Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 4930401G09Rik-201ENSMUST00000139500 637 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Ccdc58-202ENSMUST00000163352 970 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Ccdc58-203ENSMUST00000164916 1096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Gm26620-201ENSMUST00000180542 817 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Rpl19-ps10-201ENSMUST00000205555 330 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Shc3-203ENSMUST00000223543 1241 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Schip1-205ENSMUST00000182532 2059 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Tcp1-201ENSMUST00000089024 1902 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Dscc1-202ENSMUST00000110231 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Bnip2-203ENSMUST00000117450 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 5730507C01Rik-201ENSMUST00000063216 2431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Rasef-203ENSMUST00000222414 2127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Mirt1-201ENSMUST00000180489 5292 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Gm9725-202ENSMUST00000166229 2326 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Pon1-201ENSMUST00000002663 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 4933428P19Rik-201ENSMUST00000199616 1376 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 B4gat1-201ENSMUST00000053705 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Gm5112-201ENSMUST00000204407 2368 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Phf14-202ENSMUST00000115510 3353 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Gtf3a-201ENSMUST00000132102 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Sobp-201ENSMUST00000040275 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Gm17182-201ENSMUST00000163795 860 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Shisa5-218ENSMUST00000200515 1005 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Umpk-ps-201ENSMUST00000211897 827 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Pldi-201ENSMUST00000036304 853 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Calm2-201ENSMUST00000040440 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Izumo2-201ENSMUST00000085422 632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Shroom3-211ENSMUST00000225438 5742 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Rhod-202ENSMUST00000117462 1495 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Negr1-202ENSMUST00000074015 4983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Atp8b2-201ENSMUST00000069805 5559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Ogg1-201ENSMUST00000032406 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Ubp1-201ENSMUST00000009885 3742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Fam83d-201ENSMUST00000029183 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Dact2-201ENSMUST00000053218 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Cyb5a-204ENSMUST00000160180 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 AL591207.1-203ENSMUST00000222401 1380 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Hrh3-201ENSMUST00000056480 2706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Scrib-201ENSMUST00000002603 5599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Gm8309-201ENSMUST00000206627 1448 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Sdc3-201ENSMUST00000070478 4973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Josd2-203ENSMUST00000118493 922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Muc2-203ENSMUST00000179227 399 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Gm4217-201ENSMUST00000182243 1002 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Mir6349-201ENSMUST00000184059 97 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Anapc13-203ENSMUST00000188398 727 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 6430500D05Rik-201ENSMUST00000198286 1176 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Gm45442-201ENSMUST00000210038 411 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Ripply2-201ENSMUST00000058846 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Fthl17f-201ENSMUST00000097029 847 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Ung-202ENSMUST00000102584 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Kis2-201ENSMUST00000133214 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Rab3il1-201ENSMUST00000113161 2225 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Depdc7-201ENSMUST00000028595 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Ing4-205ENSMUST00000140131 1446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Fbxo7-203ENSMUST00000120344 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Cmtm4-201ENSMUST00000179802 7734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Gm37352-201ENSMUST00000193908 2181 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Zdhhc1-201ENSMUST00000044286 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Fgf8-205ENSMUST00000111927 843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Gm17112-201ENSMUST00000163194 432 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Hsbp1-202ENSMUST00000212468 638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Gng11-201ENSMUST00000031670 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Cdkn2c-201ENSMUST00000063531 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Fez2-202ENSMUST00000112487 2020 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Gm10654-201ENSMUST00000098653 1633 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Jmy-201ENSMUST00000065537 8776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Tbc1d25-204ENSMUST00000172020 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Ccdc50-201ENSMUST00000039443 2192 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Snx20-201ENSMUST00000034087 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Eva1c-201ENSMUST00000037539 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Med16-204ENSMUST00000165684 2950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Agbl4-205ENSMUST00000106591 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Smarca4-202ENSMUST00000098948 6376 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Gm29430-202ENSMUST00000191453 2015 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 E4f1-205ENSMUST00000226941 2642 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Flot2-203ENSMUST00000100784 2699 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Aicda-202ENSMUST00000160685 1292 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 4930544D05Rik-204ENSMUST00000180052 755 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Gm28626-201ENSMUST00000187004 520 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Spg7-211ENSMUST00000153285 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Nat8f3-202ENSMUST00000168531 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Praf2-201ENSMUST00000033489 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Tmem145-201ENSMUST00000108409 2298 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Dab2-208ENSMUST00000160134 1374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Sart1-201ENSMUST00000044207 5091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Ilk-212ENSMUST00000163389 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Kcnq2-203ENSMUST00000081528 2382 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Gm45640-201ENSMUST00000210665 1896 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
Col8a1Q00780 Gab1-202ENSMUST00000210676 4985 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Col8a1Q00780 Pdlim5-211ENSMUST00000198381 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Col8a1Q00780 Tbc1d25-201ENSMUST00000039892 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Col8a1Q00780 Ptges3-202ENSMUST00000084771 1559 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Col8a1Q00780 Mtcl1-202ENSMUST00000097291 7274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Col8a1Q00780 Kansl1l-201ENSMUST00000068168 4459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Col8a1Q00780 Pick1-201ENSMUST00000018295 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Col8a1Q00780 Il15ra-201ENSMUST00000078834 1600 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Col8a1Q00780 B230208B08Rik-201ENSMUST00000173049 404 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
Col8a1Q00780 Gm38027-201ENSMUST00000192315 235 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Col8a1Q00780 Ttc32-203ENSMUST00000219488 768 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43.3 ms