Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC40.36■■■■■ 4.05
Ccdc88bQ4QRL3 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.35■■■■■ 4.05
Ccdc88bQ4QRL3 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.35■■■■■ 4.05
Ccdc88bQ4QRL3 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.35■■■■■ 4.05
Ccdc88bQ4QRL3 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC40.34■■■■■ 4.05
Ccdc88bQ4QRL3 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC40.33■■■■■ 4.05
Ccdc88bQ4QRL3 Asf1a-205ENSMUST00000219282 1150 ntTSL 5 BASIC40.33■■■■■ 4.05
Ccdc88bQ4QRL3 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC40.32■■■■■ 4.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC40.3■■■■■ 4.04
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkn2b-201ENSMUST00000097981 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.29■■■■■ 4.04
Ccdc88bQ4QRL3 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.27■■■■■ 4.04
Ccdc88bQ4QRL3 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC40.27■■■■■ 4.04
Ccdc88bQ4QRL3 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC40.24■■■■■ 4.03
Ccdc88bQ4QRL3 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC40.24■■■■■ 4.03
Ccdc88bQ4QRL3 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.24■■■■■ 4.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC40.23■■■■■ 4.03
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpa0-201ENSMUST00000007980 2678 ntAPPRIS P1 BASIC40.23■■■■■ 4.03
Ccdc88bQ4QRL3 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC40.22■■■■■ 4.03
Ccdc88bQ4QRL3 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.22■■■■■ 4.03
Ccdc88bQ4QRL3 Rtn2-201ENSMUST00000032559 1990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.2■■■■■ 4.03
Ccdc88bQ4QRL3 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC40.19■■■■■ 4.03
Ccdc88bQ4QRL3 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC40.19■■■■■ 4.03
Ccdc88bQ4QRL3 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.19■■■■■ 4.02
Ccdc88bQ4QRL3 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.19■■■■■ 4.02
Ccdc88bQ4QRL3 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.19■■■■■ 4.02
Ccdc88bQ4QRL3 Tmeff1-201ENSMUST00000030032 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.18■■■■■ 4.02
Ccdc88bQ4QRL3 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.17■■■■■ 4.02
Ccdc88bQ4QRL3 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC40.17■■■■■ 4.02
Ccdc88bQ4QRL3 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC40.16■■■■■ 4.02
Ccdc88bQ4QRL3 Map2k7-207ENSMUST00000110999 1578 ntTSL 1 (best) BASIC40.16■■■■■ 4.02
Ccdc88bQ4QRL3 Map3k10-204ENSMUST00000138243 1621 ntTSL 1 (best) BASIC40.16■■■■■ 4.02
Ccdc88bQ4QRL3 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC40.15■■■■■ 4.02
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11175-201ENSMUST00000116172 543 ntBASIC40.15■■■■■ 4.02
Ccdc88bQ4QRL3 Sntb1-202ENSMUST00000110200 1225 ntTSL 1 (best) BASIC40.14■■■■■ 4.02
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.14■■■■■ 4.02
Ccdc88bQ4QRL3 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.13■■■■■ 4.01
Ccdc88bQ4QRL3 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC40.12■■■■■ 4.01
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.11■■■■■ 4.01
Ccdc88bQ4QRL3 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC40.1■■■■■ 4.01
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.09■■■■■ 4.01
Ccdc88bQ4QRL3 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC40.09■■■■■ 4.01
Ccdc88bQ4QRL3 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.09■■■■■ 4.01
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r3e-201ENSMUST00000168622 1852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.07■■■■■ 4.01
Ccdc88bQ4QRL3 Babam2-209ENSMUST00000201352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.06■■■■■ 4
Ccdc88bQ4QRL3 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.05■■■■■ 4
Ccdc88bQ4QRL3 Pard6a-203ENSMUST00000211888 1179 ntTSL 1 (best) BASIC40.05■■■■■ 4
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC40.03■■■■■ 4
Ccdc88bQ4QRL3 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.03■■■■■ 4
Ccdc88bQ4QRL3 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.03■■■■■ 4
Ccdc88bQ4QRL3 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC40■■■■□ 3.99
Ccdc88bQ4QRL3 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC39.98■■■■□ 3.99
Ccdc88bQ4QRL3 Nek6-202ENSMUST00000112895 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.97■■■■□ 3.99
