | 322 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL356056.1-206 | ENST00000424615 | 407 nt | TSL 5 BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | COX6CP13-201 | ENST00000428703 | 226 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC068287.1-201 | ENST00000430283 | 295 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | VAV3-AS1-201 | ENST00000438318 | 619 nt | TSL 2 BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RPS29P9-201 | ENST00000440360 | 171 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MTCO3P17-201 | ENST00000443775 | 513 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC004980.3-201 | ENST00000447046 | 365 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL359715.2-201 | ENST00000452402 | 682 nt | TSL 2 BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AURKAPS2-201 | ENST00000454983 | 333 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL358176.1-201 | ENST00000457477 | 357 nt | TSL 5 BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | RN7SL354P-201 | ENST00000469282 | 294 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NDUFA5P9-201 | ENST00000472609 | 340 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PDC-202 | ENST00000497198 | 1174 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | BACH1-IT1-201 | ENST00000504298 | 821 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC104257.1-202 | ENST00000524275 | 884 nt | TSL 3 BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AP001880.2-201 | ENST00000538233 | 448 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NOVA1-AS1-203 | ENST00000552101 | 468 nt | TSL 3 BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC015660.3-201 | ENST00000559569 | 198 nt | TSL 3 BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AGBL1-AS1-203 | ENST00000566878 | 865 nt | TSL 3 BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4433B-201 | ENST00000581329 | 102 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR4697-201 | ENST00000582977 | 78 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC068790.4-201 | ENST00000602474 | 263 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC025857.2-201 | ENST00000602711 | 238 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | C7orf77-201 | ENST00000616258 | 548 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL731566.2-201 | ENST00000618971 | 317 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AC073869.10-201 | ENST00000642016 | 354 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | PHF7-211 | ENST00000615126 | 1328 nt | TSL 5 BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NBPF26-202 | ENST00000611287 | 2701 nt | TSL 5 BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NBPF14-211 | ENST00000621070 | 2701 nt | TSL 5 BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ANXA1-201 | ENST00000257497 | 1509 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | SGO1-202 | ENST00000306698 | 1531 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZNF681-201 | ENST00000402377 | 6497 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | VNN3-203 | ENST00000392393 | 1603 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | FCRL2-203 | ENST00000368181 | 1669 nt | TSL 1 (best) BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | AL449283.1-201 | ENST00000602631 | 3403 nt | BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | EXPH5-201 | ENST00000265843 | 10187 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 5.11 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | OR5AU1-203 | ENST00000641697 | 7755 nt | APPRIS P1 BASIC | 5.1 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MYO5A-201 | ENST00000356338 | 11971 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 5.1 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | DEFB119-203 | ENST00000376321 | 457 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 5.1 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | LY6G5C-210 | ENST00000383237 | 674 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 5.1 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | ZNF765-201 | ENST00000396408 | 4569 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 5.1 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | GLULP6-201 | ENST00000399502 | 913 nt | BASIC | 5.1 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | MIR298-201 | ENST00000401212 | 88 nt | BASIC | 5.1 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | NPM1P38-201 | ENST00000403835 | 865 nt | BASIC | 5.1 | □□□□□ -1.59 | | |
| RUNX3 | Q13761 | IGKV1OR9-1-201 | ENST00000424370 | 284 nt | BASIC | 5.1 | □□□□□ -1.59 | | |