Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL7A1Q02388 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL7A1Q02388 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms