Protein–RNA interactions for Protein: Q8CFK2

Brf1, Transcription factor IIIB 90 kDa subunit, mousemouse

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Brf1Q8CFK2 Hoxd3-201ENSMUST00000047830 2292 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Brf1Q8CFK2 Pacsin3-203ENSMUST00000111349 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Brf1Q8CFK2 Spc24-205ENSMUST00000217382 1696 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Brf1Q8CFK2 Brsk2-201ENSMUST00000018971 4049 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Foxj3-209ENSMUST00000162267 1391 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Chtop-204ENSMUST00000107342 2411 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Slc25a16-201ENSMUST00000044977 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Klhdc4-205ENSMUST00000174192 1584 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Naa50-202ENSMUST00000063542 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Cct4-201ENSMUST00000020562 1634 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Foxi3-202ENSMUST00000163089 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Gm44732-201ENSMUST00000208055 635 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Foxi3-201ENSMUST00000069634 1206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 C630004M23Rik-201ENSMUST00000194765 1682 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Leng1-201ENSMUST00000019878 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Uck1-201ENSMUST00000002625 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Adamtsl5-202ENSMUST00000105352 989 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Gm11627-201ENSMUST00000107080 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 E130307A14Rik-208ENSMUST00000145971 830 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Mpig6b-202ENSMUST00000174190 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Josd2-218ENSMUST00000206887 693 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Nt5c-201ENSMUST00000021082 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Gm45890-202ENSMUST00000212188 1052 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Slc10a4-201ENSMUST00000031127 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Grrp1-201ENSMUST00000060050 1226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Pwwp2b-201ENSMUST00000093993 3057 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Alg1-202ENSMUST00000100196 1755 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Hgsnat-201ENSMUST00000037609 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 P2rx4-202ENSMUST00000081554 1887 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Mycl-202ENSMUST00000106252 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Ptges3-201ENSMUST00000052798 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Tmem53-201ENSMUST00000062824 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Tmem132b-201ENSMUST00000031446 7995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Pcyt2-201ENSMUST00000026129 1881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Dbr1-201ENSMUST00000066650 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Creld1-201ENSMUST00000032422 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Arrb2-205ENSMUST00000108568 1777 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 AC133650.2-201ENSMUST00000217036 607 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Nudt14-201ENSMUST00000002881 734 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Atp10a-201ENSMUST00000168747 5419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 6030445D17Rik-201ENSMUST00000084593 1728 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Wnt10a-201ENSMUST00000006718 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Lin7a-203ENSMUST00000218031 1769 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Gm26689-201ENSMUST00000180927 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Gm26553-201ENSMUST00000181531 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Hdgfl3-202ENSMUST00000107305 5887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Gm8773-201ENSMUST00000101627 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Gm7291-201ENSMUST00000199147 382 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Gm36210-201ENSMUST00000210663 1279 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Hes3-201ENSMUST00000094438 1829 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Acot5-202ENSMUST00000072505 1401 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Tcp1-201ENSMUST00000089024 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Nectin3-201ENSMUST00000023334 3062 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Cyb5r4-201ENSMUST00000168529 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Hist2h3c2-201ENSMUST00000167403 1020 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Chrac1-201ENSMUST00000089765 871 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Pgam5-202ENSMUST00000112505 2098 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Syde1-201ENSMUST00000040580 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Phldb3-204ENSMUST00000206422 2564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 C230037L18Rik-201ENSMUST00000136218 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
Brf1Q8CFK2 Pgf-204ENSMUST00000223220 2080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Gm6627-201ENSMUST00000218299 2386 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Fbxo30-201ENSMUST00000070300 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Speg-206ENSMUST00000122266 917 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Stx6-209ENSMUST00000195302 955 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Gga2-201ENSMUST00000033160 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Sdf4-204ENSMUST00000105579 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Swsap1-201ENSMUST00000053583 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 B4galt4-205ENSMUST00000114712 2168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Pxk-201ENSMUST00000036682 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Idnk-202ENSMUST00000109868 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Mfsd10-201ENSMUST00000001109 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Gatad2a-202ENSMUST00000116463 3363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Tmem234-215ENSMUST00000173758 453 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Gm9780-201ENSMUST00000184272 350 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 4930413G21Rik-201ENSMUST00000205998 993 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 4930560O18Rik-201ENSMUST00000207051 1595 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Ltb-201ENSMUST00000025262 1160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Akr1a1-201ENSMUST00000030455 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Fam71b-201ENSMUST00000063166 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Erc1-202ENSMUST00000079582 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Nck2-201ENSMUST00000086421 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Atf6b-201ENSMUST00000015605 2566 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Trmt11-201ENSMUST00000019927 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Gm29430-202ENSMUST00000191453 2015 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Tmem102-201ENSMUST00000051025 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Eml4-203ENSMUST00000112363 5238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 a-201ENSMUST00000029123 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Vax2-201ENSMUST00000037807 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Tsks-202ENSMUST00000120929 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Gm16432-201ENSMUST00000094273 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Aifm2-204ENSMUST00000105455 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Dpys-202ENSMUST00000110306 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Tymp-201ENSMUST00000023285 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Gdf1-201ENSMUST00000207684 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Gm4881-201ENSMUST00000206705 1152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Jkamp-201ENSMUST00000057257 1292 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Zdhhc14-201ENSMUST00000089185 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Shc2-201ENSMUST00000020564 3243 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Brf1Q8CFK2 Rbm43-201ENSMUST00000102767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.7 ms