Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 AC004889.1-203ENST00000464929 819 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 OR2A1-AS1-207ENST00000486094 819 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 SLC29A4P2-201ENST00000504749 1089 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 MANEAL-202ENST00000373045 2685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 NPAS1-207ENST00000602189 1643 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 MRPS26-201ENST00000380325 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 SOX15-202ENST00000538513 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 SOX15-203ENST00000570788 1093 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLDN3O15551 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms