Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 PLBD1-201ENST00000240617 2426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 ENPP7-201ENST00000328313 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 UBXN6-201ENST00000301281 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
LIMA1Q9UHB6 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
LIMA1Q9UHB6 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.8 ms