Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Zfp692-202ENSMUST00000153510 1887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Dnaja4-201ENSMUST00000070070 3003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Anapc5-205ENSMUST00000197074 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Anapc5-212ENSMUST00000199406 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
Col6a1Q04857 Klc1-204ENSMUST00000122300 2268 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Psmd3-201ENSMUST00000017365 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Pnldc1-201ENSMUST00000163394 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Tmem80-202ENSMUST00000126510 959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Gm11713-201ENSMUST00000139941 523 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Gm37939-201ENSMUST00000192309 447 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Cnn1-203ENSMUST00000214601 1225 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Mrpl28-201ENSMUST00000025014 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Gm5112-201ENSMUST00000204407 2368 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Kirrel-201ENSMUST00000041732 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Carm1-202ENSMUST00000115394 3320 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Mtus2-205ENSMUST00000110515 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Igf2bp2-201ENSMUST00000100052 3899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Acy3-201ENSMUST00000054030 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Flg-201ENSMUST00000050758 1488 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Rpl18-ps2-201ENSMUST00000118863 567 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Gm11539-201ENSMUST00000119837 557 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Gm13436-201ENSMUST00000120418 567 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 2700033N17Rik-201ENSMUST00000140185 721 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Tppp3-201ENSMUST00000014990 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Baiap2l2-201ENSMUST00000165408 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Trappc6a-201ENSMUST00000002112 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Fkbp3-201ENSMUST00000021332 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Gm11273-201ENSMUST00000044043 390 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 3110070M22Rik-201ENSMUST00000099148 1123 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Oxsr1-201ENSMUST00000040853 4647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Gramd1a-201ENSMUST00000001280 2713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 E4f1-205ENSMUST00000226941 2642 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Ankdd1a-201ENSMUST00000061766 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Barx2-201ENSMUST00000116615 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Anapc5-208ENSMUST00000197719 2383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Tmie-201ENSMUST00000050958 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Fam229a-201ENSMUST00000106043 558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Gm15138-201ENSMUST00000151778 379 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Tex30-212ENSMUST00000152239 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Snx15-207ENSMUST00000154601 767 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Cib1-207ENSMUST00000206084 772 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Wdr74-202ENSMUST00000210512 1078 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Spata33-206ENSMUST00000212637 569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Tmem192-201ENSMUST00000026595 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Tsr3-201ENSMUST00000063574 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Cib1-202ENSMUST00000071457 702 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Pde7a-202ENSMUST00000099195 6298 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Rhoa-201ENSMUST00000007959 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Fbxo22-204ENSMUST00000146201 2009 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Chtop-202ENSMUST00000049937 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Upf1-201ENSMUST00000075666 4618 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Acp4-203ENSMUST00000118216 1454 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Irx3-202ENSMUST00000175795 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Ube2d-ps-204ENSMUST00000137510 1846 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Them6-201ENSMUST00000070923 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Nxt1-202ENSMUST00000109961 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Izumo1r-204ENSMUST00000121116 726 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Gm5577-203ENSMUST00000153372 815 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Samd13-205ENSMUST00000197989 591 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Uchl1-201ENSMUST00000031131 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Nxt1-201ENSMUST00000047177 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 E2f1-202ENSMUST00000103145 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Hoxd3-201ENSMUST00000047830 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Sos2-206ENSMUST00000183277 4512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Dmwd-202ENSMUST00000108479 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Hpca-202ENSMUST00000095807 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Qpct-201ENSMUST00000040789 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Mrpl15-205ENSMUST00000146665 1569 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Rcbtb2-217ENSMUST00000167401 868 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Gm7889-201ENSMUST00000185591 958 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Gm44238-201ENSMUST00000203300 353 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Gm16042-201ENSMUST00000204813 1247 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Mgst3-201ENSMUST00000028005 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Nkx2-3-201ENSMUST00000057178 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Ap1ar-201ENSMUST00000051737 2662 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Myef2-209ENSMUST00000152367 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Trim14-201ENSMUST00000046897 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Usf2-201ENSMUST00000058860 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Tnpo2-207ENSMUST00000211601 2941 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Mpst-203ENSMUST00000169133 1309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Zdhhc12-202ENSMUST00000102865 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Nkx2-2-203ENSMUST00000109970 1053 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Gadd45b-203ENSMUST00000220246 732 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Uchl3-201ENSMUST00000002289 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Thap3-201ENSMUST00000036680 1124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Hnrnph3-202ENSMUST00000118898 2168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Gm37711-201ENSMUST00000194907 1749 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Ascl1-201ENSMUST00000020243 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Nfe2-201ENSMUST00000075192 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Gm43183-201ENSMUST00000200632 547 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Gm45618-201ENSMUST00000209890 660 ntAPPRIS P1 BASIC20.08■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Inmt-201ENSMUST00000003569 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Hist1h2aj-201ENSMUST00000091710 352 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
Col6a1Q04857 Arl4c-203ENSMUST00000187810 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Cpne2-201ENSMUST00000048653 2342 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Adgrv1-211ENSMUST00000146749 1592 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Bmpr1b-202ENSMUST00000098568 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 1300014J16Rik-201ENSMUST00000219015 1337 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Gm16432-201ENSMUST00000094273 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Col6a1Q04857 Tpra1-201ENSMUST00000055022 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.8 ms