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2j2-205ENSMUST00000105583 1434 ntTSL 1 (best) BASIC39.95■■■■□ 3.99
Ccdc88bQ4QRL3 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC39.95■■■■□ 3.99
Ccdc88bQ4QRL3 Particl-201ENSMUST00000205370 1560 ntBASIC39.95■■■■□ 3.99
Ccdc88bQ4QRL3 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC39.95■■■■□ 3.99
Ccdc88bQ4QRL3 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.94■■■■□ 3.98
Ccdc88bQ4QRL3 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.94■■■■□ 3.98
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC39.93■■■■□ 3.98
Ccdc88bQ4QRL3 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.92■■■■□ 3.98
Ccdc88bQ4QRL3 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.91■■■■□ 3.98
Ccdc88bQ4QRL3 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC39.91■■■■□ 3.98
Ccdc88bQ4QRL3 Zcrb1-201ENSMUST00000076070 877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.91■■■■□ 3.98
Ccdc88bQ4QRL3 Micu3-201ENSMUST00000068999 2219 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.91■■■■□ 3.98
Ccdc88bQ4QRL3 Zdhhc2-202ENSMUST00000128166 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.9■■■■□ 3.98
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.9■■■■□ 3.98
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC39.9■■■■□ 3.98
Ccdc88bQ4QRL3 Gas1-202ENSMUST00000223933 1155 ntAPPRIS P2 BASIC39.89■■■■□ 3.98
Ccdc88bQ4QRL3 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.88■■■■□ 3.98
Ccdc88bQ4QRL3 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC39.88■■■■□ 3.97
Ccdc88bQ4QRL3 Izumo4-205ENSMUST00000218184 1196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.87■■■■□ 3.97
Ccdc88bQ4QRL3 Tsen34-201ENSMUST00000038521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.86■■■■□ 3.97
Ccdc88bQ4QRL3 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.85■■■■□ 3.97
Ccdc88bQ4QRL3 2310014F06Rik-201ENSMUST00000146145 1567 ntTSL 1 (best) BASIC39.84■■■■□ 3.97
Ccdc88bQ4QRL3 6430548M08Rik-202ENSMUST00000108948 1762 ntTSL 1 (best) BASIC39.84■■■■□ 3.97
Ccdc88bQ4QRL3 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.81■■■■□ 3.96
Ccdc88bQ4QRL3 Basp1-201ENSMUST00000058845 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.81■■■■□ 3.96
Ccdc88bQ4QRL3 Tceal3-202ENSMUST00000113100 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.81■■■■□ 3.96
Ccdc88bQ4QRL3 Ccnd3-205ENSMUST00000182209 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.8■■■■□ 3.96
Ccdc88bQ4QRL3 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.79■■■■□ 3.96
Ccdc88bQ4QRL3 Cadm1-210ENSMUST00000214542 899 ntTSL 1 (best) BASIC39.78■■■■□ 3.96
Ccdc88bQ4QRL3 AC167019.3-201ENSMUST00000228225 1266 ntBASIC39.78■■■■□ 3.96
Ccdc88bQ4QRL3 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC39.77■■■■□ 3.96
Ccdc88bQ4QRL3 Mad2l2-202ENSMUST00000084129 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.77■■■■□ 3.96
Ccdc88bQ4QRL3 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC39.77■■■■□ 3.96
Ccdc88bQ4QRL3 Ccnyl1-203ENSMUST00000187170 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.76■■■■□ 3.96
Ccdc88bQ4QRL3 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.75■■■■□ 3.95
Ccdc88bQ4QRL3 Nelfe-201ENSMUST00000097343 1607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.75■■■■□ 3.95
Ccdc88bQ4QRL3 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC39.75■■■■□ 3.95
Ccdc88bQ4QRL3 Lmo2-203ENSMUST00000111143 1654 ntTSL 1 (best) BASIC39.73■■■■□ 3.95
Ccdc88bQ4QRL3 Paqr6-203ENSMUST00000147948 837 ntTSL 2 BASIC39.73■■■■□ 3.95
Ccdc88bQ4QRL3 Efhd1os-201ENSMUST00000138844 332 ntTSL 3 BASIC39.68■■■■□ 3.94
Ccdc88bQ4QRL3 Tdp2-201ENSMUST00000038039 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.68■■■■□ 3.94
Ccdc88bQ4QRL3 Acot5-201ENSMUST00000046422 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.68■■■■□ 3.94
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6206-201ENSMUST00000133472 2199 ntBASIC39.67■■■■□ 3.94
Ccdc88bQ4QRL3 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.67■■■■□ 3.94
Ccdc88bQ4QRL3 Znrf1-207ENSMUST00000173506 1238 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.67■■■■□ 3.94
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16764-201ENSMUST00000138891 541 ntTSL 5 BASIC39.66■■■■□ 3.94
Ccdc88bQ4QRL3 Ildr2-205ENSMUST00000193860 2320 ntTSL 1 (best) BASIC39.65■■■■□ 3.94
Ccdc88bQ4QRL3 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC39.65■■■■□ 3.94
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 73.4 ms