Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Fam98a-201ENSMUST00000112507 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Mtmr3-202ENSMUST00000109943 5674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Ocel1-202ENSMUST00000110051 2179 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Eri1-201ENSMUST00000033927 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Six3-203ENSMUST00000176081 3680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Esx1-201ENSMUST00000074698 1600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 4930426D05Rik-202ENSMUST00000139804 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Sncaip-205ENSMUST00000178011 3433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Arrb2-204ENSMUST00000102564 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Nsmf-202ENSMUST00000074422 2824 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Enpp1-202ENSMUST00000105520 6777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 3110043O21Rik-203ENSMUST00000108127 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Ddx28-201ENSMUST00000058579 2262 ntAPPRIS P1 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Dusp8-201ENSMUST00000039926 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Vegfc-201ENSMUST00000033919 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 AC167978.1-201ENSMUST00000182488 456 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Pusl1-201ENSMUST00000097737 1243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Gm29394-202ENSMUST00000176935 1326 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Ecel1-201ENSMUST00000027463 2695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Zdhhc1-201ENSMUST00000044286 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Arid1a-205ENSMUST00000145664 8187 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Blmh-201ENSMUST00000021197 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Sft2d2-201ENSMUST00000043338 5535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Mta1-201ENSMUST00000009099 2826 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Stac2-201ENSMUST00000017544 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 H13-204ENSMUST00000125366 5204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Fam104a-201ENSMUST00000120194 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Dlgap1-206ENSMUST00000133717 2355 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Kctd17-206ENSMUST00000162517 901 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Kctd17-209ENSMUST00000166142 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Prcd-205ENSMUST00000178875 1227 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Camkk2-202ENSMUST00000196742 1084 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Vsig10l-204ENSMUST00000203769 2473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Gm19094-201ENSMUST00000209791 1246 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Map3k10-201ENSMUST00000036453 3682 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Hoxb4-201ENSMUST00000049241 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Smad1-202ENSMUST00000066091 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Lsm2-201ENSMUST00000007266 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Lancl2-202ENSMUST00000072954 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Vsig10-201ENSMUST00000086464 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Pcnx-204ENSMUST00000221721 8318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Npas3-203ENSMUST00000223057 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 P2rx5-201ENSMUST00000006104 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Fmr1-201ENSMUST00000088546 4409 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Trip10-205ENSMUST00000224885 2136 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Zfp92-202ENSMUST00000086470 2050 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Zbtb32-202ENSMUST00000108151 1775 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Egln2-202ENSMUST00000108382 1756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Gpr137-201ENSMUST00000025909 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Mff-208ENSMUST00000160786 1645 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Ppm1n-201ENSMUST00000032560 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Scn1b-203ENSMUST00000211945 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Hpca-201ENSMUST00000030572 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
Col28a1Q2UY11 Zfp800-203ENSMUST00000115321 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Emc6-202ENSMUST00000108480 563 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Lhx1-204ENSMUST00000184646 1201 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Specc1-215ENSMUST00000202744 674 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 H2-Ab1-201ENSMUST00000040828 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Sds-201ENSMUST00000066540 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Theg-202ENSMUST00000077433 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Eps8-201ENSMUST00000058210 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Cep57-208ENSMUST00000147115 2262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Bpifb4-203ENSMUST00000109759 2115 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Mipol1-201ENSMUST00000123498 2117 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Esco1-202ENSMUST00000097670 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Nfib-204ENSMUST00000107246 3075 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Slc25a26-201ENSMUST00000061118 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Porcn-202ENSMUST00000082320 1883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Sh2b2-203ENSMUST00000196397 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Plppr2-201ENSMUST00000046371 2626 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Ddx41-204ENSMUST00000224765 2199 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Gm26507-201ENSMUST00000181838 1410 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Marc2-201ENSMUST00000068725 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Gm12933-201ENSMUST00000120203 872 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 3110082J24Rik-201ENSMUST00000127749 327 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Dlx6-203ENSMUST00000171311 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Gucd1-211ENSMUST00000219774 806 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Mcrip2-201ENSMUST00000026828 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Puf60-201ENSMUST00000002599 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Crebbp-201ENSMUST00000023165 10820 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Dmrt1-201ENSMUST00000025755 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Zfp804a-201ENSMUST00000047527 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Smarcd3-208ENSMUST00000195943 1712 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Smarcd3-201ENSMUST00000030791 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Zfp865-203ENSMUST00000085427 2751 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Il15ra-201ENSMUST00000078834 1600 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Ptpdc1-204ENSMUST00000222028 3164 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Misp-205ENSMUST00000219305 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Senp2-201ENSMUST00000023561 4499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 4930503L19Rik-201ENSMUST00000067556 2291 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Adap2-201ENSMUST00000021050 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Sp3os-201ENSMUST00000123087 583 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Gas5-217ENSMUST00000161005 430 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 P4hb-203ENSMUST00000168360 770 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 C230062I16Rik-202ENSMUST00000207746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Gm11175-202ENSMUST00000211380 408 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 0610010K14Rik-202ENSMUST00000021181 779 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Gm45894-201ENSMUST00000211940 651 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Elmo2-204ENSMUST00000103088 3052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Col28a1Q2UY11 Phldb3-201ENSMUST00000073325 2273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34.6 ms