Protein–RNA interactions for Protein: Q9JIS3

Smco4, Single-pass membrane and coiled-coil domain-containing protein 4, mousemouse

Predictions only

Length 59 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Smco4Q9JIS3 Fam220a-209ENSMUST00000200267 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Smco4Q9JIS3 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Smco4Q9JIS3 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Smco4Q9JIS3 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Smco4Q9JIS3 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Smco4Q9JIS3 Ildr2-207ENSMUST00000195557 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Smco4Q9JIS3 Hrk-201ENSMUST00000054836 5382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Smco4Q9JIS3 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
Smco4Q9JIS3 Phlpp1-201ENSMUST00000061047 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Smco4Q9JIS3 Rbfox2-201ENSMUST00000048145 1720 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Smco4Q9JIS3 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Smco4Q9JIS3 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
Smco4Q9JIS3 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Smco4Q9JIS3 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Smco4Q9JIS3 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Smco4Q9JIS3 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
Smco4Q9JIS3 Grb2-202ENSMUST00000106495 2041 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
Smco4Q9JIS3 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Smco4Q9JIS3 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Smco4Q9JIS3 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Smco4Q9JIS3 Cdc42bpb-201ENSMUST00000041965 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
Smco4Q9JIS3 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Smco4Q9JIS3 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
Smco4Q9JIS3 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
Smco4Q9JIS3 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Smco4Q9JIS3 6330403L08Rik-202ENSMUST00000187923 5522 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
Smco4Q9JIS3 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Smco4Q9JIS3 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Smco4Q9JIS3 Kcnc3-202ENSMUST00000107907 5281 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
Smco4Q9JIS3 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
Smco4Q9JIS3 Gtpbp2-201ENSMUST00000024748 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
Smco4Q9JIS3 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Smco4Q9JIS3 Pwwp2a-202ENSMUST00000094294 1814 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Smco4Q9JIS3 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Smco4Q9JIS3 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
Smco4Q9JIS3 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
Smco4Q9JIS3 Rmnd5a-201ENSMUST00000002292 6165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Smco4Q9JIS3 Ccdc177-201ENSMUST00000073251 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Smco4Q9JIS3 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
Smco4Q9JIS3 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Smco4Q9JIS3 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Smco4Q9JIS3 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Smco4Q9JIS3 Slc1a5-201ENSMUST00000108496 2764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
Smco4Q9JIS3 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
Smco4Q9JIS3 Tgfbrap1-202ENSMUST00000186694 5385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Smco4Q9JIS3 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Smco4Q9JIS3 Terf2-201ENSMUST00000068388 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
Smco4Q9JIS3 Zcchc14-201ENSMUST00000046386 7444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
Smco4Q9JIS3 Dtnb-203ENSMUST00000164578 2355 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Smco4Q9JIS3 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Smco4Q9JIS3 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Smco4Q9JIS3 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Smco4Q9JIS3 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Smco4Q9JIS3 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Smco4Q9JIS3 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Smco4Q9JIS3 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
Smco4Q9JIS3 Pax1-201ENSMUST00000109968 2643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Smco4Q9JIS3 Pan3-201ENSMUST00000031651 5048 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
Smco4Q9JIS3 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Smco4Q9JIS3 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
Smco4Q9JIS3 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Smco4Q9JIS3 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
Smco4Q9JIS3 Qk-202ENSMUST00000097414 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
Smco4Q9JIS3 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Smco4Q9JIS3 Fam220a-201ENSMUST00000067145 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Smco4Q9JIS3 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
Smco4Q9JIS3 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
Smco4Q9JIS3 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Smco4Q9JIS3 Syncrip-201ENSMUST00000069221 9450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
Smco4Q9JIS3 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Smco4Q9JIS3 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
Smco4Q9JIS3 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Smco4Q9JIS3 Dyrk2-201ENSMUST00000004281 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Smco4Q9JIS3 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Smco4Q9JIS3 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Smco4Q9JIS3 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
Smco4Q9JIS3 Cic-202ENSMUST00000163320 6096 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Smco4Q9JIS3 Cic-201ENSMUST00000005578 6099 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
Smco4Q9JIS3 Cdr2-201ENSMUST00000033169 2525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Smco4Q9JIS3 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
Smco4Q9JIS3 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Smco4Q9JIS3 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
Smco4Q9JIS3 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
Smco4Q9JIS3 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Smco4Q9JIS3 Trim33-201ENSMUST00000029444 8875 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Smco4Q9JIS3 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
Smco4Q9JIS3 Kcnq5-201ENSMUST00000029667 6562 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
Smco4Q9JIS3 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Smco4Q9JIS3 Smarcc1-201ENSMUST00000088716 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
Smco4Q9JIS3 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
Smco4Q9JIS3 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
Smco4Q9JIS3 Osbpl10-207ENSMUST00000183104 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
Smco4Q9JIS3 Nectin3-203ENSMUST00000096052 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Smco4Q9JIS3 Dnpep-201ENSMUST00000066668 2488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Smco4Q9JIS3 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
Smco4Q9JIS3 Phf2-201ENSMUST00000035540 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Smco4Q9JIS3 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
Smco4Q9JIS3 Lgi2-201ENSMUST00000039750 6456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
Smco4Q9JIS3 Zcchc11-201ENSMUST00000043368 6054 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.78
Smco4Q9JIS3 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 71.4 ms