Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
COL9A1P20849 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 KRTAP5-11-203ENST00000617152 558 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 PRDX5-201ENST00000265462 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
COL9A1P20849 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms