Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHHQ15465 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
SHHQ15465 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHHQ15465 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHHQ15465 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
SHHQ15465 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SHHQ15465 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHHQ15465 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHHQ15465 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHHQ15465 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
SHHQ15465 ARMC10P1-201ENST00000313754 855 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
SHHQ15465 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHHQ15465 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHHQ15465 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHHQ15465 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHHQ15465 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHHQ15465 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHHQ15465 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHHQ15465 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHHQ15465 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHHQ15465 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHHQ15465 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHHQ15465 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHHQ15465 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHHQ15465 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHHQ15465 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
SHHQ15465 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHHQ15465 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHHQ15465 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHHQ15465 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHHQ15465 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
SHHQ15465 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHHQ15465 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHHQ15465 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHHQ15465 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHHQ15465 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHHQ15465 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
SHHQ15465 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHHQ15465 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHHQ15465 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHHQ15465 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHHQ15465 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHHQ15465 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHHQ15465 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHHQ15465 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHHQ15465 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHHQ15465 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHHQ15465 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHHQ15465 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHHQ15465 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHHQ15465 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHHQ15465 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHHQ15465 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHHQ15465 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHHQ15465 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHHQ15465 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHHQ15465 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHHQ15465 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHHQ15465 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHHQ15465 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHHQ15465 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHHQ15465 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHHQ15465 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHHQ15465 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHHQ15465 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SHHQ15465 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHHQ15465 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHHQ15465 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHHQ15465 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHHQ15465 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHHQ15465 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHHQ15465 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHHQ15465 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHHQ15465 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHHQ15465 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHHQ15465 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHHQ15465 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHHQ15465 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
SHHQ15465 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHHQ15465 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
SHHQ15465 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHHQ15465 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHHQ15465 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHHQ15465 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHHQ15465 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHHQ15465 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHHQ15465 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHHQ15465 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
SHHQ15465 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHHQ15465 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHHQ15465 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHHQ15465 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHHQ15465 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHHQ15465 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHHQ15465 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHHQ15465 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHHQ15465 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHHQ15465 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHHQ15465 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHHQ15465 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
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