Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Col6a1Q04857 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Col6a1Q04857 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Col6a1Q04857 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col6a1Q04857 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col6a1Q04857 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col6a1Q04857 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col6a1Q04857 Nrg3-202ENSMUST00000168810 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
Col6a1Q04857 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC27.57■■■□□ 2
Col6a1Q04857 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Col6a1Q04857 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Col6a1Q04857 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Col6a1Q04857 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Col6a1Q04857 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Col6a1Q04857 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
Col6a1Q04857 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Col6a1Q04857 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Col6a1Q04857 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC27.53■■■□□ 2
Col6a1Q04857 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC27.53■■■□□ 2
Col6a1Q04857 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Col6a1Q04857 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Col6a1Q04857 Ap1ar-210ENSMUST00000200409 2580 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
Col6a1Q04857 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC27.49■■□□□ 1.99
Col6a1Q04857 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Col6a1Q04857 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Col6a1Q04857 Cpsf4-201ENSMUST00000070487 1606 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Col6a1Q04857 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
Col6a1Q04857 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
Col6a1Q04857 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
Col6a1Q04857 Gm11175-201ENSMUST00000116172 543 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
Col6a1Q04857 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
Col6a1Q04857 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
Col6a1Q04857 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Col6a1Q04857 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
Col6a1Q04857 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
Col6a1Q04857 Cadm1-210ENSMUST00000214542 899 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Col6a1Q04857 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Col6a1Q04857 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Col6a1Q04857 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC27.39■■□□□ 1.98
Col6a1Q04857 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Col6a1Q04857 Sntb1-202ENSMUST00000110200 1225 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Col6a1Q04857 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Col6a1Q04857 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Col6a1Q04857 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
Col6a1Q04857 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
Col6a1Q04857 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Col6a1Q04857 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
Col6a1Q04857 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.96
Col6a1Q04857 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
Col6a1Q04857 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
Col6a1Q04857 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
Col6a1Q04857 Amigo1-203ENSMUST00000106659 1360 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Col6a1Q04857 A530058N18Rik-203ENSMUST00000135729 1405 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Col6a1Q04857 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
Col6a1Q04857 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
Col6a1Q04857 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
Col6a1Q04857 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
Col6a1Q04857 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
Col6a1Q04857 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Col6a1Q04857 Gm2415-204ENSMUST00000190235 2004 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
Col6a1Q04857 Frs3-201ENSMUST00000113296 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Col6a1Q04857 Smagp-202ENSMUST00000172334 952 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
Col6a1Q04857 Chtf8-205ENSMUST00000176515 694 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
Col6a1Q04857 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC27.24■■□□□ 1.95
Col6a1Q04857 Tmco6-201ENSMUST00000007046 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
Col6a1Q04857 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC27.23■■□□□ 1.95
Col6a1Q04857 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
Col6a1Q04857 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
Col6a1Q04857 Sugct-202ENSMUST00000220514 1351 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
Col6a1Q04857 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
Col6a1Q04857 Snx3-201ENSMUST00000019939 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 Ankrd60-202ENSMUST00000119453 1084 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 Ppp2r2d-201ENSMUST00000041097 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 Ywhaz-204ENSMUST00000110362 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 E2f4-201ENSMUST00000015003 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 Raly-203ENSMUST00000109701 1709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 Gpr137c-205ENSMUST00000227009 771 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 Zmynd12-201ENSMUST00000094819 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.15■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 Trappc6b-203ENSMUST00000217863 797 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 Mon2-207ENSMUST00000219203 1844 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
Col6a1Q04857 Fgf20-201ENSMUST00000034014 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Col6a1Q04857 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Col6a1Q04857 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Col6a1Q04857 E130218I03Rik-204ENSMUST00000131447 888 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
Col6a1Q04857 C330011M18Rik-201ENSMUST00000071067 1849 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Col6a1Q04857 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
Col6a1Q04857 Gltp-201ENSMUST00000012028 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Col6a1Q04857 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Col6a1Q04857 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Col6a1Q04857 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Col6a1Q04857 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 40 ms