Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Lire1P11260 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Lire1P11260 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Lire1P11260 Cyp26a1-201ENSMUST00000025946 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Lire1P11260 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Syncrip-201ENSMUST00000069221 9450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Lire1P11260 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Tmem235-201ENSMUST00000093905 1820 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
Lire1P11260 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Lire1P11260 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Lire1P11260 Gm2018-201ENSMUST00000140754 478 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Lire1P11260 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Lire1P11260 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Lire1P11260 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Lire1P11260 Gm8503-201ENSMUST00000118131 455 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Lire1P11260 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Lire1P11260 Kctd5-201ENSMUST00000017090 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Lire1P11260 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Lire1P11260 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Lire1P11260 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Lire1P11260 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Lire1P11260 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Lire1P11260 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Lire1P11260 Kcnc3-203ENSMUST00000207493 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Lire1P11260 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Lire1P11260 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Lire1P11260 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Lire1P11260 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Lire1P11260 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Lire1P11260 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Lire1P11260 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Lire1P11260 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Lire1P11260 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Lire1P11260 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Lire1P11260 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
Lire1P11260 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Lire1P11260 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Lire1P11260 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Lire1P11260 Panx2-202ENSMUST00000161372 2314 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Lire1P11260 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Lire1P11260 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Lire1P11260 Naa20-201ENSMUST00000002805 1172 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Lire1P11260 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Lire1P11260 Maz-204ENSMUST00000206254 2282 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
Lire1P11260 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Lire1P11260 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Lire1P11260 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Lire1P11260 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Lire1P11260 Phlpp1-201ENSMUST00000061047 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Lire1P11260 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Lire1P11260 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Lire1P11260 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Lire1P11260 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Lire1P11260 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Lire1P11260 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
Lire1P11260 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Lire1P11260 Eif3j2-201ENSMUST00000057110 2379 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Lire1P11260 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Lire1P11260 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
Lire1P11260 Eif5a-201ENSMUST00000043419 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Lire1P11260 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
Lire1P11260 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Lire1P11260 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Lire1P11260 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
Lire1P11260 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Lire1P11260 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Lire1P11260 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
Lire1P11260 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Lire1P11260 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Lire1P11260 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Lire1P11260 Trim33-201ENSMUST00000029444 8875 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Lire1P11260 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Lire1P11260 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Lire1P11260 Dync1i1-203ENSMUST00000115556 2718 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Lire1P11260 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Lire1P11260 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Lire1P11260 Gm17110-201ENSMUST00000171248 735 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Lire1P11260 Dedd-204ENSMUST00000111300 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Lire1P11260 Rgs7-206ENSMUST00000194555 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Lire1P11260 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Lire1P11260 Sos2-201ENSMUST00000035773 5607 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34.1 ms