Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Gm32699-201ENSMUST00000221728 1988 ntBASIC20■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Lrfn4-202ENSMUST00000113822 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Fzd2-201ENSMUST00000057893 3663 ntAPPRIS P1 BASIC20■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Gm16386-201ENSMUST00000181397 1423 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Sco1-202ENSMUST00000108690 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Nol7-201ENSMUST00000071926 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Cdk4-201ENSMUST00000006911 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Cerkl-205ENSMUST00000143974 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Snx15-201ENSMUST00000025702 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Ntmt1-201ENSMUST00000041830 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Ablim1-204ENSMUST00000111524 1251 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Hilpda-202ENSMUST00000115289 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Tmem14c-201ENSMUST00000021790 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Twist2-202ENSMUST00000186075 2525 ntAPPRIS P1 BASIC19.99■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 D5Ertd579e-204ENSMUST00000140653 2014 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Actrt3-201ENSMUST00000047630 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Utf1-201ENSMUST00000168457 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 0610009B22Rik-201ENSMUST00000007921 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Efna4-201ENSMUST00000029674 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Creb3l1-201ENSMUST00000028663 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Gsg1-201ENSMUST00000087729 1307 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Phf14-201ENSMUST00000090632 3985 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Nlgn2-201ENSMUST00000056484 5003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Smox-209ENSMUST00000110189 1919 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Maff-202ENSMUST00000163691 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Vps26a-201ENSMUST00000092473 2712 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Arhgef1-204ENSMUST00000117796 3508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Gnas-208ENSMUST00000109087 1716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Tpra1-223ENSMUST00000204765 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Timm23-208ENSMUST00000226683 750 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Mtag2-201ENSMUST00000058665 714 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Gm10273-201ENSMUST00000092511 1126 ntAPPRIS P1 BASIC19.97■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Spg7-209ENSMUST00000149248 2896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Enah-203ENSMUST00000111025 3385 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Foxa2-201ENSMUST00000047315 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Mrpl3-205ENSMUST00000149243 2309 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Sqstm1-202ENSMUST00000102774 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Pdgfa-201ENSMUST00000046901 1543 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Stk11-201ENSMUST00000003152 2566 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Tmem55b-205ENSMUST00000160835 2755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Ppp1r21-201ENSMUST00000038551 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Sigmar1-201ENSMUST00000059354 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Lyzl4-202ENSMUST00000120918 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Gm6345-202ENSMUST00000180900 204 ntBASIC19.96■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Gm28793-201ENSMUST00000190845 413 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Gm42882-201ENSMUST00000201788 506 ntTSL 3 BASIC19.96■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Gm4316-202ENSMUST00000212490 1115 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Zfp524-201ENSMUST00000086349 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Nol9-202ENSMUST00000103197 2271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 9530068E07Rik-202ENSMUST00000109057 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Col6a1Q04857 Magi2-203ENSMUST00000115267 4478 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Trim54-201ENSMUST00000013771 1434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Metap1-201ENSMUST00000029804 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Hoxb3os-201ENSMUST00000131275 2315 ntTSL 3 BASIC19.95■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Impa1-204ENSMUST00000191670 1100 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Gm18025-201ENSMUST00000221733 862 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Prss40-201ENSMUST00000047840 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Exoc5-206ENSMUST00000161504 2582 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Smtnl2-201ENSMUST00000050226 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Brpf3-201ENSMUST00000004985 5766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Wnk2-211ENSMUST00000162581 6628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Cbx6-203ENSMUST00000109627 5806 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Bend3-202ENSMUST00000167488 6337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 H19-202ENSMUST00000136359 2286 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Naa10-205ENSMUST00000114390 797 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Gm15723-201ENSMUST00000139331 600 ntTSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Igflr1-202ENSMUST00000172251 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Gm33142-201ENSMUST00000193913 867 ntBASIC19.94■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Otx2os1-204ENSMUST00000227221 751 ntBASIC19.94■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Ubp1-201ENSMUST00000009885 3742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Nhlh1-201ENSMUST00000059794 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Vgll2-202ENSMUST00000163017 1650 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Tmem164-201ENSMUST00000087333 5149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Ehmt2-203ENSMUST00000097342 3934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Slc9a6-201ENSMUST00000077741 4976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Tmem60-201ENSMUST00000115259 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Nudt22-203ENSMUST00000180765 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Gm10138-203ENSMUST00000206952 366 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Arl2-201ENSMUST00000025893 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Gzmd-201ENSMUST00000082093 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Nsmf-206ENSMUST00000114388 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Numbl-201ENSMUST00000079258 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Gm15645-201ENSMUST00000131504 2208 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Gm7712-202ENSMUST00000222331 1510 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Setd3-201ENSMUST00000071095 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Mdfi-203ENSMUST00000113280 1281 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 4931413I07Rik-201ENSMUST00000173637 764 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Hist3h2ba-201ENSMUST00000078267 614 ntAPPRIS P1 BASIC19.92■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Wnt8a-201ENSMUST00000012426 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Espn-206ENSMUST00000103196 1323 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Gm20100-201ENSMUST00000209418 2272 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Tmem179-201ENSMUST00000066791 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Marc2-201ENSMUST00000068725 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Dpf1-202ENSMUST00000065181 1574 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Matk-204ENSMUST00000120265 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Cachd1-201ENSMUST00000030257 5765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Wnt10a-201ENSMUST00000006718 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Gm10013-201ENSMUST00000106074 672 ntBASIC19.91■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Pfdn4-201ENSMUST00000063682 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Col6a1Q04857 Dstn-201ENSMUST00000103172 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.9 ms