Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Ddx39b-203ENSMUST00000173731 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Ddx28Q9CWT6 Asph-201ENSMUST00000038564 1174 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Ddx28Q9CWT6 Asph-205ENSMUST00000098275 1007 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
Ddx28Q9CWT6 Sox17-208ENSMUST00000195555 1977 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
Ddx28Q9CWT6 Ankrd9-203ENSMUST00000135131 1563 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Ddx28Q9CWT6 Hspa5-202ENSMUST00000100171 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Ddx28Q9CWT6 Znrf1-205ENSMUST00000172856 4600 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
Ddx28Q9CWT6 Dnajb11-205ENSMUST00000178320 1628 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
Ddx28Q9CWT6 Klhl2-201ENSMUST00000034017 3412 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Ddx28Q9CWT6 Zhx1-202ENSMUST00000110168 5212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
Ddx28Q9CWT6 Kcns1-201ENSMUST00000045196 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
Ddx28Q9CWT6 Ddx41-201ENSMUST00000021956 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
Ddx28Q9CWT6 Mtmr3-202ENSMUST00000109943 5674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Gm10941-201ENSMUST00000105408 708 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Tomm40-202ENSMUST00000093552 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Ddx41-204ENSMUST00000224765 2199 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Gfra1-208ENSMUST00000152507 1937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Meis3-201ENSMUST00000002495 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Zbtb7a-201ENSMUST00000048128 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Ssx2ip-201ENSMUST00000039021 3410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Col17a1-202ENSMUST00000086923 5477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Galnt3-201ENSMUST00000028378 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Kcnn4-202ENSMUST00000205428 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Dlgap2-203ENSMUST00000133298 4503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Naa20-202ENSMUST00000110000 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Ubxn1-202ENSMUST00000166407 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Gm3448-203ENSMUST00000179539 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Rexo2-208ENSMUST00000216470 454 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Spata33-201ENSMUST00000060133 491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 2810025M15Rik-201ENSMUST00000061537 1194 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Gm3448-201ENSMUST00000097399 787 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Fem1c-201ENSMUST00000036226 5726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 March8-202ENSMUST00000101032 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Impa2-201ENSMUST00000025403 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Hook2-203ENSMUST00000209764 2516 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Rybp-201ENSMUST00000101118 4503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Bspry-202ENSMUST00000107449 2167 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 St3gal2-201ENSMUST00000034197 4396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Arfrp1-203ENSMUST00000127988 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Paics-201ENSMUST00000031160 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Rab34-202ENSMUST00000056241 1558 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Cyp4f16-201ENSMUST00000003416 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Gm45606-201ENSMUST00000209836 2795 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Gm20621-202ENSMUST00000176618 1234 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Tmem196-202ENSMUST00000183694 845 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Twist2-201ENSMUST00000007949 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Rnf26-208ENSMUST00000185479 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Tesmin-204ENSMUST00000151341 2013 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Smtnl2-201ENSMUST00000050226 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 1700030C10Rik-201ENSMUST00000110971 1471 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Eif4h-205ENSMUST00000202622 2726 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Smarcc1-207ENSMUST00000199896 5773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Tfdp2-202ENSMUST00000165120 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Pnldc1-201ENSMUST00000163394 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Clta-202ENSMUST00000107846 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Lrrc75b-201ENSMUST00000051129 4601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Ebf3-204ENSMUST00000169486 4994 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Smkr-ps-202ENSMUST00000141679 901 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Mrpl16-201ENSMUST00000167199 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Gm21956-201ENSMUST00000179946 522 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Kcnma1-215ENSMUST00000190339 890 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Snx16-203ENSMUST00000195822 1084 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 N4bp2os-203ENSMUST00000202673 699 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Nr2c2ap-201ENSMUST00000095273 1161 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Capn1-202ENSMUST00000164843 3048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Snx21-206ENSMUST00000174070 1446 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Fbxl3-201ENSMUST00000022720 4309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Tmem222-201ENSMUST00000105907 1484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Rnf157-202ENSMUST00000106398 4553 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Pdpk1-205ENSMUST00000115411 1724 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Wipf1-201ENSMUST00000094681 4728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Rbm38-204ENSMUST00000173393 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Zfp653-201ENSMUST00000043922 2108 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Tmem145-201ENSMUST00000108409 2298 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Map3k10-202ENSMUST00000108341 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Ssbp1-203ENSMUST00000117411 933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Gm20548-204ENSMUST00000174528 791 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 AC138214.1-201ENSMUST00000223838 420 ntAPPRIS P1 BASIC17.6■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Phospho1-201ENSMUST00000054173 1910 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Sost-201ENSMUST00000001534 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Pitpnm2-210ENSMUST00000162812 6952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Armc10-202ENSMUST00000095495 2700 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Lmbr1l-201ENSMUST00000023736 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Adamtsl5-201ENSMUST00000095446 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Tsen54-202ENSMUST00000106481 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Ankrd9-204ENSMUST00000140788 1451 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Derl2-207ENSMUST00000171041 1466 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Prodh-206ENSMUST00000139861 677 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Dlgap2-209ENSMUST00000152652 3842 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 D630036H23Rik-201ENSMUST00000171007 940 ntAPPRIS P1 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Usf2-211ENSMUST00000172417 648 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 0610039K10Rik-202ENSMUST00000184724 952 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Hyi-205ENSMUST00000194248 936 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Mcam-201ENSMUST00000034650 2989 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Sort1-201ENSMUST00000102632 6796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Tk2-201ENSMUST00000050211 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Glra1-202ENSMUST00000102716 2390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Shkbp1-201ENSMUST00000003857 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Pdzd8-201ENSMUST00000099274 7076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
Ddx28Q9CWT6 Tril-201ENSMUST00000127748 5363 ntAPPRIS P1 BASIC17.59■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.2 ms