Protein–RNA interactions for Protein: Q9JKE2

Trem1, Triggering receptor expressed on myeloid cells 1, mousemouse

Predictions only

Length 230 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trem1Q9JKE2 Notumos-201ENSMUST00000151998 2659 ntBASIC21.29■■□□□ 1
Trem1Q9JKE2 Sec22c-202ENSMUST00000111560 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Trem1Q9JKE2 Nrarp-201ENSMUST00000104999 2582 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
Trem1Q9JKE2 Taf4-204ENSMUST00000227325 4380 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.28■■□□□ 1
Trem1Q9JKE2 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Trem1Q9JKE2 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Trem1Q9JKE2 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Trem1Q9JKE2 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Trem1Q9JKE2 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Strn3-201ENSMUST00000013130 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Slc22a17-210ENSMUST00000228495 2340 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Etv4-212ENSMUST00000164750 2336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Mal2-201ENSMUST00000025356 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Nipa1-201ENSMUST00000052204 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Kcnk12-201ENSMUST00000055221 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Mid2-201ENSMUST00000112988 2525 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Actr5-201ENSMUST00000045644 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Evl-201ENSMUST00000021689 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Gm11492-201ENSMUST00000060360 1972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Trem1Q9JKE2 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 Gm38160-201ENSMUST00000193090 2499 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 BC037034-205ENSMUST00000159649 2093 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 Rap1a-201ENSMUST00000090678 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 Irf2bp1-201ENSMUST00000053713 2734 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 Usp21-203ENSMUST00000111306 2185 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 Stac-201ENSMUST00000035083 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 Kif1bp-202ENSMUST00000159704 2622 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 Fezf2-203ENSMUST00000224714 2429 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 Vstm4-201ENSMUST00000053175 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Trem1Q9JKE2 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Lrrc1-205ENSMUST00000183873 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Evl-202ENSMUST00000077735 2121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Arhgef25-205ENSMUST00000218654 2475 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Cnnm1-202ENSMUST00000223787 2931 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Sft2d3-201ENSMUST00000054984 2810 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Tysnd1-201ENSMUST00000020284 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Hnrnpab-201ENSMUST00000074669 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Phox2b-201ENSMUST00000012664 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Apcdd1-201ENSMUST00000096554 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Spire2-201ENSMUST00000010298 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Epop-201ENSMUST00000052281 2314 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Trem1Q9JKE2 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC21.08■□□□□ 0.96
Trem1Q9JKE2 Homer3-203ENSMUST00000110124 2445 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
Trem1Q9JKE2 Trpc1-201ENSMUST00000053785 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
Trem1Q9JKE2 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Trem1Q9JKE2 Cotl1-201ENSMUST00000034285 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Trem1Q9JKE2 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Trem1Q9JKE2 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Trem1Q9JKE2 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Trem1Q9JKE2 Irx1-201ENSMUST00000077337 2373 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Trem1Q9JKE2 Arhgap23-201ENSMUST00000093940 2409 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Trem1Q9JKE2 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Trem1Q9JKE2 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Trem1Q9JKE2 Dpf1-204ENSMUST00000108231 2040 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
Trem1Q9JKE2 Grb2-201ENSMUST00000021090 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Trem1Q9JKE2 Eml2-202ENSMUST00000117338 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
Trem1Q9JKE2 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Trem1Q9JKE2 Rufy1-201ENSMUST00000020643 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Trem1Q9JKE2 Wtap-204ENSMUST00000159986 3187 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Trem1Q9JKE2 Maz-203ENSMUST00000205568 2650 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
Trem1Q9JKE2 Zfp523-202ENSMUST00000073534 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
Trem1Q9JKE2 Man1a-203ENSMUST00000105470 2847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
Trem1Q9JKE2 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
Trem1Q9JKE2 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Trem1Q9JKE2 Vkorc1l1-201ENSMUST00000051758 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Trem1Q9JKE2 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.2 ms