Protein–RNA interactions for Protein: B9EHT4

Clip3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Clip3B9EHT4 Cystm1-201ENSMUST00000050584 831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Adssl1-202ENSMUST00000180015 1819 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Elac2-201ENSMUST00000071891 2771 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Ndel1-201ENSMUST00000018880 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Polr3h-201ENSMUST00000023113 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Sfr1-201ENSMUST00000099353 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Lrrc38-201ENSMUST00000052458 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Spsb3-203ENSMUST00000117890 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Smarcc1-207ENSMUST00000199896 5773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Hook2-203ENSMUST00000209764 2516 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Polr1d-202ENSMUST00000110557 1137 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 C230096K16Rik-201ENSMUST00000198074 1722 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Lsr-205ENSMUST00000205961 2021 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 A730056A06Rik-202ENSMUST00000206959 526 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Erh-205ENSMUST00000218740 981 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Rasl10a-201ENSMUST00000037218 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Cltb-202ENSMUST00000091609 2186 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Gm10306-201ENSMUST00000094969 533 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Mrpl12-201ENSMUST00000043627 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Nrxn2-204ENSMUST00000113461 5505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Dennd6a-201ENSMUST00000037585 6638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Tmem121-201ENSMUST00000058491 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Acot5-202ENSMUST00000072505 1401 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Vgf-202ENSMUST00000186451 2277 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Gm8773-201ENSMUST00000101627 1268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Gadd45b-201ENSMUST00000015456 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Cyyr1-204ENSMUST00000175700 1294 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Ccdc84-211ENSMUST00000217270 681 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Gm26571-205ENSMUST00000223215 591 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Cdk8-201ENSMUST00000031640 2973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Wipi2-202ENSMUST00000110778 1959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Ahcyl1-201ENSMUST00000029490 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Taf4b-201ENSMUST00000169862 5149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 K230010J24Rik-204ENSMUST00000187868 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Gjc2-201ENSMUST00000108790 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Prdm8-202ENSMUST00000210477 3316 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Irgq-201ENSMUST00000049020 6083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Tmem145-201ENSMUST00000108409 2298 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Klhl32-201ENSMUST00000084781 2287 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Tle3-211ENSMUST00000161689 2836 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Fbxo45-201ENSMUST00000042732 4179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Kcns3-201ENSMUST00000055673 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Dhx33-204ENSMUST00000124464 1835 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Zfp467-201ENSMUST00000101443 599 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Adamtsl5-202ENSMUST00000105352 989 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Gnas-205ENSMUST00000109083 730 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Tmem234-215ENSMUST00000173758 453 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Oxld1-201ENSMUST00000044007 813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Lsm2-201ENSMUST00000007266 873 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Tmem8-201ENSMUST00000025010 3464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Cbfb-204ENSMUST00000109395 2709 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Rnf169-201ENSMUST00000080817 7147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Zfp644-204ENSMUST00000112696 5785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Ubp1-201ENSMUST00000009885 3742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Nphp1-202ENSMUST00000110357 2296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Ssc4d-204ENSMUST00000111153 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Cyp2r1-207ENSMUST00000211506 1887 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Fam49b-207ENSMUST00000228226 1896 ntAPPRIS P1 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Zbtb8a-201ENSMUST00000030610 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Dhx36-201ENSMUST00000029336 5620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Fam241b-209ENSMUST00000142821 1283 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Dpyd-204ENSMUST00000149101 531 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Gm9780-201ENSMUST00000184272 350 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Camkk2-202ENSMUST00000196742 1084 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 AC121965.1-201ENSMUST00000221422 861 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 6230400D17Rik-202ENSMUST00000224976 1019 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Fcrlb-201ENSMUST00000094337 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Gm34220-201ENSMUST00000223001 2709 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Rcc1-201ENSMUST00000030726 2278 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Klhl25-203ENSMUST00000205612 1343 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 2310034G01Rik-201ENSMUST00000189008 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Cebpa-201ENSMUST00000042985 2626 ntAPPRIS P1 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Daxx-202ENSMUST00000170075 2673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Metap1-201ENSMUST00000029804 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Spsb4-201ENSMUST00000055433 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Spry1-202ENSMUST00000108107 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 St7l-201ENSMUST00000059271 5728 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Ogfod2-202ENSMUST00000119269 1474 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Sys1-202ENSMUST00000109352 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Foxa3-201ENSMUST00000036018 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Map7d2-203ENSMUST00000112471 3670 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Etnk1-203ENSMUST00000204947 1791 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 2510002D24Rik-202ENSMUST00000123146 361 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Gm37179-201ENSMUST00000194862 823 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 D830036C21Rik-201ENSMUST00000207444 453 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 CT030146.1-201ENSMUST00000220919 217 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Ltbr-201ENSMUST00000032489 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Rab34-202ENSMUST00000056241 1558 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Ngb-203ENSMUST00000110177 1611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Rell2-202ENSMUST00000091932 1995 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Fam129b-201ENSMUST00000028135 3714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Rragd-203ENSMUST00000098190 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Hirip3-201ENSMUST00000037248 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Rgs19-202ENSMUST00000108769 1460 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
Clip3B9EHT4 Dxo-201ENSMUST00000046244 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Clip3B9EHT4 Diablo-203ENSMUST00000111587 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Clip3B9EHT4 Cdkl3-207ENSMUST00000109080 2749 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Clip3B9EHT4 Gm11627-201ENSMUST00000107080 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Clip3B9EHT4 4930519P11Rik-201ENSMUST00000181369 501 ntAPPRIS P1 BASIC18.14■□□□□ 0.49
Clip3B9EHT4 Gm38205-201ENSMUST00000192243 258 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.7 ms