Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Rcor3-203ENSMUST00000192128 1578 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Gnptab-201ENSMUST00000020251 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Fam129b-201ENSMUST00000028135 3714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Ttc39a-203ENSMUST00000106619 1778 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Usp36-202ENSMUST00000106296 5655 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Atp11a-202ENSMUST00000091237 7443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Zdhhc4-201ENSMUST00000001900 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Slc30a9-201ENSMUST00000113676 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Anapc5-205ENSMUST00000197074 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Anapc5-212ENSMUST00000199406 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Dll3-201ENSMUST00000108315 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Enah-203ENSMUST00000111025 3385 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Gm20421-201ENSMUST00000153344 672 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Pianp-204ENSMUST00000160704 1116 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Gas5-217ENSMUST00000161005 430 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Tnpo2-207ENSMUST00000211601 2941 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Nkx2-1-202ENSMUST00000178477 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Tmem102-201ENSMUST00000051025 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Vapa-201ENSMUST00000024897 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Ddah2-201ENSMUST00000007255 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Srsf1-201ENSMUST00000079866 2948 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Dnaja4-202ENSMUST00000120452 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 6820408C15Rik-201ENSMUST00000039961 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Ccdc102a-201ENSMUST00000077955 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Gm43182-201ENSMUST00000199476 2528 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Zfp282-201ENSMUST00000061890 5573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Atxn7-203ENSMUST00000223880 2946 ntAPPRIS P2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Sdf2l1-201ENSMUST00000023453 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Cd24a-201ENSMUST00000058714 1816 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Twist2-202ENSMUST00000186075 2525 ntAPPRIS P1 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Tarbp1-201ENSMUST00000170518 6383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Eif4h-205ENSMUST00000202622 2726 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Smox-202ENSMUST00000110179 1320 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Gm10129-202ENSMUST00000193100 1316 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Dhps-201ENSMUST00000078665 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Gm45640-201ENSMUST00000210665 1896 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Sra1-201ENSMUST00000001415 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Trim72-202ENSMUST00000106248 2134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Brsk2-201ENSMUST00000018971 4049 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Spsb4-201ENSMUST00000055433 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Grtp1-207ENSMUST00000211128 1416 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Atf1-201ENSMUST00000023769 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Sirpa-209ENSMUST00000160276 876 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Mrpl40-201ENSMUST00000023391 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Tmem147-201ENSMUST00000006478 870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Cebpg-202ENSMUST00000130491 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Pllp-201ENSMUST00000034227 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Ahcyl2-204ENSMUST00000115242 5152 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Cdk19-201ENSMUST00000044672 5807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Fgfr3-202ENSMUST00000087820 2630 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Lamp1-201ENSMUST00000033824 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Sqstm1-202ENSMUST00000102774 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Hoxa11os-201ENSMUST00000134512 1839 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Clk3-201ENSMUST00000065330 2496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Antxr1-201ENSMUST00000042025 5253 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 E2f1-202ENSMUST00000103145 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Wdsub1-201ENSMUST00000028368 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Sumf1-201ENSMUST00000032191 2593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Chtop-204ENSMUST00000107342 2411 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Tmem44-204ENSMUST00000140402 2405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Slc9a6-201ENSMUST00000077741 4976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Gpr3-201ENSMUST00000052090 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Mall-201ENSMUST00000028856 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Naa30-205ENSMUST00000153488 4446 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Usp36-201ENSMUST00000092382 5609 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Arhgap44-202ENSMUST00000093001 2256 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Hoxb3os-201ENSMUST00000131275 2315 ntTSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Hoxa10-202ENSMUST00000125581 2565 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Mms22l-205ENSMUST00000138567 1350 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
Trim3Q9R1R2 Arih1-207ENSMUST00000171975 6971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Stoml1-201ENSMUST00000034883 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Nsmf-206ENSMUST00000114388 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Ehmt2-203ENSMUST00000097342 3934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Plekha1-211ENSMUST00000151119 2397 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Wdr4-203ENSMUST00000167419 813 ntTSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Gm27801-201ENSMUST00000184174 223 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 1700012B09Rik-204ENSMUST00000191047 654 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 H2-Ke6-201ENSMUST00000045467 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Anapc5-218ENSMUST00000200645 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Usf2-201ENSMUST00000058860 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Lypla2-202ENSMUST00000105852 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Fblim1-202ENSMUST00000105784 3036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 D030056L22Rik-201ENSMUST00000055792 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Slc39a10-201ENSMUST00000027131 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Rfx7-201ENSMUST00000093820 7988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Arpc5-202ENSMUST00000097536 1737 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Shisa4-201ENSMUST00000041240 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 4732440D04Rik-203ENSMUST00000191825 5428 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 D830050J10Rik-202ENSMUST00000203858 1813 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Atad2b-201ENSMUST00000045664 8035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Csnk1a1-210ENSMUST00000170862 2259 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Ubp1-201ENSMUST00000009885 3742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Lefty1-201ENSMUST00000037361 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Rfc5-202ENSMUST00000111953 772 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 4930444P10Rik-203ENSMUST00000151004 1001 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Tmbim4-201ENSMUST00000020446 904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Igfbp6-201ENSMUST00000023807 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Fabp3-201ENSMUST00000070532 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Trim3Q9R1R2 Map3k9-201ENSMUST00000035987 4564 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 16.4 ms