Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Hist2h2ac-201ENSMUST00000090782 520 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Slc27a3-201ENSMUST00000029541 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Dalrd3-201ENSMUST00000019183 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Trim47-201ENSMUST00000021120 2204 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Mpc2-201ENSMUST00000027853 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Itsn2-201ENSMUST00000062580 5987 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Fgfr1-215ENSMUST00000179592 5041 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Ngb-203ENSMUST00000110177 1611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Dbf4-207ENSMUST00000171808 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Atp6v1b1-206ENSMUST00000206911 1591 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Txn2-204ENSMUST00000109748 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Trip10-207ENSMUST00000224947 2016 ntAPPRIS P2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Ube2b-201ENSMUST00000020657 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Fam49b-207ENSMUST00000228226 1896 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Notumos-201ENSMUST00000151998 2659 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Thegl-202ENSMUST00000117880 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Cenps-202ENSMUST00000105695 544 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Slc25a51-203ENSMUST00000132815 1005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Lhx1-204ENSMUST00000184646 1201 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Tbc1d7-201ENSMUST00000021797 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 AC122465.1-201ENSMUST00000220813 1209 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Fam50b-201ENSMUST00000039605 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Psmd6-201ENSMUST00000022256 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Col8a1Q00780 Barhl1-203ENSMUST00000113849 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Cyp4f13-201ENSMUST00000075253 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Mapkapk2-201ENSMUST00000016672 2854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Mafg-201ENSMUST00000058162 4923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Iglon5-201ENSMUST00000107974 2622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Sult4a1-201ENSMUST00000082365 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Htra3-201ENSMUST00000087629 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Ugp2-201ENSMUST00000060895 2044 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Plk5-202ENSMUST00000105351 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Rex1bd-206ENSMUST00000136913 671 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Gm16998-201ENSMUST00000181899 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Cpne1-217ENSMUST00000184265 871 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Gm9987-201ENSMUST00000069768 567 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Gm16759-201ENSMUST00000126238 1393 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Zfp598-201ENSMUST00000047179 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Hdhd2-206ENSMUST00000145634 1585 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Gfi1-202ENSMUST00000065478 2639 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Gm37415-201ENSMUST00000192265 2054 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Sptbn4-201ENSMUST00000011895 8747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Rhoq-201ENSMUST00000024956 4151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Slc35a2-203ENSMUST00000115663 1527 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Kazald1-202ENSMUST00000111948 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Gm42911-201ENSMUST00000199360 1630 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Ssbp2-202ENSMUST00000042122 1633 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Arid1a-202ENSMUST00000105897 8175 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Ttc39c-201ENSMUST00000025294 2571 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Capzb-204ENSMUST00000102508 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Paqr6-204ENSMUST00000147991 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Pabpn1-205ENSMUST00000141446 912 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Hist2h2aa2-201ENSMUST00000074976 528 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Hist2h2aa1-201ENSMUST00000078756 586 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Myoz1-201ENSMUST00000090469 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Lmtk3-204ENSMUST00000209617 5051 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Zfp697-201ENSMUST00000056096 5166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Zc3hav1l-201ENSMUST00000058524 6536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Matk-205ENSMUST00000121205 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Gm37055-201ENSMUST00000191866 133 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Smn1-202ENSMUST00000091321 223 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Frat1-201ENSMUST00000087155 2614 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Crocc-202ENSMUST00000097816 6273 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Gabbr1-201ENSMUST00000025338 5248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Noc2l-202ENSMUST00000179886 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Rusc2-201ENSMUST00000035645 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Alkbh5-201ENSMUST00000044250 5730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Gm2788-202ENSMUST00000147173 1390 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Nat14-201ENSMUST00000047309 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Rpl36al-202ENSMUST00000110619 1276 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Tpm1-204ENSMUST00000113684 887 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Gm11643-201ENSMUST00000119578 864 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Gm9484-201ENSMUST00000195892 1159 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Xpa-201ENSMUST00000030013 955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Ccdc107-201ENSMUST00000030181 817 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Cdo1-201ENSMUST00000035804 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Gm11769-201ENSMUST00000140273 1657 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Dennd3-201ENSMUST00000043414 5299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Zbtb7a-203ENSMUST00000119606 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Tmed3-201ENSMUST00000058488 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Derl3-201ENSMUST00000009236 1321 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Prdm13-201ENSMUST00000076206 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Thra-201ENSMUST00000064187 2452 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Sos2-206ENSMUST00000183277 4512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Bcl3-201ENSMUST00000120537 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Cep78-201ENSMUST00000047704 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Cdc37l1-205ENSMUST00000224599 1769 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Bspry-201ENSMUST00000030088 1757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Ache-209ENSMUST00000196208 1911 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Tlcd1-203ENSMUST00000108338 714 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Cracr2b-207ENSMUST00000170879 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Nudt14-202ENSMUST00000221397 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 AC154649.1-201ENSMUST00000227392 384 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Clybl-201ENSMUST00000026625 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Gm7075-201ENSMUST00000054760 425 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Gtf2h2-201ENSMUST00000066940 1065 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Stx3-202ENSMUST00000069285 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Rbm38-201ENSMUST00000029014 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Gxylt1-201ENSMUST00000049484 6611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Col8a1Q00780 Nat9-201ENSMUST00000103038 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.4 ms