Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 GBP1-201ENST00000370473 3035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.9□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 LEPR-205ENST00000371060 5135 ntTSL 1 (best) BASIC5.9□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 NBPF14-209ENST00000620240 2656 ntTSL 5 BASIC5.9□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AXDND1-201ENST00000367618 3642 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 DBT-202ENST00000370132 10799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ZNF112-201ENST00000337401 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 MOB4-201ENST00000233892 3785 ntTSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC027279.1-201ENST00000568885 4284 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 LINC02086-202ENST00000492522 2091 ntTSL 5 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 BX284613.1-201ENST00000452221 1641 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ZNF208-201ENST00000397126 3992 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 MTO1-202ENST00000370305 2174 ntTSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 KCNC4-201ENST00000369787 18750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AL359091.1-201ENST00000449048 1734 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ZEB2-241ENST00000637304 9158 ntTSL 5 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 WFDC11-202ENST00000356562 642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 OR5B17-201ENST00000357377 946 ntAPPRIS P1 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC245060.4-201ENST00000413293 1121 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AL157938.2-207ENST00000415391 884 ntTSL 2 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC068286.1-201ENST00000416173 467 ntTSL 4 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC009498.1-201ENST00000419860 541 ntTSL 4 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC007568.1-201ENST00000422912 471 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 YY1P1-201ENST00000427625 668 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 TUBB4BP6-201ENST00000437576 479 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 LINC02094-201ENST00000437646 520 ntTSL 2 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AL139161.2-201ENST00000438371 740 ntTSL 3 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC019117.1-202ENST00000439046 589 ntTSL 3 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC092168.1-201ENST00000443030 236 ntTSL 5 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AL022237.1-201ENST00000446663 358 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 GAS5-218ENST00000448718 565 ntTSL 2 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AL445238.1-201ENST00000450029 712 ntTSL 2 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AL445665.1-202ENST00000452436 324 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC008080.2-201ENST00000455149 577 ntTSL 4 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AL122020.1-201ENST00000472287 459 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 RN7SL165P-201ENST00000477476 291 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 PRB1-202ENST00000500254 775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 SSX6-203ENST00000509958 336 ntTSL 3 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC004052.1-201ENST00000514327 567 ntTSL 4 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 LINC02366-202ENST00000541949 696 ntTSL 3 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 KLRD1-209ENST00000543420 802 ntTSL 5 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC020978.7-201ENST00000575953 1187 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 MIR4776-2-201ENST00000580204 80 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 SUPT3H-206ENST00000637763 498 ntTSL 3 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 VPS13B-203ENST00000358544 14094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 MAPK10-341ENST00000641657 3860 ntAPPRIS P2 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 NDUFS1-205ENST00000449699 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 KLHL13-206ENST00000469946 2353 ntTSL 2 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 C2CD5-202ENST00000396028 3463 ntTSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 C2CD5-203ENST00000446597 3490 ntTSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 C2CD5-206ENST00000536386 3496 ntTSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 RBMY1F-201ENST00000303766 1887 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ZBTB21-205ENST00000398511 5608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC119674.1-202ENST00000641333 1860 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 BANK1-206ENST00000504592 3544 ntTSL 2 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 CALCOCO2-204ENST00000448105 1916 ntTSL 2 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 UQCC1-208ENST00000397554 3638 ntTSL 2 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 PGM3-215ENST00000616566 5905 ntTSL 2 BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC106872.5-201ENST00000508856 1416 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 SHQ1P1-201ENST00000437111 1544 ntBASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ZNF615-204ENST00000594083 4020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 BDNF-205ENST00000395981 4071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.89□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 TM4SF20-201ENST00000304568 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC005034.3-201ENST00000604845 1747 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 PDE4B-203ENST00000371045 3982 ntTSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 TCF7L2-217ENST00000536810 3953 ntTSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 MAGEB16-204ENST00000399989 1818 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ATP2C1-203ENST00000422190 3386 ntTSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 DYRK1A-202ENST00000339659 8654 ntTSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 TRIM64-201ENST00000533122 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 PYGO1-202ENST00000563719 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 CCPG1-202ENST00000425574 1945 ntTSL 2 BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 LINC01981-201ENST00000432163 2833 ntTSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 LAMTOR3-201ENST00000226522 1220 ntTSL 3 BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 RNASE11-202ENST00000398009 1034 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 RN7SKP286-201ENST00000410894 299 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC009468.1-201ENST00000412800 437 ntTSL 3 BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC104457.2-201ENST00000446055 467 ntTSL 2 BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 CASP12-206ENST00000446862 1196 ntTSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 MIS18A-AS1-201ENST00000453549 769 ntTSL 5 BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 RNU6-775P-201ENST00000459318 96 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 B4GALT4-AS1-201ENST00000470790 544 ntTSL 5 BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC117386.1-201ENST00000474444 606 ntTSL 4 BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 EFCAB10-203ENST00000480514 740 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC008601.1-201ENST00000519892 527 ntTSL 4 BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 CASC21-201ENST00000521586 290 ntTSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AP003086.3-201ENST00000527030 365 ntTSL 3 BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 ANKRD49-206ENST00000540349 573 ntTSL 4 BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 OR4H6P-201ENST00000563771 921 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 MIR3189-201ENST00000578735 73 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC021549.1-201ENST00000580937 433 ntTSL 3 BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC011478.1-201ENST00000593140 554 ntTSL 4 BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 COX6CP7-201ENST00000597056 208 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC141002.1-201ENST00000607025 279 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AL021368.3-201ENST00000607119 578 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AL357562.1-201ENST00000624911 609 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 C1orf195-202ENST00000625027 441 ntTSL 5 BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 MAPKBP1-217ENST00000627631 210 ntTSL 5 BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 AC003992.1-201ENST00000635364 557 ntBASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 PPIAL4G-201ENST00000419275 3856 ntAPPRIS P1 BASIC5.88□□□□□ -1.47
CCDC3Q9BQI4 CLEC4E-201ENST00000299663 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.88□□□□□ -1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 90.5 ms