Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Gm11175-201ENSMUST00000116172 543 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ShhQ62226 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Sntb1-202ENSMUST00000110200 1225 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
ShhQ62226 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
ShhQ62226 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
ShhQ62226 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
ShhQ62226 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
ShhQ62226 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
ShhQ62226 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
ShhQ62226 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
ShhQ62226 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ShhQ62226 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
ShhQ62226 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
ShhQ62226 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
ShhQ62226 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ShhQ62226 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
ShhQ62226 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ShhQ62226 St7-202ENSMUST00000052113 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
ShhQ62226 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Klhl25-205ENSMUST00000206019 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Pcgf5-201ENSMUST00000062389 1566 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
ShhQ62226 Yrdc-201ENSMUST00000102628 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
ShhQ62226 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
ShhQ62226 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
ShhQ62226 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
ShhQ62226 C1ql1-201ENSMUST00000057849 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ShhQ62226 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
ShhQ62226 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
ShhQ62226 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ShhQ62226 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
ShhQ62226 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ShhQ62226 Acvr2b-202ENSMUST00000165044 2093 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
ShhQ62226 Yars2-201ENSMUST00000059955 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ShhQ62226 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ShhQ62226 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
ShhQ62226 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
ShhQ62226 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
ShhQ62226 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
ShhQ62226 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
ShhQ62226 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
ShhQ62226 Fam149b-202ENSMUST00000051915 1981 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
ShhQ62226 Hsd17b11-201ENSMUST00000031251 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
ShhQ62226 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
ShhQ62226 Mrpl23-201ENSMUST00000038675 692 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
ShhQ62226 Mad2l2-202ENSMUST00000084129 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
ShhQ62226 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
ShhQ62226 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
ShhQ62226 Det1-201ENSMUST00000032839 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
ShhQ62226 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
ShhQ62226 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
ShhQ62226 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
ShhQ62226 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
ShhQ62226 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Gm6311-201ENSMUST00000073790 878 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
ShhQ62226 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 9.9 ms