Protein–RNA interactions for Protein: A3KGF9

Ccdc9b, Coiled-coil domain-containing protein 9B, mousemouse

Predictions only

Length 545 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc9bA3KGF9 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Ccdc9bA3KGF9 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Ccdc9bA3KGF9 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
Ccdc9bA3KGF9 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
Ccdc9bA3KGF9 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Ccdc9bA3KGF9 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Ccdc9bA3KGF9 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
Ccdc9bA3KGF9 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Ccdc9bA3KGF9 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Ccdc9bA3KGF9 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Acvr2b-202ENSMUST00000165044 2093 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 St7-202ENSMUST00000052113 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Cadm1-210ENSMUST00000214542 899 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 Klhl35-201ENSMUST00000037359 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Ccdc9bA3KGF9 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC21.33■■□□□ 1
Ccdc9bA3KGF9 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc9bA3KGF9 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc9bA3KGF9 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc9bA3KGF9 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc9bA3KGF9 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Ccdc9bA3KGF9 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc9bA3KGF9 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Ccdc9bA3KGF9 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc9bA3KGF9 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc9bA3KGF9 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Ccdc9bA3KGF9 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc9bA3KGF9 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc9bA3KGF9 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc9bA3KGF9 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ccdc9bA3KGF9 Sntb1-202ENSMUST00000110200 1225 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ccdc9bA3KGF9 Gm11175-201ENSMUST00000116172 543 ntBASIC21.28■■□□□ 1
Ccdc9bA3KGF9 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Ccdc9bA3KGF9 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Ccdc9bA3KGF9 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Ccdc9bA3KGF9 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc9bA3KGF9 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc9bA3KGF9 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc9bA3KGF9 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc9bA3KGF9 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc9bA3KGF9 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
Ccdc9bA3KGF9 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc9bA3KGF9 Marveld2-202ENSMUST00000163163 2187 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc9bA3KGF9 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ccdc9bA3KGF9 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ccdc9bA3KGF9 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc9bA3KGF9 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
Ccdc9bA3KGF9 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc9bA3KGF9 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Ccdc9bA3KGF9 Slc16a8-201ENSMUST00000039752 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 St6galnac6-204ENSMUST00000095045 2536 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Det1-201ENSMUST00000032839 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Ryk-201ENSMUST00000035142 2852 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Ier5l-201ENSMUST00000065134 2683 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Stard10-202ENSMUST00000163799 1723 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Cabp1-204ENSMUST00000112113 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.98
Ccdc9bA3KGF9 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Ccdc9bA3KGF9 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
Ccdc9bA3KGF9 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Ccdc9bA3KGF9 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
Ccdc9bA3KGF9 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Ccdc9bA3KGF9 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Ccdc9bA3KGF9 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Ccdc9bA3KGF9 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
Ccdc9bA3KGF9 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
Ccdc9bA3KGF9 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Ccdc9bA3KGF9 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.9 ms