Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 AC167978.1-201ENSMUST00000182488 456 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Mdfic-202ENSMUST00000120512 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Ube2d3-202ENSMUST00000166033 2504 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Gm38345-201ENSMUST00000192635 1748 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Timm17b-201ENSMUST00000033498 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Crtap-201ENSMUST00000084881 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Dcaf12l2-201ENSMUST00000115057 2885 ntAPPRIS P1 BASIC18.6■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Gm37519-201ENSMUST00000191687 2210 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Bub3-201ENSMUST00000084502 2218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Bmt2-201ENSMUST00000045235 4143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Tle3-211ENSMUST00000161689 2836 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Yipf2-201ENSMUST00000034700 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Amfr-201ENSMUST00000053766 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Prdm6-201ENSMUST00000091900 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Fgfr2-211ENSMUST00000120187 4311 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Camsap3-212ENSMUST00000208240 2572 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Nadk2-202ENSMUST00000100789 3578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 March8-202ENSMUST00000101032 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Htatip2-202ENSMUST00000207895 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Hmgn2-204ENSMUST00000105893 973 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Gm45121-201ENSMUST00000205396 1153 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Fxyd1-215ENSMUST00000206474 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Cetn3-201ENSMUST00000022009 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Nudt14-202ENSMUST00000221397 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Theg-202ENSMUST00000077433 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Krt6a-201ENSMUST00000023788 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Naif1-201ENSMUST00000048431 4650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Apbb1-219ENSMUST00000191601 2690 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Sdf4-204ENSMUST00000105579 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Slc7a10-201ENSMUST00000001854 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Kmt5b-202ENSMUST00000052699 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Srf-201ENSMUST00000015749 4093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Sort1-203ENSMUST00000135636 6836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Naf1-201ENSMUST00000118009 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Ache-201ENSMUST00000024099 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Foxj3-209ENSMUST00000162267 1391 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Smim10l1-201ENSMUST00000100864 2842 ntAPPRIS P1 BASIC18.58■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Fkbp5-201ENSMUST00000079413 3542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
Usp4P35123 Tmem54-203ENSMUST00000106064 1066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Ypel3-204ENSMUST00000106359 469 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Sp3os-201ENSMUST00000123087 583 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Dut-201ENSMUST00000051605 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Coq8b-202ENSMUST00000108378 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Ppp2r1b-205ENSMUST00000175640 1523 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Chmp2b-201ENSMUST00000004965 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Sobp-201ENSMUST00000040275 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Fbxo33-201ENSMUST00000043204 3688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Ociad2-202ENSMUST00000200776 2359 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Ptp4a2-201ENSMUST00000030578 3646 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Usp4P35123 D730003I15Rik-202ENSMUST00000194375 1667 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Scube2-202ENSMUST00000106728 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Vhl-201ENSMUST00000035673 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Stx1a-201ENSMUST00000005509 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Gpn3-201ENSMUST00000031420 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Usp4P35123 2510002D24Rik-202ENSMUST00000123146 361 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Usp4P35123 1700003N22Rik-201ENSMUST00000194834 808 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Fam228b-205ENSMUST00000218575 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Pusl1-201ENSMUST00000097737 1243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Glra1-202ENSMUST00000102716 2390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Irx4-202ENSMUST00000176684 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Cpox-201ENSMUST00000060077 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Anks1b-225ENSMUST00000182966 1625 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Sult2b1-204ENSMUST00000209739 1858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Irgc1-204ENSMUST00000205776 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Ly6h-204ENSMUST00000127095 1336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Gm16262-201ENSMUST00000162306 1751 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Mast4-205ENSMUST00000166726 5968 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Il1rn-201ENSMUST00000114482 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Ndufb2-202ENSMUST00000119379 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Gm17041-201ENSMUST00000163196 479 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Gm39115-201ENSMUST00000211350 699 ntAPPRIS P1 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Rbks-201ENSMUST00000031018 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Pstk-201ENSMUST00000075610 1135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Mlf2-201ENSMUST00000032214 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Gm15743-202ENSMUST00000182690 1901 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Stambp-206ENSMUST00000206400 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Smad5-203ENSMUST00000109876 4570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Adam33-201ENSMUST00000052104 2795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Satb1-211ENSMUST00000152830 5993 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Ric3-202ENSMUST00000120876 1633 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Cacfd1-205ENSMUST00000114007 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Espn-208ENSMUST00000105654 1566 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Slc29a1-201ENSMUST00000051574 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp4P35123 A430057M04Rik-202ENSMUST00000170150 2176 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Rap2a-201ENSMUST00000062117 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Zc3h14-203ENSMUST00000110104 3146 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Nf2-205ENSMUST00000109910 4720 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Impdh1-210ENSMUST00000162739 2471 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Pacsin3-215ENSMUST00000168916 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp4P35123 CT010467.1-202ENSMUST00000205406 714 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Auh-202ENSMUST00000110031 3235 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Smarca4-202ENSMUST00000098948 6376 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Cbarp-201ENSMUST00000105369 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Vopp1-201ENSMUST00000114297 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Cdc14b-201ENSMUST00000039318 5859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Polr2c-201ENSMUST00000109521 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Fbxo22-201ENSMUST00000034859 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Tssk2-201ENSMUST00000055374 1387 ntAPPRIS P1 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Rfx7-201ENSMUST00000093820 7988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
Usp4P35123 Ddhd2-206ENSMUST00000211688 2265 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.9 ms