Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
USP3Q9Y6I4 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
USP3Q9Y6I4 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms